2019 Fiscal Year Research-status Report
International collaborative studies to establish tailormade therapy based on the virulence and antibiotics resistance of H. pylori
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18KK0266
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| Research Institution | Oita University |
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Principal Investigator |
山岡 吉生 大分大学, 医学部, 教授 (00544248)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
松本 昂 大分大学, 医学部, 助教 (50609667)
矢原 耕史 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 室長 (70542356)
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| Project Period (FY) |
2018-10-09 – 2022-03-31
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| Keywords | ヘリコバクター・ピロリ / 国際共同研究 / 薬剤耐性 / 病原性 / テーラーメイド |
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| Outline of Annual Research Achievements |
発展途上国では、ピロリ菌感染者すべてに除菌療法を行う経済力もなければ十分な内視鏡設備や内視鏡医も存在しない。ピロリ菌培養ができる施設も稀で、効果的な除菌療法も存在しない。そこで本事業では、アジアの発展途上国で胃癌多発国であるモンゴル、ブータン、ベトナムに焦点を当て、現地共同研究者と共同で、除菌を行うべき人および除菌法の選択に有用な未知の病原因子および薬剤耐性関連遺伝子の変異・多型の検索を、次世代シーケンサーを用いた菌側のゲノムワイド関連解析（GWAS）によって行う。最終的には、携帯型で安価な新規遺伝子解読技術（ナノポア：MinION）による、従来の内視鏡検査および細菌培養を必要としない迅速かつ非侵襲な病原因子および薬剤耐性関連遺伝子検出方法の開発に取り組む。2019年度は、ブータン、ベトナムに出向き、得られたピロリ菌を用いて、実際にナノポアによる解析を行った。さらに、すでに得られているモンゴルのピロリ菌を用いたナノポアによる解析を行った。その結果、ナノポアのデータと次世代シーケンサー（MiSeq）のデータを組み合わせることにより、PacBio次々世代シーケンサーで得られたデータと完全に一致することに成功、すなわちピロリ菌の全長ゲノムを得ることに成功した。また、周辺諸国との関連性を見ることも重要であり、南アジアに位置するインドに出向き、内視鏡検査を施行して、検体を採取した（税関通過の関係で、まだ検体はインドに保管してある）。さらに、タイ・カンボジア国境の街でも内視鏡検査を行い、検体を得ることができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
今年度は、ブータン、ベトナムの他、インド、タイ・カンボジア国境の街にも出向き、共同研究を充実することができた。さらに、ベトナム、モンゴルからの留学生がそれぞれ1名ずつ、大学院生として環境・予防医学講座で研究を続けており、さらに昨年卒業して博士学位をえたベトナム、モンゴルからの留学生もそれぞれ1名ずつおり、彼らと共同研究を続け、彼らは我々との研究の橋渡しを行っている。また、ブータンの共同研究者は、一昨年前に、ブータン国首相に選出され、政府を巻き込んだ共同研究。体制も確立しつつある。想定していた3カ国のみならず、比較対象としても近隣国との共同研究も進んでおり、今後、より研究が進むと考えられる。すでに業績の項にあるように多くの実績を上げている。特に、次世代シーケンサーを用いた薬剤耐性遺伝子変異検索で新しい遺伝子変異を発見、その成果は、ベトナムからの留学生が韓国で開催された国際学会で発表してYoung Awardを得ることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
今年度は、薬剤耐性や病原因子にかかわる遺伝子変異を測定できる系を確立し、特にGWASを用いた解析を進めていく。また、モンゴル、ブータン、ベトナム実地での共同疫学研究も継続して、データの蓄積を目指したい。ブータンでは具体的な村（ダワカ村）を設定して、その村におけるピロリ菌感染率などを調査したところであるが、さらに、陽性者には内視鏡検査を行い、検体の採取、薬剤耐性の測定などを進める計画を立てているところである。さらに、前年度に引き続き、近隣諸国でのデータ収集も行いたいと考えている。
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| Causes of Carryover |
ナノポアにおける解析については、ナノポア機器システムは、他研究費で購入していたために、新たな予算を用いる必要がなく、また今までに次世代シーケンスで得たデータの解析が中心となり、新たな予算を用いる必要がなかった。しかし、2020年度からは、実際に現地での共同研究が本格化することから、前年度からの繰り越し予算および新たな今年度の予算を合わせた資金での運用が必要である。
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[Presentation] Mechanistic insights of metronidazole resistance revealed by next-generation sequencing of Helicobacter pylori from Democratic Republic of Congo2019
Author(s)
Tshibangu Evariste, Tuan VP, Patrick Ngoma, Pascal Tshiamala, Antoine Tshimpi, Matsumoto T, Akada J, Kido Y, Ahuka-Mundeke Steve, Mumba-Ngoyi Dieudonne, Dishashi Tumba, Yamaoka Y
Organizer
The 10th International Congress on Infectious Diseases
Int'l Joint Research
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