2020 Fiscal Year Research-status Report
頭頸部扁平上皮癌におけるFGFR遺伝子異常の解明と検出
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18K09328
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Research Institution | Juntendo University |
Principal Investigator |
肥後 隆三郎 順天堂大学, 医学部, 教授 (10301110)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大峡 慎一 順天堂大学, 医学部, 准教授 (20549274)
山内 宏一 順天堂大学, 医学部, 准教授 (70407047) [Withdrawn]
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Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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Keywords | FGFR / FGF / 遺伝子変異 / SNP |
Outline of Annual Research Achievements |
FGFRは、受容体型チロシンキナーゼファミリーに属しているキナーゼで、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4によりFGFRファミリーを構成している。FGFRを介して伝達されるシグナルはMAPK経路やPI3K/AKT経路に流れ、このシグナル伝達は、癌においては、細胞増殖、血管新生、細胞遊走、浸潤、転移などに関わっている。本研究ではFGFR阻害薬のターゲットとなる頭頸部扁平上皮癌に生じたFGFRドライバー遺伝子異常を明らかにすることを目的とし、頭頸部癌のタイプごとに対するFGFR遺伝子変異について、頭頸部癌臨床検体に対し次世代シーケンシングを用いてFGFR遺伝子の変異に関して研究を進めている。本年度は中咽頭癌、下咽頭癌において、遺伝子解析を試行した。FFPE切片の残余サンプルから核酸を抽出精製し、抽出精製した核酸よりFGFR遺伝子配列を次世代シーケンシング法による遺伝子解析を用いてFGFR遺伝子の変異を解析し、中咽頭癌においてはFGFR3領域(クロモゾーム4)において1箇所の遺伝子変異、FGFR4領域(クロモゾーム5)において1箇所の遺伝子変異、FGFR2領域(クロモゾーム10)において2箇所の遺伝子変異が同定された。またSNPに関してはFGFR1、2、3、4で合わせて30の変異が同定された。下咽頭癌においてはFGFR3領域(クロモゾーム4)において2箇所の遺伝子変異、FGFR4領域(クロモゾーム5)において3箇所の遺伝子変異、FGFR1領域(クロモゾーム8)において1箇所、FGFR2領域(クロモゾーム10)において4箇所の遺伝子変異が同定された。またFGFR1、2、3、4で合わせて40のSNPが同定された。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
本年度は中咽頭癌、下咽頭癌において遺伝子解析を試行した。コロナ禍において癌患者の受診控えがあり病院受診数が減ったこと、ならびに研究参加の同意を得ることのできたサンプル数が減少し他ため研究の進捗に遅れがでている。現在中咽頭癌と口腔癌において新規サンプルを得られているため、今後解析へ進める予定である。解析についてはサンガー法ではなくWES(Whole Exome Sequencing)を用いているため解析自体にもやや時間がかかっており、進捗の遅れの理由としてあげられるところである。
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Strategy for Future Research Activity |
これまでの報告からはFGFR1、3での遺伝子変異は頻度が少なく、遺伝子変異に関してはFGFR2にターゲットを絞る必要がありそうだったが、解析からみるとFGFR3の変異はある程度ありそうである。これに対しFGFR1の変異はやはり乏しい印象で、今後のサンプルの解析と合わせ結果の考察が必要となりそうである。WESを用いての解析であるので、FGFR1~4まで全てを一括して解析は可能である。また、遺伝子変異より遺伝子増幅の方が頻度は高いと予想されているので、遺伝子変異よりは遺伝子増幅、特にFGFR1の遺伝子増幅に焦点を当てることも検討している。研究当初に予定していたFGFR1、FGFR2、FGFR3における遺伝子融合については、上記2点の研究を進めた上での追加検討の必要があると考えられる。
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Causes of Carryover |
コロナ禍において癌患者の受診控えがあり病院受診数が減ったこと、ならびに研究参加の同意を得ることのできたサンプル数が減少し、新規解析が困難となったため、引き続き研究を継続とし2020年度の研究費の一部を2021年度へ移動させることとした。
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