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2023 Fiscal Year Annual Research Report

ヒト膜タンパク質を標的とした中分子構造創薬研究の基盤構築

Research Project

Project/Area Number 19H00923
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

岩田 想  京都大学, 医学研究科, 教授 (60452330)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 野村 紀通  京都大学, 医学研究科, 准教授 (10314246)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2024-03-31
Keywords膜タンパク質 / 創薬ターゲット / 中分子ペプチド / クライオ電子顕微鏡単粒子解析 / ウイルス感染受容体 / 抗ウイルス薬
Outline of Annual Research Achievements

本研究はヒト創薬ターゲット膜タンパク質に対する中分子医薬品候補化合物の作用機序を構造学的に検証することを目指している。本年度はB型肝炎ウイルス (HBV) の侵入阻害剤開発に向けて、医薬候補リガンドである中分子リポペプチドと感染受容体NTCPの間に形成される相互作用をクライオ電子顕微鏡を用いて高分解能で明らかした。
HBV感染の成立には、エンベロープタンパク質LHB s (large hepatitis B virus surface antigen)と、ヒト肝細胞表面にあり感染受容体として機能するナトリウム・タウロコール酸共輸送ポリペプチド(NTCP) との高親和性の結合が必須である。これまでのウイルス学研究から、LHBsのN末端の脂質修飾(N-ミリストイル化)とそれに続くN末端側47残基のペプチド部分 (preS1) がNTCPとの結合において重要であることがわかっている。実際、preS1の模倣合成ペプチドMyrcludex Bは、HBV感染を効果的に阻害する。
本年度の研究においてNTCP-preS1複合体のクライオ電子顕微鏡構造解析に成功した。preS1 はNTCPの胆汁酸輸送経路を構成する中央キャビティを占有することで、胆汁酸の結合および輸送を競合的に阻害することが明らかになった。NTCPのpreS1結合部位と胆汁酸結合部位の多くは共通していたが、NTCPの細胞外側表面のループ領域や膜貫通ヘリックスTM8bの一部はpreS1との結合に関わるものの、胆汁酸の輸送経路には重ならないことが示唆された。したがって、これらの限定的な領域に特異的に結合する化合物を探索することにより、NTCPの胆汁酸輸送機能を維持しつつ、preS1の結合のみを抑制できる次世代抗HBV薬の創出につながる。本研究成果は、構造情報に基づく合理的な抗ウイルス薬の分子設計に新たな道筋を拓くものである。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (31 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (20 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Peer Reviewed: 18 results,  Open Access: 4 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 3 results) Remarks (5 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Stockholm University(スウェーデン)

    • Country Name
      SWEDEN
    • Counterpart Institution
      Stockholm University
  • [Journal Article] Oxygen-evolving photosystem II structures during S1?S2?S3 transitions2024

    • Author(s)
      Li Hongjie et al.
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 626 Pages: 670~677

    • DOI

      10.1038/s41586-023-06987-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of hepatitis B virus receptor binding2024

    • Author(s)
      Asami Jinta、Park Jae-Hyun、Nomura Yayoi、Kobayashi Chisa、Mifune Junki、Ishimoto Naito、Uemura Tomoko、Liu Kehong、Sato Yumi、Zhang Zhikuan、Muramatsu Masamichi、Wakita Takaji、Drew David、Iwata So、Shimizu Toshiyuki、Watashi Koichi、Park Sam-Yong、Nomura Norimichi、Ohto Umeharu
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: 31 Pages: 447~454

    • DOI

      10.1038/s41594-023-01191-5

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Interaction modes of human orexin 2 receptor with selective and nonselective antagonists studied by NMR spectroscopy2024

    • Author(s)
      Imamura Kayo、Akagi Ken-Ichi、Miyanoiri Yohei、Tsujimoto Hirokazu、Hirokawa Takatsugu、Ashida Hideo、Murakami Kaori、Inoue Asuka、Suno Ryoji、Ikegami Takahisa、Sekiyama Naotaka、Iwata So、Kobayashi Takuya、Tochio Hidehito
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 32 Pages: 352~361.e5

    • DOI

      10.1016/j.str.2023.12.008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure reveals the binding mode and selectivity of a photoswitchable ligand for the adenosine A2A receptor2024

    • Author(s)
      Araya Tsuyoshi、Matsuba Yuya、Suzuki Harufumi、Doura Tomohiro、Nuemket Nipawan、Nango Eriko、Yamamoto Masaki、Im Dohyun、Asada Hidetsugu、Kiyonaka Shigeki、Iwata So
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 695 Pages: 149393~149393

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.149393

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-resolved serial crystallography to track the dynamics of carbon monoxide in the active site of cytochrome <i>c</i> oxidase2023

    • Author(s)
      Safari Cecilia et al.
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 9 Pages: adh4179

    • DOI

      10.1126/sciadv.adh4179

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Visualizing the DNA repair process by a photolyase at atomic resolution2023

    • Author(s)
      Maestre-Reyna Manuel et al.
    • Journal Title

      Science

      Volume: 382 Pages: add7795

    • DOI

      10.1126/science.add7795

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural insights into the agonists binding and receptor selectivity of human histamine H4 receptor2023

    • Author(s)
      Im Dohyun、Kishikawa Jun-ichi、Shiimura Yuki、Hisano Hiromi、Ito Akane、Fujita-Fujiharu Yoko、Sugita Yukihiko、Noda Takeshi、Kato Takayuki、Asada Hidetsugu、Iwata So
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: 6538

    • DOI

      10.1038/s41467-023-42260-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A versatile approach to high-density microcrystals in lipidic cubic phase for room-temperature serial crystallography2023

    • Author(s)
      Birch James、Kwan Tristan O. C.、Judge Peter J.、Axford Danny、Aller Pierre、Butryn Agata、Reis Rosana I.、Bada Juarez Juan F.、Vinals Javier、Owen Robin L.、Nango Eriko、Tanaka Rie、Tono Kensuke、Joti Yasumasa、Tanaka Tomoyuki、Owada Shigeki、Sugahara Michihiro、Iwata So、Orville Allen M.、Watts Anthony、Moraes Isabel
    • Journal Title

      Journal of Applied Crystallography

      Volume: 56 Pages: 1361~1370

    • DOI

      10.1107/S1600576723006428

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mapping protein dynamics at high spatial resolution with temperature-jump X-ray crystallography2023

    • Author(s)
      Wolff Alexander M et al.
    • Journal Title

      Nature Chemistry

      Volume: 15 Pages: 1549~1558

    • DOI

      10.1038/s41557-023-01329-4

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Optical control of ultrafast structural dynamics in a fluorescent protein2023

    • Author(s)
      Hutchison Christopher D. M. et al.
    • Journal Title

      Nature Chemistry

      Volume: 15 Pages: 1607~1615

    • DOI

      10.1038/s41557-023-01275-1

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cryo-EM structures of human zinc transporter ZnT7 reveal the mechanism of Zn2+ uptake into the Golgi apparatus2023

    • Author(s)
      Bui Han Ba、Watanabe Satoshi、Nomura Norimichi、Liu Kehong、Uemura Tomoko、Inoue Michio、Tsutsumi Akihisa、Fujita Hiroyuki、Kinoshita Kengo、Kato Yukinari、Iwata So、Kikkawa Masahide、Inaba Kenji
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: 4770

    • DOI

      10.1038/s41467-023-40521-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Serial Femtosecond Crystallography Reveals that Photoactivation in a Fluorescent Protein Proceeds via the Hula Twist Mechanism2023

    • Author(s)
      Fadini Alisia et al.
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 145 Pages: 15796~15808

    • DOI

      10.1021/jacs.3c02313

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural insight into an anti-BRIL Fab as a G-protein-coupled receptor crystallization chaperone2023

    • Author(s)
      Miyagi Hikaru、Suzuki Michihiko、Yasunaga Mai、Asada Hidetsugu、Iwata So、Saito Jun-ichi
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      Volume: 79 Pages: 435~441

    • DOI

      10.1107/S205979832300311X

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and mechanism of oxalate transporter OxlT in an oxalate-degrading bacterium in the gut microbiota2023

    • Author(s)
      Jaunet-Lahary Titouan、Shimamura Tatsuro、Hayashi Masahiro、Nomura Norimichi、Hirasawa Kouta、Shimizu Tetsuya、Yamashita Masao、Tsutsumi Naotaka、Suehiro Yuta、Kojima Keiichi、Sudo Yuki、Tamura Takashi、Iwanari Hiroko、Hamakubo Takao、Iwata So、Okazaki Kei-ichi、Hirai Teruhisa、Yamashita Atsuko
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: 1730

    • DOI

      10.1038/s41467-023-36883-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ambient temperature structure of phosphoketolase from <i>Bifidobacterium longum</i> determined by serial femtosecond X-ray crystallography2023

    • Author(s)
      Nakata Kunio、Kashiwagi Tatsuki、Kunishima Naoki、Naitow Hisashi、Matsuura Yoshinori、Miyano Hiroshi、Mizukoshi Toshimi、Tono Kensuke、Yabashi Makina、Nango Eriko、Iwata So
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      Volume: 79 Pages: 290~303

    • DOI

      10.1107/S2059798323001638

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ultrafast structural changes direct the first molecular events of vision2023

    • Author(s)
      Gruhl Thomase et al.
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 615 Pages: 939~944

    • DOI

      10.1038/s41586-023-05863-6

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] In Vitro Pharmacological Profile of KW-6356, a Novel Adenosine A<sub>2A</sub>Receptor Antagonist/Inverse Agonist2023

    • Author(s)
      Ohno Yutaro、Suzuki Michihiko、Asada Hidetsugu、Kanda Tomoyuki、Saki Mayumi、Miyagi Hikaru、Yasunaga Mai、Suno Chiyo、Iwata So、Saito Jun-ichi、Uchida Shinichi
    • Journal Title

      Molecular Pharmacology

      Volume: 103 Pages: 311~324

    • DOI

      10.1124/molpharm.122.000633

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] B型肝炎ウイルスの感染受容体NTCPの構造2023

    • Author(s)
      野村紀通
    • Journal Title

      医学のあゆみ

      Volume: 285 Pages: 1082-71083

  • [Journal Article] Recent progress in membrane protein dynamics revealed by X-ray free electron lasers: Molecular movies of microbial rhodopsins2023

    • Author(s)
      Nango Eriko、Iwata So
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 81 Pages: 102629~102629

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2023.102629

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ドパミン受容体を標的とした統合失調症治療薬─構造生物学からの洞察2023

    • Author(s)
      林 到炫, 岩田 想
    • Journal Title

      医学のあゆみ

      Volume: 286 Pages: 537-543

  • [Presentation] 拠点の紹介:構造解析ユニット2023

    • Author(s)
      岩田想
    • Organizer
      京都大学BINDS合同シンポジウム:オープンイノベーションから創薬へ 2023
    • Invited
  • [Presentation] 抗体を用いた膜タンパク質構造研究2023

    • Author(s)
      野村紀通
    • Organizer
      京都大学BINDS合同シンポジウム:オープンイノベーションから創薬へ 2023
    • Invited
  • [Presentation] X線結晶構造解析で見るTNF阻害剤の分子機構2023

    • Author(s)
      野村紀通
    • Organizer
      潰瘍性大腸炎Webセミナー「TNFα阻害剤をMOAから再考する」
    • Invited
  • [Presentation] 胆汁酸トランスポーターNTCPによるB型肝炎ウイルス認識の構造基盤2023

    • Author(s)
      浅見仁太*、朴在鉉、野村弥生、石本直偉士*、小林ちさ*、御舩淳紀、植村智子、劉紅、佐藤有美、村松正道、脇田隆字、Drew David、渡士幸一、岩田想、清水敏之、朴三用、野村紀通、大戸梅治
    • Organizer
      日本薬学会第143年会
  • [Remarks] B型肝炎ウイルスが感染受容体に結合するしくみを解明

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2024-01-18

  • [Remarks] クライオ電子顕微鏡によりゴルジ体の亜鉛輸送体による亜鉛輸送機構の全容を解明

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2023-08-29-2

  • [Remarks] 尿路結石形成を防ぐ腸内細菌で働く鍵分子・シュウ酸輸送体の立体構造解明

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2023-04-04

  • [Remarks] 慢性アレルギー疾患に関わるヒスタミン受容体の構造解明―新規アトピー性皮膚炎・喘息治療薬の開発に貢献―

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2023-10-23

  • [Remarks] 光回復酵素による損傷DNA修復反応を原子レベルで解明

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2023-12-01-0

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 皮膚筋炎又は間質性肺炎の患者の治療抵抗性の予測方法、及び当該方法に使用されるキット2024

    • Inventor(s)
      笹井蘭、笹井恒雄、野中元裕、野村紀通
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2024-015255

URL: 

Published: 2024-12-25  

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