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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Global impact of marine secondary chloroplast estimated from the function of diatom pyrenoid.

Research Project

Project/Area Number 19H01153
Research InstitutionKwansei Gakuin University

Principal Investigator

松田 祐介  関西学院大学, 生命環境学部, 教授 (30291975)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 田中 厚子  琉球大学, 理学部, 准教授 (40509999)
原田 尚志  鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (50640900)
嶋川 銀河  関西学院大学, 生命環境学部, 助教 (60853885)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2024-03-31
Keywords海洋性珪藻 / 二次葉緑体 / ピレノイド / 一次生産 / 光合成
Outline of Annual Research Achievements

海洋性珪藻類の葉緑体ピレノイド構造・機能と地球生態系への影響を定量する分子モデルを羽状目Phaeodactylum tricornutum(Pt)および中心目Thalassiosira pseudonana(Tp)を用いて構築した。
①両珪藻のPyShellに相互作用する因子のなかにあった2つは未知天然変性タンパク質に対し、CRSPR/Cas9によるゲノム編集を行い、現在選抜中である。一方、Bestおよびθ型炭酸脱水酵素(CA)の相互作用因子として、プロトン輸送体候補、酸化還元因子、天然変性タンパク質と考えられる因子が得られた。現在これらの局在解析とゲノム編集破壊を行っている。②①で取得した新規相互作用タンパク質の局在解析の結果、天然変性タンパク質は葉緑体周辺に検出されたが、GFPによる局在不良の可能性があった。③CRISPR/Cas9により、TpBest1の破壊株は野生型に比べて30%程度低い光合成親和性を示した。PtBest1破壊株も高CO2生育野生株と同レベルの低親和性光合成を示した。ピレノイド型PtβCA1,2を同時に破壊することに成功したが、この変異体はPtθCA1およびTpPyshellの破壊株と同様、抑制レベルを通り越してCCMがほぼ機能しないことが分かり、珪藻のピレノイド機能が0.2%程度の高CO2でも必要であることが判明した。葉緑体包膜因子であるι型CAのゲノム編集破壊を行ったが、光合成効率および生育速度に変化は見られなかった。④珪藻ピレノイドは中心を貫通するチラコイド膜をもち、Pyshellがその構造を形成する。このチラコイド膜がBestとβおよびθCAの働きで、CO2発生装置としてRubiscoにCO2を供給し、ピレノイドCAがCO2漏出バリアとなる分子モデルが完成した。⑤上記ピレノイド因子は海洋メタゲノム解析から、世界の海洋で高発現することが分かった。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Remarks

研究業績・雑誌論文の、https://doi.org/10.1101/2023.10.25.564039 については、現在Cell誌にてレバイス原稿を審査中

  • Research Products

    (37 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 2 results) Presentation (21 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 2 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] CEA(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      CEA
  • [Int'l Joint Research] University of Konstanz(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      University of Konstanz
  • [Int'l Joint Research] University of Basel(スイス)

    • Country Name
      SWITZERLAND
    • Counterpart Institution
      University of Basel
  • [Journal Article] Crosstalk between photosynthesis and respiration in microbes2024

    • Author(s)
      Shimakawa Ginga、Matsuda Yusuke、Burlacot Adrien
    • Journal Title

      Journal of Biosciences

      Volume: 49 Pages: 5

    • DOI

      10.1007/s12038-023-00417-4

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Low-CO2-inducible bestrophins outside the pyrenoid sustain high photosynthetic efficacy in diatoms2024

    • Author(s)
      Nigishi Minori、Shimakawa Ginga、Yamagishi Kansei、Amano Ryosuke、Ito Shun、Tsuji Yoshinori、Nagasato Chikako、Matsuda Yusuke
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1093/plphys/kiae137

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Extra O2 evolution reveals an O2-independent alternative electron sink in photosynthesis of marine diatoms2024

    • Author(s)
      Shimakawa Ginga、Matsuda Yusuke
    • Journal Title

      Photosynthesis Research

      Volume: 159 Pages: 61~68

    • DOI

      10.1007/s11120-023-01073-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A new combined measurement of single cell periplasmic oxygen and carbonate chemistry revealed the rule enforcing diatom adaptation of seawater bicarbonate utilization2024

    • Author(s)
      Matsuda Yusuke
    • Journal Title

      Journal of Phycology

      Volume: 60 Pages: 26~28

    • DOI

      10.1111/jpy.13429

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Algal chloroplast pyrenoids: Evidence for convergent evolution2024

    • Author(s)
      Long Benedict Michael、Matsuda Yusuke、Moroney James V.
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 121 Pages: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2402546121

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Diatom pyrenoids are encased in a protein shell that enables efficient CO2fixation2023

    • Author(s)
      Shimakawa Ginga、Demulder Manon、Flori Serena、Kawamoto Akihiro、Tsuji Yoshinori、Benjamin Engel、Matsuda Yusuke et al
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2023.10.25.564039

    • Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Coordinated phosphate uptake by extracellular alkaline phosphatase and solute carrier transporters in marine diatoms2023

    • Author(s)
      Matsui Hiroaki、Harada Hisashi、Maeda Kanako、Sugiyama Toshiki、Fukuchi Yohei、Kimura Nanae、Nawaly Hermanus、Tsuji Yoshinori、Matsuda Yusuke
    • Journal Title

      New Phytologist

      Volume: 241 Pages: 1210~1221

    • DOI

      10.1111/nph.19410

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 海洋性珪藻のピレノイド構造とその機能2023

    • Author(s)
      Matsui Hiroaki、Matsuda Yusuke
    • Journal Title

      PLANT MORPHOLOGY

      Volume: 35 Pages: 29~33

    • DOI

      10.5685/plmorphol.35.29

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Stramenopile-Type Lipid Droplet Protein Functions as a Lipid Droplet Scaffold Protein in the Marine Diatom Phaeodactylum tricornutum2023

    • Author(s)
      Yoneda Kohei、Oishi Reika、Yoshida Masaki、Matsuda Yusuke、Suzuki Iwane
    • Journal Title

      Plant And Cell Physiology

      Volume: 64 Pages: 803~813

    • DOI

      10.1093/pcp/pcad040

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pyrenoid-core CO2-evolving machinery is essential for diatom photosynthesis in elevated CO22023

    • Author(s)
      Shimakawa Ginga、Okuyama Akane、Harada Hisashi、Nakagaito Shuko、Toyoshima Yui、Nagata Kazuya、Matsuda Yusuke
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: 193 Pages: 2298~2305

    • DOI

      10.1093/plphys/kiad475

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mapping of subcellular local pH in the marine diatom Phaeodactylum tricornutum2023

    • Author(s)
      Shimakawa Ginga、Yashiro Emi、Matsuda Yusuke
    • Journal Title

      Physiologia Plantarum

      Volume: 175 Pages: -

    • DOI

      10.1111/ppl.14086

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutumのピレノイド局在β炭酸脱水素酵素の機能解析2024

    • Author(s)
      米原朋希、Nawaly Hermsnus、嶋川銀河、松田祐介
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 珪藻細胞質局在θ型炭酸脱水素酵素の機能解析2024

    • Author(s)
      大澤敦喜、永田和也、嶋川銀河、松田祐介
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 海洋性珪藻Thalassiosira pseudonanaのチラコイド型重炭酸輸送体候補TpBSTの機能解析2024

    • Author(s)
      山下温大、仁岸みのり、天野凌輔、嶋川銀河、松田祐介
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 海洋性珪藻における細胞内ローカルpHのマッピング2024

    • Author(s)
      嶋川銀河、屋代愛美、松田祐介
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 異なる波長の光照射下における珪藻Phaeodactylum tricornutumの光合成特性とred-shift FCPの機能2024

    • Author(s)
      豊島正和、嶋川銀河、松田祐介
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 海洋性珪藻におけるRh因子の探索および機能解析2024

    • Author(s)
      松井啓晃、松田祐介
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 窒素飢餓下における海洋性珪藻のCCM発現応答2024

    • Author(s)
      天野桃花、嶋川銀河、松田祐介
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 海洋性珪藻におけるCas13dを利用したepisome導入型RNA編集2024

    • Author(s)
      内山琴音、小山菜々子、松田祐介、原田尚志
    • Organizer
      日本農芸化学会中四国支部第67回講演会
  • [Presentation] Mapping of subcellular local pHs in marine diatoms2023

    • Author(s)
      Ginga Shimakawa, Emi Yashiro, Yusuke Matsuda
    • Organizer
      第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] 異なる波長の光照射下における珪藻Phaeodactylum tricornutumの光質応答2023

    • Author(s)
      豊島正和、嶋川銀河、松田祐介
    • Organizer
      第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] 海洋性珪藻の光合成においてBestrophinがCO2濃縮および光防御に担う生理的役割2023

    • Author(s)
      仁岸みのり、松田祐介
    • Organizer
      第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] 海洋性珪藻Thalassiosira pseudonanaにおいてLhcXタンパク質が光防御に担う役割2023

    • Author(s)
      中安真菜、松田祐介
    • Organizer
      第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] Structure and function of diatom pyrenoid.2023

    • Author(s)
      Yusuke Matsuda
    • Organizer
      The Molecular Life of Diatoms, San Diego, USA
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Pyrenoid-core CO2 evolving machinery is essential for diatom photosynthesis in current and elevated CO2 world.2023

    • Author(s)
      Ginga Shimakawa, Yusuke Matsuda
    • Organizer
      The Molecular Life of Diatoms, San Diego, USA
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] CO2-concentrating mechanism in marine diatoms.2023

    • Author(s)
      Yusuke Matsuda
    • Organizer
      8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mapping of subcellular local pHs in marine diatoms.2023

    • Author(s)
      Ginga Shimakawa, Yusuke Matsuda
    • Organizer
      8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The role of Lhcx isoforms in photoprotection mechanism in the diatom, Thalassiosira pseudonana.2023

    • Author(s)
      Mana Nakayasu, Yusuke Matsuda
    • Organizer
      8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Bestrophin-knock out gave an impaired CCM phenotype in marine diatom, Phaeodactylum tricornutum.2023

    • Author(s)
      Minori Nigishi, Yusuke Matsuda
    • Organizer
      8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Photosynthesis of diatoms in seawater - Mechanisms based on the unique chloroplast structure.2023

    • Author(s)
      Yusuke Matsuda
    • Organizer
      CMBC Life Science Seminar, TU Dresden, Germany
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 海洋性珪藻におけるepisome 導入型RNA 編集2023

    • Author(s)
      内山琴音、小山菜々子、Hermanus Nawaly、嶋川銀河、松田祐介、原田尚志
    • Organizer
      日本植物学会第87回大会
  • [Presentation] Detailed observation of secondary chloroplast division in Phaeodactylum tricornutum.2023

    • Author(s)
      Atsuko Tanaka
    • Organizer
      8th European Phycological Congress (EPC8), Brest, France
    • Int'l Joint Research
  • [Book] 微生物を活用した有用物質の製造技術・大腸菌によるカロテノイド生産2023

    • Author(s)
      原田尚志、竹村美保、三沢典彦
    • Total Pages
      290
    • Publisher
      CMC出版
    • ISBN
      978-4-7813-1740-3
  • [Remarks] 関西学院大学 生命環境学部 海洋生命理工学研究室 Matsuda Laboratory

    • URL

      https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp/~matsuda/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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