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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Antibodies targeting dynamic epitopes generated by posttranslational protein glycosylation

Research Project

Project/Area Number 19H00918
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

西村 紳一郎  北海道大学, 先端生命科学研究院, 教授 (00183898)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 田中 良和  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (20374225)
比能 洋  北海道大学, 先端生命科学研究院, 教授 (70333333)
尾瀬 農之  北海道大学, 先端生命科学研究院, 准教授 (80380525)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
KeywordsDynamic epitope theory / Glycopeptidic epitope / Epitope defined antibody / Anti-MUC1 antibody / がん治療用抗体 / X線結晶構造解析 / 機能改変抗体 / 二重特異性抗体
Outline of Annual Research Achievements

申請者らの独創的なアイデアおよび開発戦略によって作製されたED抗体(epitope-defined antibody)を用いて、がん領域におけるアンメットメディカルニーズに応え得る新たながん治療薬の開発を目的として本研究課題を設定した。2019年度(初年度)は多くのがん細胞表面に高発現してがんの増殖や転移を促進することが広く知られるMUC1の細胞外ドメインに生成する多様な動的エピトープを標的とするED抗体である抗MUC1モノクローナル抗体(SN-101, SN-121, およびSN-131)に関して以下の各項目に進展があった。(1)SN-101の作製、特性、構造および機能に関する基礎的研究の成果について論文を発表した(H. Wakui, et al., A straightforward approach to antibodies recognizing cancer specific glycopeptidic neoepitopes, Chemical Science, 2020, in press)。本論文は水溶液中でユニークなコンフォメーションを示す糖ペプチドエピトープの糖鎖とペプチド領域を同時に認識して結合する抗MUC1抗体として構造が示された世界初の事例であり、ED-抗体の概念と基本的な製法を記載した最初の論文としての意義が大きい。また、(2)SN-121およびSN-131についても同様の構造機能解析が進んでおり、SN-131の結晶構造解析を完了した。これらの抗体の高付加価値化を目指してエピトープ認識領域での変異導入による機能改変の試みが開始されている。さらに、(3)SN-131に新たな機能(がん細胞障害活性)を付与するため遺伝子工学的手法により新たな二重特異性抗体の作製を行い、MUC1発現がん細胞を標的として特異的な細胞障害活性を示す新規SN-131キメラ抗体の開発に成功した。以上のように本年度はED-抗体開発戦略の有効性とdynamic epitope理論に基づく新しい抗体デザインに関する基本原理である「抗原構造形成における新たな分子機構」の普遍性を証明する様々な研究が極めて順調に進行している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

2019年度(初年度)は3つのテーマについてその基盤となる部分について分担者とともに系統的に研究を開始することが実現した。すなわち、①動的な糖ペプチドエピトープを正確に認識する高親和性のED抗体を効率良く獲得するためのより優れた汎用性に富む方法論を確立する:SN-101の作製、特性、構造および機能に関する基礎的研究の成果について論文を発表した(H. Wakui, et al., A straightforward approach to antibodies recognizing cancer specific glycopeptidic neoepitopes, Chemical Science, 2020, in press)。本論文は水溶液中でユニークなコンフォメーションを示す糖ペプチドエピトープの糖鎖とペプチド領域を同時に認識して結合する抗MUC1抗体として構造が示された世界初の事例であり、ED-抗体の概念と基本的な製法を記載した最初の論文としての意義が大きい。
②ED抗体-動的エピトープ複合体の結晶構造解析とNMRによる溶液構造の解析によりED抗体によるエピトープ認識機構を解明する:SN-121およびSN-131についても同様の構造機能解析が進んでおり、SN-131の結晶構造解析を完了した。また、エピトープ認識領域での変異導入による機能改変の試みが大腸菌による発現系により進められている。
③抗MUC1-ED抗体から新たな創薬モダリティーを創出する: SN-131に新たな機能を付与するため遺伝子工学的手法により新たな二重特異性抗体の作製を開始した。その結果、MUC1を高発現する乳がん細胞を特異的な標的として細胞障害活性(がん細胞増殖阻止活性)を示す新規SN-131キメラ二重特異性抗体の開発に初めて成功した。以上のように本年度はdynamic epitope理論に基づく新しい抗体デザインの有効性が示され、本研究の根幹をなす基本原理の普遍性を証明する様々な研究が極めて順調に進行している。

Strategy for Future Research Activity

Siglec-9のリガンドとしての機能が最近報告されたMUC1-STをエピトープとするSN131や強力な抗腫瘍活性が期待されるMUC1-STnをエピトープとするSN121の物性と機能を一層向上させるための研究を加速する。すでに、一本鎖Fvをバクテリアで発現する系を構築しているので、Fvの取扱いを容易にするフォーマットとして実績のあるFv-clasp(Takagi et al., Structure 2017, 25, 1611-1622)を採用して新たな機能を有するFv-clasp SN131/SN121の安定大量供給系を確立する。また、ED抗体によるリポソームのDDSを設計するため、研究代表者が既に報告したHelicobacter pylori由来のalpha1,3/alpha1,4-fucosyltransferaseのC末端に位置するユニークな膜局在配列(heptad repeat) を模したモデルペプチド(GGGFKIYRKAYQKSLPLLRTIRRWVKK)がリン脂質DPC膜と特異的かつ強力に結合すること (Nishimura et al., Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 1328-1331) を利用して、リポソームへの高い充填率が期待される膜局在型Fv-clasp SN131/SN121を作製する。これまでに作製された抗体に加えて、新たな標的に対して作製される新規ED抗体および二重特異性抗体など新たな抗体モダリティーについて細胞や動物を用いたがん治療薬として機能の評価および患者血清や病理組織切片等の臨床検体を用いる診断薬としての評価についてもできる限り早期に開始する。

  • Research Products

    (25 results)

All 2020 2019

All Journal Article (16 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Peer Reviewed: 16 results,  Open Access: 5 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Efficient preparation of human and mouse CD1d proteins using silkworm baculovirus expression system2020

    • Author(s)
      Kusaka Hiroki, Kita Shunsuke, Tadokoro Takashi, Yoshida Kouki, Kasai Yoshiyuki, Niiyama Harumi, Fujimoto Yukari, Hanashima Shinya, Murata Michio, Sugiyama Shigeru, Ose Toyoyuki, Kuroki Kimiko, Maenaka Katsumi
    • Journal Title

      Protein Expression and Purification

      Volume: 172 Pages: 105631

    • DOI

      10.1016/j.pep.2020.105631

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of HIV-2 Nef Reveals Features Distinct from HIV-1 Involved in Immune Regulation2020

    • Author(s)
      Hirao Kengo, Andrews Sophie, Kuroki Kimiko, Kusaka Hiroki, Tadokoro Takashi, Kita Shunsuke, Ose Toyoyuki, Rowland-Jones Sarah L, Maenaka Katsumi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 23 Pages: 100758

    • DOI

      10.1016/j.isci.2019.100758

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A straightforward approach to antibodies recognising cancer specific glycopeptidic neoepitopes2020

    • Author(s)
      Wakui Hajime、Tanaka Yoshikazu、Ose Toyoyuki、Matsumoto Isamu、Kato Koji、Yao Min、Tachibana Taro、Sato Masaharu、Naruchi Kentaro、Garca-Martin Fayna、Hinou Hiroshi、Nishimura Shin-Ichiro
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Synthesis, conformational analysis and in vivo assays of an anti-cancer vaccine that features an unnatural antigen based on an sp2-iminosugar fragment2020

    • Author(s)
      Bermejo Iris A.、Navo Claudio D.、Castro-Lopez Jorge、Guerreiro Ana、Garcia-Martin Fayna、Hinou Hiroshi、Nishimura Shin-Ichiro、Mellet Carmen Ortiz、Avenoza Alberto、Busto Jeses H.、Corzana Francisco、et al.
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 11 Pages: 3996~4006

    • DOI

      10.1039/C9SC06334J

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Impaired O-Glycosylation at Consecutive Threonine TTX Motifs in Mucins Generates Conformationally Restricted Cancer Neoepitopes2020

    • Author(s)
      Hayakawa Shun、Matsushita Takahiko、Yokoi Yasuhiro、Wakui Hajime、Garcia-Martin Fayna、Hinou Hiroshi、Matsuoka Koji、Nouso Kazuhiro、Kamiyama Toshiya、Taketomi Akinobu、Nishimura Shin-Ichiro
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Pages: 1221~1241

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Serum N-glycan profiling can predict biopsy-proven graft rejection after living kidney transplantation2020

    • Author(s)
      Soma Osamu、 Hatakeyama Shingo、 Yoneyama Tohru、 Saito Mitsuru、 Sasaki Hideo、 Tobisawa Yuki、 Noro Daisuke、 Suzuki Yuichiro、 Tanaka Masakazu、 Nishimura Shin-Ichiro、 Harada Hiroshi、 Ishida Hideki、 Tanabe Kazunari、 Satoh Shigeru、 Ohyama Chikara
    • Journal Title

      Clinical and Experimental Nephrology

      Volume: 24 Pages: 174~184

    • DOI

      10.1007/s10157-019-01820-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The [4Fe-4S] cluster of sulfurtransferase TtuA desulfurizes TtuB during tRNA modification in Thermus thermophilus2020

    • Author(s)
      Chen Minghao、Ishizaka Masato、Narai Shun、Horitani Masaki、Shigi Naoki、Yao Min、Tanaka Yoshikazu
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 3 Pages: 168

    • DOI

      10.1038/s42003-020-0895-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Serum N-glycan profiling is a potential biomarker for castration-resistant prostate cancer2019

    • Author(s)
      Matsumoto Teppei、Hatakeyama Shingo、Yoneyama Tohru、Tobisawa Yuki、Ishibashi Yusuke、Yamamoto Hayato、Yoneyama Takahiro、Hashimoto Yasuhiro、Ito Hiroyuki、Nishimura Shin-Ichiro、Ohyama Chikara
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 168761

    • DOI

      10.1038/s41598-019-53384-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Antiadhesive Nanosomes Facilitate Targeting of the Lysosomal GlcNAc Salvage Pathway through Derailed Cancer Endocytosis2019

    • Author(s)
      Koide Ryosuke、Nishimura Shin‐Ichiro
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 58 Pages: 14513~14518

    • DOI

      10.1002/anie.201907778

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biophysical characterization and single‐chain Fv construction of a neutralizing antibody to measles virus2019

    • Author(s)
      Tadokoro Takashi、Jahan Mst Lubna、Ito Yuri、Tahara Maino、Chen Surui、Imai Atsutoshi、Sugimura Natsumi、Yoshida Koki、Saito Mizuki、Ose Toyoyuki、Hashiguchi Takao、Takeda Makoto、Fukuhara Hideo、Maenaka Katsumi
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 287 Pages: 145~159

    • DOI

      10.1111/febs.14991

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Elucidation of Viral Antagonism of Innate Immunity at the STAT1 Interface2019

    • Author(s)
      Hossain Md. Alamgir、Larrous Florence、Rawlinson Stephen M.、Zhan Jingyu、Sethi Ashish、Ibrahim Youssef、Aloi Maria、Lieu Kim G.、Mok Yee-Foong、Griffin Michael D.W.、Ito Naoto、Ose Toyoyuki、Bourhy Herve、Moseley Gregory W.、Gooley Paul R.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 29 Pages: 1934~1945.e8

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2019.10.020

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural and Functional Basis for LILRB Immune Checkpoint Receptor Recognition of HLA-G Isoforms2019

    • Author(s)
      Kuroki Kimiko、Matsubara Haruki、Kanda Ryo、Miyashita Naoyuki、Shiroishi Mitsunori、Fukunaga Yuko、Kamishikiryo Jun、Fukunaga Atsushi、Fukuhara Hideo、Hirose Kaoru、Hunt Joan S.、Sugita Yuji、Kita Shunsuke、Ose Toyoyuki、Maenaka Katsumi
    • Journal Title

      The Journal of Immunology

      Volume: 203 Pages: 3386~3394

    • DOI

      10.4049/jimmunol.1900562

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Specificity of Morbillivirus Hemagglutinins to Recognize SLAM of Different Species2019

    • Author(s)
      Fukuhara Hideo、Ito Yuri、Sako Miyuki、Kajikawa Mizuho、Yoshida Koki、Seki Fumio、Mwaba Mwila Hilton、Hashiguchi Takao、Higashibata Masa-aki、Ose Toyoyuki、Kuroki Kimiko、Takeda Makoto、Maenaka Katsumi
    • Journal Title

      Viruses

      Volume: 11 Pages: 761~761

    • DOI

      10.3390/v11080761

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 1H, 15N and 13C resonance assignments of the C-terminal domain of the P protein of the Nishigahara strain of rabies virus2019

    • Author(s)
      Zhan Jingyu、Hossain Md. Alamgir、Sethi Ashish、Ose Toyoyuki、Moseley Gregory W、Gooley Paul R.
    • Journal Title

      Biomolecular NMR Assignments

      Volume: 13 Pages: 5~8

    • DOI

      10.1007/s12104-018-9841-4

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Protein encapsulation in the hollow space of hemocyanin crystals containing a covalently conjugated ligand2019

    • Author(s)
      Hashimoto Tsubasa、Ye Yuxin、Ui Mihoko、Ogawa Tomohisa、Matsui Takashi、Tanaka Yoshikazu
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 514 Pages: 31~36

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2019.04.062

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of the catalytic unit of GH 87-type α-1,3-glucanase Agl-KA from Bacillus circulans2019

    • Author(s)
      Yano Shigekazu、Suyotha Wasana、Oguro Natsuki、Matsui Takashi、Shiga Shota、Itoh Takafumi、Hibi Takao、Tanaka Yoshikazu、Wakayama Mamoru、Makabe Koki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 15295

    • DOI

      10.1038/s41598-019-51822-5

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structure analysis of protein using both electron microscopy and X-ray crystallography2020

    • Author(s)
      Yoshikazu Tanaka
    • Organizer
      ABiS Symposium; Forefront and Future of Electron Microscopic Imaging
    • Invited
  • [Presentation] 狂犬病ウイルスP蛋白質によるJAK-STATシグナル阻害機構の解明2020

    • Author(s)
      杉山葵、蒋欣欣、永野悠馬、前仲勝実、姚閔、杉田征彦、廣瀬未果、Gregory Moseley 、尾瀬農之
    • Organizer
      Negative Strand Virus - Japan
  • [Presentation] ローマは一日にして成らず。されど、すべての道は?2019

    • Author(s)
      西村紳一郎
    • Organizer
      GlycoTOKYO2019
    • Invited
  • [Presentation] STAP-2の介在によりBreast tumor kinaseがSTATを活性化する機構の解明2019

    • Author(s)
      中迫純希、松尾友樹、神田諒、田中睦乃、姚閔、松田正、前仲勝実、尾瀬農之
    • Organizer
      日本生物物理学会
  • [Presentation] Smart nanomedicine targeting of lysosomal glycohydrolases through activated endocytosis of cancer cells2019

    • Author(s)
      Nishimura Shin-Ichiro
    • Organizer
      25th International Symposium on Glycoconjugates
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Novel matrix system for reflectron mode MALDI-TOF and TOF/TOF MS analysis of unmodified sialylated oligosaccharides and glycopeptides2019

    • Author(s)
      Hinou Hiroshi
    • Organizer
      Japanese-American Symposium on Applied & Translational Glycosciences、ACS Fall 2019 National
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 狂犬病ウイルスP蛋白質によるJAK-STATシグナル阻害機構の解明2019

    • Author(s)
      杉山葵、蒋欣欣、永野悠馬、野間井智、若原拓也、前仲勝実、姚閔、Gregory Mosley、尾瀬農之
    • Organizer
      蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 巨大タンパク質会合体ヘモシアニンの構造解析 ―結晶構造と電顕構造―2019

    • Author(s)
      田中良和
    • Organizer
      2019年度日本生化学会九州支部例会
    • Invited
  • [Book] Vertebrate and Invertebrate Respiratory Proteins by Ulrich Hoeger and J. Robin Harris2020

    • Author(s)
      Sanae Kato, Takashi Matsui and Yoshikazu Tanaka
    • Total Pages
      24
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      978-3-030-41769-7

URL: 

Published: 2021-01-27  

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