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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Development of Comprehensive Analysis Method of Single-Molecule Chemical Reactions

Research Project

Project/Area Number 19H00852
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

谷口 正輝  大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (40362628)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords1分子化学反応 / 1分子科学 / 1分子解析法 / 機械学習 / マルチフィジックス
Outline of Annual Research Achievements

昨年度、開発したナノギャップ電極、ナノ流路、および電気泳動電極を融合させたナノ構造を用いて、反応物をナノギャップ電極間に効率的に輸送するナノデバイスの開発を行なった。開発したデバイスを用いて、電気泳動力に加え、電気浸透流、温度勾配、およびイオン濃度勾配を用いて、ナノ空間内で分子輸送する流動ダイナミクスを実験的に調べた。特に、小さなエネルギーの駆動力はブラウン運動との競争により、反応物間の低い衝突確率が予測されるため、高い方向指向性を持つ駆動力の最適化条件を探索した。一方、分子輸送の駆動力に起因する電流ノイズは、量子力学的なトンネル電流とは原理的に干渉しないものの、計測で得られる電流ノイズの原因となるため、トンネル電流だけを抽出する解析法として、1分子電気伝導度を量子ゲートで記述する手法を開発した。昨年度、グアニン分子の1分子電気伝導度を量子ゲートで記述することで、トンネル電流成分のみを抽出し、量子コンピュータで計算することに成功した。本手法を、反応物と生成物の1分子識別に成功したグアニンとアセトアルデヒドの化学反応に適用し、量子ゲート法による解析を行った。この解析は、1分子間の相互作用の多様性解析が重要であることを示唆した。1分子間相互作用を1分子計測法で調べるため、塩基分子をゲスト、塩基認識分子をホストとするホスト―ゲスト相互作用を調べた。塩基分子、塩基認識分子、およびホスト-ゲスト会合体の1分子電気伝導度を計測し、1分子電気伝導度―時間波形の機械学習を行った。ホスト―ゲスト会合体計測で得られた1分子電気伝導度―時間波形をクラスタリングした結果、会合構造が、ゲスト種に依存し、複数の会合構造が存在することが示唆された。また、機械学習と量子化学計算で得られた会合体構造には、当初予測できなかった構造が含まれることを明らかにした。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (7 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] 3D designing of resist membrane pores via direct electron beam lithography2022

    • Author(s)
      Kishimoto Shohei、Leong Iat Wai、Murayama Sanae、Nakada Tomoko、Komoto Yuki、Tsutsui Makusu、Taniguchi Masateru
    • Journal Title

      Sensors and Actuators B: Chemical

      Volume: 357 Pages: 131380~131380

    • DOI

      10.1016/j.snb.2022.131380

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Salt Gradient Control of Translocation Dynamics in a Solid-State Nanopore2021

    • Author(s)
      Leong Iat Wai、Tsutsui Makusu、Yokota Kazumichi、Taniguchi Masateru
    • Journal Title

      Analytical Chemistry

      Volume: 93 Pages: 16700~16708

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.1c04342

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-molecule RNA sequencing for simultaneous detection of m6A and 5mC2021

    • Author(s)
      Ohshiro Takahito、Konno Masamitsu、Asai Ayumu、Komoto Yuki、Yamagata Akira、Doki Yuichiro、Eguchi Hidetoshi、Ofusa Ken、Taniguchi Masateru、Ishii Hideshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 19304(1-10)

    • DOI

      10.1038/s41598-021-98805-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inertial focusing and zeta potential measurements of single-nanoparticles using octet-nanochannels2021

    • Author(s)
      Kishimoto Shohei、Tsutsui Makusu、Yokota Kazumichi、Taniguchi Masateru
    • Journal Title

      Lab on a Chip

      Volume: 21 Pages: 3076~3085

    • DOI

      10.1039/d1lc00239b

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Direct Observation of Distinctive Electronic States of Ferrocene Moieties in Ferrocene-Bridged Trisporphyrin on Au(111) Using Scanning Tunneling Microscopy/Spectroscopy2021

    • Author(s)
      Tanaka Hiroyuki、Satake Akiharu、Taniguchi Masateru
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 37 Pages: 6468~6474

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.1c00602

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dielectric Coatings for Resistive Pulse Sensing Using Solid-State Pores2021

    • Author(s)
      Hayashida Tomoki、Tsutsui Makusu、Murayama Sanae、Nakada Tomoko、Taniguchi Masateru
    • Journal Title

      ACS Applied Materials & Interfaces

      Volume: 13 Pages: 10632~10638

    • DOI

      10.1021/acsami.0c22548

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of Single-Molecule Electrical Identification Method for Cyclic Adenosine Monophosphate Signaling Pathway2021

    • Author(s)
      Komoto Yuki、Ohshiro Takahito、Taniguchi Masateru
    • Journal Title

      Nanomaterials

      Volume: 11 Pages: 784~784

    • DOI

      10.3390/nano11030784

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Length Discrimination of Homo-oligomeric Nucleic Acids with Single-molecule Measurement2021

    • Author(s)
      KOMOTO Yuki、OHSHIRO Takahito、TANIGUCHI Masateru
    • Journal Title

      Analytical Sciences

      Volume: 37 Pages: 513~518

    • DOI

      10.2116/analsci.20SCP13

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Classification from positive and unlabeled data based on likelihood invariance for measurement2021

    • Author(s)
      Yoshida Takeshi、Washio Takashi、Ohshiro Takahito、Taniguchi Masateru
    • Journal Title

      Intelligent Data Analysis

      Volume: 25 Pages: 57~79

    • DOI

      10.3233/IDA-194980

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] メチル化修飾マイクロRNA解析のための単分子検出法の開発2022

    • Author(s)
      大城 敬人、小本 祐貴、浅井 歩、今野 雅允、石井 秀始、谷口 正輝
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会(2022)
  • [Presentation] Single-Molecule Classification based on Intermolecular Hydrogen Bond by Modified Nano-Gap2022

    • Author(s)
      JIHO RYU, Yuki Komoto, Takahito Ohshiro, Masateru Taniguchi
    • Organizer
      2022年 第69回 応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] ナノギャップデバイスによる1分子検出法によるアミノ酸解析法の開発2022

    • Author(s)
      大城 敬人, 小本 祐貴, 谷口 正輝
    • Organizer
      2022年 第69回 応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] トリアザトリアンギュレン-アンカー基を有する分子ワイヤーの単分子伝導特性計測2022

    • Author(s)
      小本 祐貴, 横山 創一, 大城 敬人, 家 裕隆, 谷口 正輝
    • Organizer
      2022年 第69回 応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] 単分子量子計測法による細胞中RNAの核酸アナログ分子解析2021

    • Author(s)
      大城 敬人、小本 祐貴、今野 雅允、浅井 歩、石井 秀治、谷口 正輝
    • Organizer
      第82回 応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 固体ナノポアにおけるイオン濃度勾配を伴う1粒子ダイナミクス2021

    • Author(s)
      梁 逸偉1、筒井 真楠、谷口 正輝
    • Organizer
      第82回 応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 生体ナノポアの識別機能を超える2021

    • Author(s)
      谷口 正輝
    • Organizer
      第82回 応用物理学会秋季学術講演会
  • [Remarks] TANIGUCHI LABORATORY

    • URL

      http://www.bionano.sanken.osaka-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2022-12-28  

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