2020 Fiscal Year Annual Research Report
Modeling immune system by a mathematical method integrating omics data
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18KT0070
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
熊谷 雄太郎 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (00528408)
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| Project Period (FY) |
2018-07-18 – 2021-03-31
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| Keywords | 免疫応答 / 数理モデリング / 樹状細胞分化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は推定のために実装した手法を実データに適用することで免疫システムのモデル化を目指した。
適用する実データとしてはImmunological Genome Project (ImmGen; https://www.immgen.org/)のデータおよび樹状細胞をリポ多糖によって刺激した後の遺伝子発現、RNA分解速度、ヒストン修飾の時系列データを用いた。また、新たに樹状細胞に対するウイルス感染時の遺伝子発現、ヒストン修飾時系列データを取得した。
ImmGenのデータに対して開発手法を適用し解析した結果、樹状細胞分化を制御すると思われる因子をいくつか同定し、これをin vitroでの直接リプログラミング実験によって確かめた。
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