2019 Fiscal Year Annual Research Report
Development of basic technology for spatial genomics of in three-dimensional tissues
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18K19419
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
洲崎 悦生 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 准教授 (10444803)
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| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2020-03-31
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| Keywords | 多階層オミクス / 組織透明化 / 3次元イメージング / 核酸解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
組織透明化と光学顕微鏡観察を組み合わせ、セルオミクスとの統合のため組織内全細胞位置を3次元的に記録した後に、各細胞内の遺伝子発現やゲノム状態のプ ロファイルを検出する(ポスト核酸解析)を可能とすることを目指した基盤技術の検討を行った。前年度までに透明化の高度化に成功するとともに、保存された核酸(核DNA)の可視化を3次元的に行うことに成功していたが、核染色剤は表面にトラップされ深部まで浸透しないケースが多いことが問題となっていた。そこで今年度は、組織の物理化学特性を明らかにすることで浸透原理を解明し、ボトムアップに浸透プロトコルを構築することを目指した。その結果、組織が電解質ゲルの物性を持つことを明らかにした。核染色剤と組織との電気的相互作用をキャンセルするような条件を構築することにより、マウス全脳などの大型臓器サンプル深部まで、核染色剤を均一に浸透させることに成功した。昨年度までに構築した透明化組織全体を人工ゲルに包埋し、核酸をゲル内にキャプチャーする方法を用いて、ライトシート顕微鏡での臓器全体の観察を行うことに成功した。以上の結果を論文にまとめ投稿した（Susaki et al. Nature Communications 投稿中、課題終了後の2020年4月に公開）。
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Research Products
(13 results)
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[Journal Article] Novel 3D analysis using optical tissue clearing documents the evolution of murine rapidly progressive glomerulonephritis.2019
Author(s)
Puelles VG,Fleck D,Ortz L,Papadouri S,Strieder T,B_hner AMC,van der Wolde JW,Vogt M,Saritas T,Kuppe C,Fuss A,Menzel S,Klinkhammer BM,M_ller-Newen G,Heymann F,Decker L,Braun F,Kretz O,Huber TB,Susaki EA,Ueda HR,Boor P,Floege J,Kramann R,Kurts C,Bertram JF,Spehr M,Nikolic-Paterson DJ,Moeller MJ
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Journal Title
Kidney international
Volume: 96
Pages: 505-516
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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