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2018 Fiscal Year Research-status Report

ヌクレオソームーエンハンソソーム変換の機構の解明

Research Project

Project/Area Number 18K19305
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

緒方 一博  横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (90260330)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 仙石 徹  横浜市立大学, 医学部, 講師 (60576312)
浜田 恵輔  横浜市立大学, 医学部, 助教 (00344052)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2020-03-31
Keywords転写制御 / 転写因子 / ヌクレオソーム / エンハンソソーム / 定量解析
Outline of Annual Research Achievements

転写因子は遺伝子の転写制御において中心的な役割を果たすが、転写因子のエンハンサーへの作用機序については未だに不明な点が多く残されている。例えば、ゲノムDNAは単なるDNAとしてではなく、転写因子のDNA結合を阻害するヌクレオソームとして存在するが、ヌクレオソームに対して、転写因子群がどのようにして特異的な結合サイトを探し当て、結合し、転写を制御するのか、その素過程は不明なままである。これまでの解析から、転写因子群のヌクレオソームへの結合には、ヒストン修飾酵素、クロマチンリモデリング因子、ヒストンシャペロン等のタンパク質群や、それらによって引き起こされるヒストン修飾が必要であることが想定されている。本研究では、これらの因子がどのように協調してヌクレオソーム状態のエンハンサーDNAに作用して転写を活性化するのか、その詳細な過程を生化学的な再構成実験により明らかにすることを目的とする。
実験内容として、まず蛍光標識した180 bpからなるT細胞抗原受容体(TCRα)のエンハンサーDNAを含むヌクレオソームを調製して、個別に精製したRunx1やEts1等のTCRαエンハンサーを標的とする転写因子群と相互作用するか検証した。その結果、これら転写因子は、ヌクレオソームDNA上の標的配列が末端側に配置されたヌクレオソームに対して結合活性を示したものの、標的配列に変異導入したヌクレオソームに対しても同程度結合したことから非特異的なヌクレオソーム結合であることが示唆された。これらの結果よりヌクレオソームからエンハンソソームへの変換は、転写因子のみでは進展せず、別の因子の関与が示唆された。今後、ヒストン修飾酵素、クロマチンリモデリング因子、及びヒストンシャペロン等の共存下で、転写因子群とヌクレオソームの結合条件の解析を行い、ヌクレオソームDNA上にエンハンソソームが形成される過程を検証する。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

実験試料の準備として、転写因子群(Runx1, Ets1, LEF1, 及びCREB)のDNA結合ドメイン、ヒストンアセチル化酵素p300、ヒストンメチル化酵素 NSD1の機能ドメイン、ヒストンシャペロンNap1、クロマチンリモデリング因子ACFの精製を高純度で行った。発現系としては、大腸菌やバキュロウイルスを用いた昆虫細胞を使用した。さらに、転写因子により認識される標的配列クラスターを有するTCRαエンハンサーDNA(180 bp)を蛍光標識し、それを含むヌクレオソームを塩透析法により調製した。また、実験の陽性コントロールとしてiPS細胞を生み出す転写因子Oct3/4及びSox2の標的遺伝子の一つであるLIN28BエンハンサーDNA(162 bp)を含むヌクレオソームも同様に調製した。
機能解析として、TCRαエンハンサーDNAを含むヌクレオソームに対して転写因子Runx1, Ets1, CBFβ, LEF1, 及びCREBを様々な濃度で加えることで、転写因子群によるヌクレオソームへの特異的な結合をゲルシフトアッセイにより検証した。その結果、これら転写因子は、ヌクレオソームDNA上の標的配列が末端側に配置されたヌクレオソームに対して結合活性を示したものの、標的配列に変異導入したヌクレオソームに対しても野生型と同程度の結合活性を示したことから、両者の結合は非特異的相互作用によるものと考えられた。同様に、陽性コントロールとして準備したLin28BエンハンサーDNAを含むヌクレオソーム対しても、過去の報告に反して転写因子Oct1やSox2による特異的な結合は検出されなかった。これらの解析から、ヌクレオソームからエンハンソソームへの変換は、転写因子のみでは進展せず、別の因子の関与が強く示唆された。今後、ヒストン修飾酵素、ヒストンリモデリング因子、ヒストンシャペロン等を測定に加え、ヌクレオソームと転写因子群の結合条件の解析を行う。

Strategy for Future Research Activity

1)転写因子には、DNA結合ドメインに加えて転写活性化領域等の転写制御に欠かせない機能性領域が存在するため、本研究では、転写因子の全長を用いて解析することを予定している。転写因子の全長タンパク質の準備状況として、Ets1やLEF1は精製を完了させたが、残り複数の転写因子では発現系の構築段階にある。これらの調製を早期に完了させて解析の系に加える。
2)これまでに転写因子群とヌクレオソームとの結合の解離定数をMicroScale Thermophoresis装置(NanoTemper Monolith)により定量解析したが、試料によってはシグナルの不安定化により測定が困難であった。実験方法を改善して、様々な組み合わせの転写因子とヌクレオソーム間の解離定数を解析する。
3)TCRα、及びLIN28BのエンハンサーDNAを含むヌクレオソームを再構築し、個別に精製した転写因子群、ヒストンメチル化酵素p300、クロマチンリモデリング因子ACF、ヒストンシャペロンNap1等を様々な組み合わせで作用させ、ヌクレオソームへの転写因子群の結合状態やヒストン修飾状態を解析する。さらに、予め酵素的にアセチル化やメチル化したヌクレオソームを調製し、転写因子群に対する反応の違いを検証する。これらの解析から、ヌクレオソームDNA上に複数の転写因子群からなるエンハンソソームが形成される過程、あるいは、ヌクレオソームからヒストンを競合的に追い出すために必要な因子は何か明らかにする。

Causes of Carryover

初年度において、全長の転写因子をはじめ、真核細胞の発現系を用いたタンパク質の調製や、MicroScale Thermophoresis(MST)装置による転写因子とヌクレオソームとの結合の定量的解析等が難航したため、当初の予想に反して実験の進度が遅れ、それに伴い予算配分の再検討が必要となった。次年度では、次年度に購入が想定される物品に加え、初年度に購入を予定していたタンパク質発現用の真核細胞培地、蛍光標識したDNAオリゴマー、MST測定用試薬等を発注する予定である。

  • Research Products

    (20 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (17 results) (of which Peer Reviewed: 17 results) Presentation (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Germline-Derived Gain-of-Function Variants of Gsα-Coding GNAS Gene Identified in Nephrogenic Syndrome of Inappropriate Antidiuresis2019

    • Author(s)
      Miyado M, Fukami M, Takada S, Terao M, Nakabayashi K, Hata K, Matsubara Y, Tanaka Y, Sasaki G, Nagasaki K, Shiina M, Ogata K, Masunaga Y, Saitsu H, Ogata T
    • Journal Title

      Journal of the American Society of Nephrology

      Volume: 30 Pages: 877~889

    • DOI

      10.1681/ASN.2018121268

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A novel GFI1B mutation at the first zinc finger domain causes congenital macrothrombocytopenia2018

    • Author(s)
      Uchiyama Yuri、Ogawa Yoshiyuki、Kunishima Shinji、Shiina Masaaki、Nakashima Mitsuko、Yanagisawa Kunio、Yokohama Akihiko、Imagawa Eri、Miyatake Satoko、Mizuguchi Takeshi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Ogata Kazuhiro、Handa Hiroshi、Matsumoto Naomichi
    • Journal Title

      British Journal of Haematology

      Volume: 181 Pages: 843~847

    • DOI

      10.1111/bjh.14710

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A novel missense mutation affecting the same amino acid as the recurrent PACS1 mutation in Schuurs-Hoeijmakers syndrome2018

    • Author(s)
      Miyake N.、Ozasa S.、Mabe H.、Kimura S.、Shiina M.、Imagawa E.、Miyatake S.、Nakashima M.、Mizuguchi T.、Takata A.、Ogata K.、Matsumoto N.
    • Journal Title

      Clinical Genetics

      Volume: 93 Pages: 929~930

    • DOI

      10.1111/cge.13105

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phosphorylation of an intrinsically disordered region of Ets1 shifts a multi-modal interaction ensemble to an auto-inhibitory state2018

    • Author(s)
      Kasahara Kota、Shiina Masaaki、Higo Junichi、Ogata Kazuhiro、Nakamura Haruki
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 46 Pages: 2243~2251

    • DOI

      10.1093/nar/gkx1297

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A novel mutation in SLC1A3 causes episodic ataxia2018

    • Author(s)
      Iwama Kazuhiro、Iwata Aya、Shiina Masaaki、Mitsuhashi Satomi、Miyatake Satoko、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Ogata Kazuhiro、Ito Shuichi、Mizuguchi Takeshi、Matsumoto Naomichi
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 63 Pages: 207~211

    • DOI

      10.1038/s10038-017-0365-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] De novo hotspot variants in CYFIP2 cause early-onset epileptic encephalopathy2018

    • Author(s)
      Nakashima Mitsuko、Kato Mitsuhiro、Aoto Kazushi、Shiina Masaaki、Belal Hazrat、Mukaida Souichi、Kumada Satoko、Sato Atsushi、Zerem Ayelet、Lerman-Sagie Tally、Lev Dorit、Leong Huey Yin、Tsurusaki Yoshinori、Mizuguchi Takeshi、Miyatake Satoko、Miyake Noriko、Ogata Kazuhiro、Saitsu Hirotomo、Matsumoto Naomichi
    • Journal Title

      Annals of Neurology

      Volume: 83 Pages: 794~806

    • DOI

      10.1002/ana.25208

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Loss-of-function and gain-of-function mutations in PPP3CA cause two distinct disorders2018

    • Author(s)
      Mizuguchi Takeshi、Nakashima Mitsuko、Kato Mitsuhiro、Okamoto Nobuhiko、Kurahashi Hirokazu、Ekhilevitch Nina、Shiina Masaaki、Nishimura Gen、Shibata Takashi、Matsuo Muneaki、et al.,
    • Journal Title

      Human Molecular Genetics

      Volume: 27 Pages: 1421~1433

    • DOI

      10.1093/hmg/ddy052

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A homozygous NOP14 variant is likely to cause recurrent pregnancy loss2018

    • Author(s)
      Suzuki Toshifumi、Behnam Mahdiyeh、Ronasian Firooze、Salehi Mansoor、Shiina Masaaki、Koshimizu Eriko、Fujita Atsushi、Sekiguchi Futoshi、Miyatake Satoko、Mizuguchi Takeshi、Nakashima Mitsuko、Ogata Kazuhiro、Takeda Satoru、Matsumoto Naomichi、Miyake Noriko
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 63 Pages: 425~430

    • DOI

      10.1038/s10038-018-0410-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Heterozygous Mutations in OAS1 Cause Infantile-Onset Pulmonary Alveolar Proteinosis with Hypogammaglobulinemia2018

    • Author(s)
      Cho Kazutoshi、Yamada Masafumi、Agematsu Kazunaga、Kanegane Hirokazu、Miyake Noriko、Ueki Masahiro、Akimoto Takuma、Kobayashi Norimoto、Ikemoto Satoru、Tanino Mishie、et al.,
    • Journal Title

      The American Journal of Human Genetics

      Volume: 102 Pages: 480~486

    • DOI

      10.1016/j.ajhg.2018.01.019

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] De novo variants in CAMK2A and CAMK2B cause neurodevelopmental disorders2018

    • Author(s)
      Akita Tenpei、Aoto Kazushi、Kato Mitsuhiro、Shiina Masaaki、Mutoh Hiroki、Nakashima Mitsuko、Kuki Ichiro、Okazaki Shin、Magara Shinichi、Shiihara Takashi、Yokochi Kenji、Aiba Kaori、Tohyama Jun、Ohba Chihiro、Miyatake Satoko、Miyake Noriko、Ogata Kazuhiro、Fukuda Atsuo、Matsumoto Naomichi、Saitsu Hirotomo
    • Journal Title

      Annals of Clinical and Translational Neurology

      Volume: 5 Pages: 280~296

    • DOI

      10.1002/acn3.528

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] De novo mutations of the ATP6V1A gene cause developmental encephalopathy with epilepsy2018

    • Author(s)
      Fassio Anna、Esposito Alessandro、Kato Mitsuhiro、Saitsu Hirotomo、Mei Davide、Marini Carla、Conti Valerio、Nakashima Mitsuko、Okamoto Nobuhiko、Olmez Turker Akgun、et al.,
    • Journal Title

      Brain

      Volume: 141 Pages: 1703~1718

    • DOI

      10.1093/brain/awy092

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A novel CYCS mutation in the α‐helix of the CYCS C‐terminal domain causes non‐syndromic thrombocytopenia2018

    • Author(s)
      Uchiyama Yuri、Yanagisawa Kunio、Kunishima Shinji、Shiina Masaaki、Ogawa Yoshiyuki、Nakashima Mitsuko、Hirato Junko、Imagawa Eri、Fujita Atsushi、Hamanaka Kohei、Miyatake Satoko、Mitsuhashi Satomi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Ogata Kazuhiro、Handa Hiroshi、Matsumoto Naomichi、Mizuguchi Takeshi
    • Journal Title

      Clinical Genetics

      Volume: 94 Pages: 548~553

    • DOI

      10.1111/cge.13423

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biallelic COLGALT1 variants are associated with cerebral small vessel disease2018

    • Author(s)
      Miyatake Satoko、Schneeberger Sacha、Koyama Norihisa、Yokochi Kenji、Ohmura Kayo、Shiina Masaaki、Mori Harushi、Koshimizu Eriko、Imagawa Eri、Uchiyama Yuri、et al.,
    • Journal Title

      Annals of Neurology

      Volume: 84 Pages: 843~853

    • DOI

      10.1002/ana.25367

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Homozygous splicing mutation in NUP133 causes Galloway-Mowat syndrome2018

    • Author(s)
      Fujita Atsushi、Tsukaguchi Hiroyasu、Koshimizu Eriko、Nakazato Hitoshi、Itoh Kyoko、Kuraoka Shohei、Komohara Yoshihiro、Shiina Masaaki、Nakamura Shohei、Kitajima Mika、Tsurusaki Yoshinori、Miyatake Satoko、Ogata Kazuhiro、Iijima Kazumoto、Matsumoto Naomichi、Miyake Noriko
    • Journal Title

      Annals of Neurology

      Volume: 84 Pages: 814~828

    • DOI

      10.1002/ana.25370

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] GRIN2D variants in three cases of developmental and epileptic encephalopathy2018

    • Author(s)
      Tsuchida Naomi、Hamada Keisuke、Shiina Masaaki、Kato Mitsuhiro、Kobayashi Yu、Tohyama Jun、Kimura Kazue、Hoshino Kyoko、Ganesan Vigneswari、Teik Keng W.、Nakashima Mitsuko、Mitsuhashi Satomi、Mizuguchi Takeshi、Takata Atsushi、Miyake Noriko、Saitsu Hirotomo、Ogata Kazuhiro、Miyatake Satoko、Matsumoto Naomichi
    • Journal Title

      Clinical Genetics

      Volume: 94 Pages: 538~547

    • DOI

      10.1111/cge.13454

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thioether Macrocyclic Peptides Selected against TET1 Compact Catalytic Domain Inhibit TET1 Catalytic Activity2018

    • Author(s)
      Nishio Kosuke、Belle Roman、Katoh Takayuki、Kawamura Akane、Sengoku Toru、Hanada Kazuharu、Ohsawa Noboru、Shirouzu Mikako、Yokoyama Shigeyuki、Suga Hiroaki
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 19 Pages: 979~985

    • DOI

      10.1002/cbic.201800047

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of protein arginine rhamnosylation by glycosyltransferase EarP2018

    • Author(s)
      Sengoku Toru、Suzuki Takehiro、Dohmae Naoshi、Watanabe Chiduru、Honma Teruki、Hikida Yasushi、Yamaguchi Yoshiki、Takahashi Hideyuki、Yokoyama Shigeyuki、Yanagisawa Tatsuo
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: 14 Pages: 368~374

    • DOI

      10.1038/s41589-018-0002-y

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] メチル基を数える: ヒストンH4K20のメチル化状態を特異的に認識する抗体の構造2018

    • Author(s)
      仙石 徹,渡邉千鶴,馬場しほ,本間光貴,緒方一博,木村 宏,横山茂之
    • Organizer
      第91回日本生化学会大会
  • [Presentation] Structural basis for the recognition of the antioxidant response element by the Nrf2-MafG heterodimer.2018

    • Author(s)
      Sengoku T, Shiina M, Uchiyama A, Baba S, Okada C, Sato K, Hamada K, Ogata K
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Remarks] 横浜市立大学大学院医学研究科生化学教室

    • URL

      http://www-user.yokohama-cu.ac.jp/~seika/index.html

URL: 

Published: 2019-12-27  

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