2023 Fiscal Year Annual Research Report
Diversity of the bacteria with symbiotic relationships to marine microeukaryotes
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18KK0203
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
稲垣 祐司 筑波大学, 計算科学研究センター, 教授 (50387958)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
石谷 佳之 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究プログラム), 特任研究員 (60772043)
中山 卓郎 筑波大学, 計算科学研究センター, 助教 (70583508)
矢吹 彬憲 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 地球環境部門(海洋生物環境影響研究センター), グループリーダー (20711104)
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| Project Period (FY) |
2018-10-09 – 2024-03-31
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| Keywords | 原生生物－細菌共生系 / 細胞内共生 / 生物多様性 / 海洋生態系 / 生態地理 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
石谷と稲垣は、日本産有孔虫Ammonia beccariのゲノムシーケンスデータ中に複数種類の細菌ゲノムデータを同定した。石谷は自身が確立した有孔虫Allogromia laticollarisおよびGloborotalia inflataの実験室内培養株のゲノムデータ中に共生細菌の可能性があるゲノム断片を発見し解析中である。
中山は稲垣と共同で渦鞭毛藻に共生するシアノバクテリア共生体のゲノム解読を行った。下田で採取した渦鞭毛藻Histioneis sp.に共生するシアノバクテリアのドラフトゲノム配列について英文査読論文の執筆を始めた。しかし、今のところ単一環状ゲノムを復元できず、線状で複数の染色体が存在する可能性も考えられる。そこで、当該シアノバクテリア共生体のゲノム構造についてある程度の目星が付くまで論文執筆は中断することにした。一方、渦鞭毛藻Citharistes regiusのシアノバクテリア共生体のゲノムを完全解読することに成功した。このシアノバクテリア共生体と近縁な自由生活性種を同定し、共生体ゲノムはサイズ、遺伝子レパートリーともに縮退していることが判明した。さらに、シアノバクテリア共生体を保持するDinophysiales渦鞭毛藻類の進化中で共生体の入替えが起こったことも高精度で推測された。既にC. regiusシアノバクテリア共生体ゲノムについて論文を執筆し、プレプリントとして公開している。並行して論文をScientific Reports誌に投稿し、査読者からのコメントに対応した改訂版原稿を再投稿した。
矢吹と稲垣とは、アンキロモナス類培養株のゲノムシーケンスデータ中に発見した細菌ゲノム配列を解析した。この細菌はダダバクテリアだと考えられ、複数遺伝子解析の結果ガンマプロテオバクテリアに属することが判明した。
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