• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2021 Fiscal Year Annual Research Report

ヒト膜タンパク質を標的とした中分子構造創薬研究の基盤構築

Research Project

Project/Area Number 19H00923
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

岩田 想  京都大学, 医学研究科, 教授 (60452330)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 野村 紀通  京都大学, 医学研究科, 准教授 (10314246)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2024-03-31
Keywords膜タンパク質 / 創薬ターゲット / 中分子ペプチド / ファージディスプレイ / X線結晶構造解析 / クライオ電子顕微鏡単粒子解析
Outline of Annual Research Achievements

がん、高血圧、慢性炎症、ウイルス感染症など種々の疾病に対する医薬品の分子標的の多くは膜タンパク質である。その構造解析の難度は依然として高いため、現時点で構造べースの創薬研究の進展は限定的である。本研究では、膜タンパク質の機能を制御する中分子アプタマーの創出とその構造学的検証に有用な新しい方法論の確立を目指している。
本年度は、肝炎ウイルス細胞侵入のエントリーレセプターであるヒト膜タンパク質Aに結合し、ウイルスの侵入を阻害する活性をもつ中分子ペプチドの結合様式を解明するため、クライオ電子顕微鏡構造研究を進めた。膜タンパク質A/中分子ペプチド複合体を精製し、それを抗原として用いて電子顕微鏡単粒子解析画像マーカーとしての構造認識抗体を作製した。当該抗体のFabフラグメントの添加により、 膜タンパク質A/中分子ペプチド/Fabの三者複合体の精製品を調製し、クライオ電子顕微鏡単粒子解析を実施した。中分子ペプチドの結合に関与する膜タンパク質Aのドメインおよび残基を特定することができた。さらに高解像度の複合体構造情報を得るため、電子顕微鏡構造解析用のグリッド作製条件や測定条件等の最適化を検討している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

肝炎ウイルス細胞侵入のエントリーレセプターであるヒト膜タンパク質Aに結合し、ウイルスの侵入を阻害する活性をもつ中分子ペプチドを用いてクライオ電子顕微鏡単粒子解析法により結合様式を明らかにするための実験に進んでいるので、本年度の目標は概ね達成できていると自己評価した。

Strategy for Future Research Activity

膜タンパク質A/中分子ペプチド/Fab複合体の立体構造(分解能3-3.5Å)を決定する。中分子ペプチドのファーマコフォア同定を経て、作用機序の構造学的基盤を解明する。
さらに、立体的束縛を有する安定なペプチド分子骨格 (50-90残基) を基盤として複数の末端ループの配列と長さを多様化した合成ライブラリーを作製して、異なる複数の膜タンパク質ターゲットに対して中分子バインダーを取得し、それらについてクライオ電子顕微鏡単粒子解析法により結合様式を明らかにする。

  • Research Products

    (23 results)

All 2022 2021

All Journal Article (13 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 5 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 8 results)

  • [Journal Article] Conformational alterations in unidirectional ion transport of a light-driven chloride pump revealed using X-ray free electron lasers2022

    • Author(s)
      Hosaka Toshiaki、Nomura Takashi、Kubo Minoru、et al.
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Pages: e2117433119

    • DOI

      10.1073/pnas.2117433119

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure, mechanism and lipid-mediated remodeling of the mammalian Na+/H+ exchanger NHA22022

    • Author(s)
      Matsuoka Rei、Fudim Roman、Jung Sukkyeong、Zhang Chenou、Bazzone Andre、Chatzikyriakidou Yurie、Robinson Carol V.、Nomura Norimichi、Iwata So、Landreh Michael、Orellana Laura、Beckstein Oliver、Drew David
    • Journal Title

      Nature Structural and Molecular Biology

      Volume: 29 Pages: 108~120

    • DOI

      10.1038/s41594-022-00738-2

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis for channel conduction in the pump-like channelrhodopsin ChRmine2022

    • Author(s)
      Kishi Koichiro E.、Kim Yoon Seok、Fukuda Masahiro et al.
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 185 Pages: 672~689.e23

    • DOI

      10.1016/j.cell.2022.01.007

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Crystal structure of CmABCB1 multi-drug exporter in lipidic mesophase revealed by LCP-SFX2021

    • Author(s)
      Pan Dongqing、Oyama Ryo、Sato Tomomi、Nakane Takanori、Mizunuma Ryo、Matsuoka Keita、Joti Yasumasa、Tono Kensuke、Nango Eriko、Iwata So、Nakatsu Toru、Kato Hiroaki
    • Journal Title

      IUCrJ

      Volume: 9 Pages: 134~145

    • DOI

      10.1107/S2052252521011611

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Vibrational spectroscopy analysis of ligand efficacy in human M2 muscarinic acetylcholine receptor (M2R)2021

    • Author(s)
      Katayama Kota、Suzuki Kohei、Suno Ryoji、Kise Ryoji、Tsujimoto Hirokazu、Iwata So、Inoue Asuka、Kobayashi Takuya、Kandori Hideki
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: 1321

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02836-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Microcrystal preparation for serial femtosecond X-ray crystallography of bacterial copper amine oxidase2021

    • Author(s)
      Murakawa Takeshi、Suzuki Mamoru、Arima Toshi、Sugahara Michihiro、Tanaka Tomoyuki、Tanaka Rie、Iwata So、Nango Eriko、Tono Kensuke、Hayashi Hideyuki、Fukui Kenji、Yano Takato、Tanizawa Katsuyuki、Okajima Toshihide
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications

      Volume: 77 Pages: 356~363

    • DOI

      10.1107/S2053230X21008967

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular mechanism of SbmA, a promiscuous transporter exploited by antimicrobial peptides2021

    • Author(s)
      Ghilarov Dmitry、Inaba-Inoue Satomi、Stepien Piotr、Qu Feng、Michalczyk Elizabeth、Pakosz Zuzanna、Nomura Norimichi、Ogasawara Satoshi、Walker Graham Charles、Rebuffat Sylvie、Iwata So、Heddle Jonathan Gardiner、Beis Konstantinos
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Pages: eabj5363

    • DOI

      10.1126/sciadv.abj5363

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The structural basis of bacterial manganese import2021

    • Author(s)
      Neville Stephanie L.、Sj?hamn Jennie、Watts Jacinta A.、MacDermott-Opeskin Hugo、Fairweather Stephen J.、Ganio Katherine、Carey Hulyer Alex、McGrath Aaron P.、Hayes Andrew J.、Malcolm Tess R.、Davies Mark R.、Nomura Norimichi、Iwata So、O’Mara Megan L.、Maher Megan J.、McDevitt Christopher A.
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Pages: eabg3980

    • DOI

      10.1126/sciadv.abg3980

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The three-dimensional structure of <i>Drosophila melanogaster</i> (6?4) photolyase at room temperature2021

    • Author(s)
      Cellini Andrea、Yuan Wahlgren Weixiao、Henry L?ocadie、Pandey Suraj、Ghosh Swagatha、Castillon Leticia、Claesson Elin、Takala Heikki、K?bel Joachim、Nimmrich Amke、Kuznetsova Valentyna、Nango Eriko、Iwata So、Owada Shigeki、Stojkovi? Emina A.、Schmidt Marius、Ihalainen Janne A.、Westenhoff Sebastian
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      Volume: 77 Pages: 1001~1009

    • DOI

      10.1107/S2059798321005830

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cryo-EM structure of the human MT1?Gi signaling complex2021

    • Author(s)
      Okamoto Hiroyuki H.、Miyauchi Hirotake、Inoue Asuka、Raimondi Francesco、Tsujimoto Hirokazu、Kusakizako Tsukasa、Shihoya Wataru、Yamashita Keitaro、Suno Ryoji、Nomura Norimichi、Kobayashi Takuya、Iwata So、Nishizawa Tomohiro、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Nature Structural &amp; Molecular Biology

      Volume: 28 Pages: 694~701

    • DOI

      10.1038/s41594-021-00634-1

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Endogenous agonist?bound S1PR3 structure reveals determinants of G protein?subtype bias2021

    • Author(s)
      Maeda Shintaro、Shiimura Yuki、Asada Hidetsugu、Hirata Kunio、Luo Fangjia、Nango Eriko、Tanaka Nobuo、Toyomoto Masayasu、Inoue Asuka、Aoki Junken、Iwata So、Hagiwara Masatoshi
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Pages: eabf5325

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf5325

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The structure of MgtE in the absence of magnesium provides new insights into channel gating2021

    • Author(s)
      Jin Fei、Sun Minxuan、Fujii Takashi、Yamada Yurika、et al.
    • Journal Title

      PLOS Biology

      Volume: 19 Pages: e3001231

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.3001231

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Capturing structural changes of the S<sub>1</sub> to S<sub>2</sub> transition of photosystem II using time-resolved serial femtosecond crystallography2021

    • Author(s)
      Li Hongjie、Nakajima Yoshiki、Nomura Takashi、et al.
    • Journal Title

      IUCrJ

      Volume: 8 Pages: 431~443

    • DOI

      10.1107/S2052252521002177

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Measurement systems for biomolecular movies using X-ray free electron lasers2022

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      SACLA Users’ Meeting 2022
  • [Presentation] 抗体フラグメントを用いた創薬ターゲット膜タンパク質構造研究2022

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      第25回アディポサイエンス・シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 高速分子動画による構造ダイナミクス研究2022

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] B型肝炎ウイルス受容体NTCPの構造解析2022

    • Author(s)
      浅見仁太、木村香菜子、藤田陽子、石田英子、張志寛、野村弥生、劉紅、植村智子、佐藤有美、小野真嗣、山本雅貴、野田岳志、重松秀樹、Drew David、岩田想、清水敏之、野村紀通、大戸梅治
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
  • [Presentation] Molecular movies and beyond2021

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会のサテライトイベント_PDB50周年記念シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] GPCRの活性化機構とそのファインチューニング2021

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      2021年度BINDSセミナー -成果と今後の展望-
    • Invited
  • [Presentation] Proteins in action-高速分子動画法2021

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      次世代放射光サミット3rd International Forum for Innovation in Next Generation Synchrotron Radiation
    • Invited
  • [Presentation] 抗体フラグメントを使った創薬ターゲット膜タンパク質の構造研究2021

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      創薬懇話会2021
    • Invited
  • [Presentation] 高速分子動画法とその分子制御への応用2021

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      第77回顕微鏡学会学術講演会
    • Invited
  • [Presentation] 高速分子動画法2021

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      生化学会中部支部例会
    • Invited

URL: 

Published: 2022-12-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi