オミクスデータを統合する数理的手法による免疫系モデル構築

2018 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 18KT0070
• Research Institution: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• Principal Investigator: 熊谷 雄太郎 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (00528408)
• Project Period (FY): 2018-07-18 – 2021-03-31
• Keywords: 数理モデル / 免疫応答

Outline of Annual Research Achievements

本年度は免疫系の迅速なモデリングを可能にするため、stochastic binary modeling (SBM)による免疫応答の線形システムによる記述と推定の理論の構築を試みた。当初適用予定であったいくつかの手法を実装し比較するとともにカーネル法に基づく手法を試みた。SBMは解釈可能性に優れているもののモデルの次数が大きくなる傾向があり、計算量およびoverfittingの問題があるが、それを回避する手法を試行し、いくつかの解決法の候補を見出した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初試行予定であった手法に加えていくつか新規の手法を試すことができた。また、計算量、overfittingの問題を回避する方法を考案した。

Strategy for Future Research Activity

開発した手法の実データへの適用を進めるとともに、マルチエージェントシステムとしての理論の構築と、モデル化のための実データの取得を進める。

Causes of Carryover

2018年度内に異動からのセットアップを行う必要があり、実験の開始が若干遅れたため。