2018 Fiscal Year Research-status Report
悪性軟部腫瘍に対するトラベクテジンの奏効性を予測するバイオマーカーの探索
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18K15303
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
小林 寛 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (20407951)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 悪性軟部腫瘍 / バイオマーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、悪性軟部腫瘍に対するトラベクテジンの奏効性を予測するバイオマーカーを探索すること、さらにトラベクテジン抵抗性に関与する遺伝子を探索し、そのメカニズムを解明することでトラベクテジンと相加および相乗効果を有する併用薬剤を探索することを目的としている。まず、トラベクテジンの奏効性を予測するバイオマーカーの探索のため、骨軟部腫瘍ゲノムコンソーシアムから検体を収集するとともに、臨床情報を収集した。トラベクテジン奏効例は、Partial response(PR)、12週以上のStable disease(SD)と定義し、奏効群と無効群をそれぞれ５検体ずつ収集した。これらよりDNAを抽出し、奏効性に関連する遺伝子を探索しているが、これまでのところ奏効性と関連する体細胞変異は同定できていない。また、トラベクテジン抵抗性細胞株を用いて、shRNAによる遺伝子発現抑制によってトラベクテジン感受性促進に繋がる遺伝子を同定するために、悪性軟部腫瘍の細胞株を用いてトラベクテジン抵抗性細胞株を数種類同定した。これを用いて、shRNAライブラリーを強制発現し、トラベクテジン抵抗性に関与する遺伝子を探索しているが、これまで、細胞株に共通してトラベクテジン抵抗性に関与する遺伝子は同定されていない。今後は、検体数を増やしてトラベクテジン奏効性に関与する遺伝子の同定を試みるとともに、解析方法としてメチル化解析や遺伝子発現解析を並行して行なっていく予定である。また、shRNAライブラリーを用いた薬剤抵抗性に関与する遺伝子の同定に関しても引き続き行なっていく方針としている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
トラベクテジンの奏効性を予測するバイオマーカーの探索のため、骨軟部腫瘍ゲノムコンソーシアムから検体を収集するとともに、臨床情報を収集している。当初全体で３０検体を予定していたが、これまで１０検体のみの解析といなっている。来年度は検体数を増やしてトラベクテジン奏効性と関与する遺伝子変異を解析する。また、悪性軟部腫瘍では体細胞変異の頻度がすくないため、奏効性と関与する遺伝子変異を同定することが困難なことが予想されるため、メチル化解析や遺伝子発現解析も行うことで、トラベクテジン奏効性に関与する遺伝子の異常を同定することを目的として研究を継続していく予定である。また、shRNAライブラリーを用いてトラベクテジン抵抗性に関与する遺伝子の同定を試みているが、異なる細胞間で共通して薬剤抵抗性に関与している遺伝子はこれまで同定されていない。今後は細胞株の数を増やすなどして解析を進めていく予定である。
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| Strategy for Future Research Activity |
先述の通り、トラベクテジンの奏効性を予測するバイオマーカーの探索のため、骨軟部腫瘍ゲノムコンソーシアムから検体を収集しているが、これまで１０検体の解析のみとなっている。今後は、共同研究施設に協力を依頼して、全体で３０検体を予定する。また、これまで体細胞変異のみをかいせきしていたが、悪性軟部腫瘍では体細胞変異の頻度がすくないため、奏効性と関与する遺伝子変異を同定することが困難なことが予想されるため、メチル化解析や遺伝子発現解析も行うことで、トラベクテジン奏効性に関与する遺伝子の異常を同定することを目的として研究を継続していく予定である。
また、shRNAライブラリーを用いてトラベクテジン抵抗性に関与する遺伝子の同定を試みているが、異なる細胞間で共通して薬剤抵抗性に関与している遺伝子はこれまで同定されていない。今後は細胞株の数を増やすなどして解析を進めていく予定である。
上記の研究を推進し、トラベクテジンの奏効性と抵抗性に関わる遺伝子異常、遺伝子を同定し、トラベクテジン抵抗性に関与する遺伝子について、その遺伝子の強制発現および抑制系において変化するシグナルをpathway解析やGSEA解析などを用いて探索する。また、同定されたシグナルの阻害剤が存在する場合は、阻害剤を併用することによりトラベクテジンの奏功性に与える影響について解析する。In vitroで相加および相乗効果がみられた場合は、xenograftモデルによりin vivoにおいても薬剤併用効果について検証する。
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| Causes of Carryover |
（理由）ゲノム解析を行うための検体数が予定より少なかったため。
（使用計画）来年度体細胞変異のみではなく、メチル化解析など行う予定としており、検体数を増やして解析を行う方針としている。
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