Identification technique development for post-transcriptional modifications of pseudouridylation in human RNA by mass spectrometry

2019 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 18K14253
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 34020:Analytical chemistry-related
• Research Institution: Tokyo Metropolitan University
• Principal Investigator: Yamaki Yuka 首都大学東京, 理学研究科, 客員研究員 (80781525)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 質量分析 / RNA / 転写後修飾 / シュードウリジン

Outline of Final Research Achievements

U2 snRNA and U3 snoRNA were purified from RNA biosynthesized with uridine-5,6-d2 in the human TK6 cells deficient in mono phosphate synthase. U2 snRNA and U3 snoRNA were analyzed by LC-MS after digestion with RNase. Spectrum were searched in the database Ariadne, and novel pseudouridylation sites were revealed.

Free Research Field

分子生物学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

シュードウリジン化酵素によりウリジンがシュードウリジン化修飾を受けても、化学的性質に変化は見られず質量に差が生じないことから、質量分析計で両者を判別することは困難であった。しかし、ΔUMPS株とラベルウリジンを用いることで、シュードウリジン化修飾により生じる質量差を利用することで、シュードウリジン化サイトを明らかにすることが可能になった。