2021 Fiscal Year Annual Research Report
Collection of genetic information of rare rust fungi for the search of effector-like factors functioning in plant cells
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18K19206
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| Research Institution | Yokohama National University |
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Principal Investigator |
平塚 和之 横浜国立大学, 大学院環境情報研究院, 教授 (30202279)
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| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2022-03-31
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| Keywords | 植物病原菌 / さび病菌 / エフェクター / 一過性発現 / NGS解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
新規課題が採択されたことにより、継続して研究を実施出来る見通しが出来たため、大規模なさび病菌ゲノム解析を急ぐことはせず、さび病菌DNA試料の調製手法の検討を優先することとした。具体的には、本年度はメダケ赤衣病菌に加え、さび病菌乾燥標本としてナシ赤星病菌(Gymnosporangium asiaticum)についても数種の異なるDNA抽出手法を試みた。乾燥標本は貴重なので、新規に採集したビャクシンの葉に形成された菌体をシリカゲルで密封して乾燥させた冬胞子堆を試料として用いたパイロット実験を実施した。その結果、シリコン化したカバーグラスを用いた方法またはマイクロチューブとプラスチックペッスルを用いた方法では十分な破砕効果が得られず、全ガラス製ホモジナイザーでのみ冬胞子の破砕が可能であることが判明した。従って、供試試料が十分に準備できない場合は本研究の対象としては難度が高く、本格的な実施は困難であると思われた。ゲル電気泳動により、抽出核酸試料を分析したところ、20kb以下の断片化したDNAが殆どであることが判明した。また、二本鎖RNAと思われる核酸成分はエチジウムブロマイド染色では確認出来なかった。
一方、並行して進めたエフェクター評価系として活用予定のアグロバクテリウムによる一過性発現系については、384穴プレートと発光レポーターを用いた実験系の最適化と、導入効率を向上させる新規生理活性物質の添加により既存の系と比較して３倍程度の効率で実施可能な方法を見いだすことが出来た。今後は、アグロバクテリウムへの発現ライブラリー作成・導入から、マルチウェルプレートへの分注、特異的ルシフェラーゼ阻害剤を用いた高感度検出に至るプロセスの最適化に取り組む。
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Research Products
(1 results)
