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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Development of material for electron microscopy analysis using protein complex with huge internal space

Research Project

Project/Area Number 19H02519
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

田中 良和  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (20374225)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松井 崇  北里大学, 理学部, 講師 (30463582)
安部 聡  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40508595)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywordsヘモシアニン / 構造解析
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、クライオ電子顕微鏡を用いた構造解析のホストとして優れた特性(ゲストタンパク質を包摂でき、特徴的な構造の巨大分子であり、解析のノウハウが蓄積している)を有するヘモシアニンを用いて、分子量の小さなタンパク質の構造もクライオ電顕で決定できる手法を開発することを目指す。前年度までに、ヘモシアニン内部に存在するフリーのシステイン残基(Cys3246)を利用して、Ni-NTA基とHis6タグとの相互作用を利用して種々のHisタグ融合タンパク質をヘモシアニン内部に結合させる系や、マレイミド基を介して結合させたアジド基とアルキニル基を結合させたゲストタンパク質を共有結合させる反応系を構築した。2021年度はこれらの手法にてゲストを結合させたヘモシアニンの構造を電子顕微鏡にて観察した。ゲストとしてGFPをヘモシアニンに結合させ、超遠心分離によりヘモシアニンを精製したところ、GFPに由来する緑色の蛍光を発したことから、超遠心分離後もゲストが安定に結合していることがわかった。さらに、透過型電子顕微鏡によりその分子形状を観察したところ、多くの粒子が円状の会合構造を形成していた。10量体構造はゲストを包摂していないヘモシアニンと同様に容易にピックできる特徴的な構造を維持しており、以上の結果より、GFPを包摂したヘモシアニンが単粒子解析で粒子ピックする際の目印となり得る、有用なホストとして利用できることがわかった。本研究では、ヘモシアニン内部にゲストを包摂するための種々の方法を構築することができ、さらに、単粒子解析の際の有用なマーカー分子としての機能も維持できることを示すことができた。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2022 2021

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Chimeric mutants of staphylococcal hemolysin, which act as both one‐component and two‐component hemolysin, created by grafting the stem domain2022

    • Author(s)
      Ghanem Nouran、Kanagami Natsuki、Matsui Takashi、Takeda Kein、Kaneko Jun、Shiraishi Yasuyuki、Choe Christian A.、Uchikubo‐Kamo Tomomi、Shirouzu Mikako、Hashimoto Tsubasa、Ogawa Tomohisa、Matsuura Tomoaki、Huang Po‐Ssu、Yokoyama Takeshi、Tanaka Yoshikazu
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1111/febs.16354

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural insights reveal the second base catalyst of isomaltose glucohydrolase2021

    • Author(s)
      Tagami Takayoshi、Chen Minghao、Furunaga Yuta、Kikuchi Asako、Sadahiro Juri、Lang Weeranuch、Okuyama Masayuki、Tanaka Yoshikazu、Iwasaki Tomohito、Yao Min、Kimura Atsuo
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 289 Pages: 1118~1134

    • DOI

      10.1111/febs.16237

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biochemical properties of CumA multicopper oxidase from plant pathogen, <i>Pseudomonas syringae</i>2021

    • Author(s)
      Ishida Konan、Tsukamoto Yuya、Horitani Masaki、Ogawa Tomohisa、Tanaka Yoshikazu
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 85 Pages: 1995~2002

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab123

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] LC?MS peak assignment based on unanimous selection by six machine learning algorithms2021

    • Author(s)
      Ito Hiroaki、Matsui Takashi、Konno Ryo、Itakura Makoto、Kodera Yoshio
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-021-02899-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡単粒子解析法によるウサギ赤血球ライセートに内在する80Sリボソーム構造解析の検討2021

    • Author(s)
      千足啄馬、横山武司、田中良和
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡単粒子解析によるリボソームを標的としたアミノ配糖体抗菌薬の新規作用機序の解明2021

    • Author(s)
      伴野詢太、浅野航佑、鈴木仁人、横山武司、田中良和
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 薬剤耐性獲得機構の解明に向けた、クライオ電子顕微鏡単粒子解析による非結核性抗酸菌Mycobacterium abscessusリボソームへのマクロライド結合様式の解明2021

    • Author(s)
      橋本翼、高田希美、千足啄馬、深野華子、山本健太郎、鈴木仁人、星野仁彦、横山武司、田中良和
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Cryo-EM visualizes ribosomes in mammalian cell free translation system2021

    • Author(s)
      Takuma Chiashi, Takeshi Yokoyama, Yoshikazu Tanaka
    • Organizer
      日本・ウクライナ・タイ二国間交流事業合同シンポジウム
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Elucidation of the binding mode of a macrolide antibiotic to NTM ribosome for understanding drug resistance mechanism by using cryo-EM2021

    • Author(s)
      Tsubasa Hashimoto, Nozomi Takada, Takuma Chiashi, Hanako Fukano, Kentaro Yamamoto, Masato Suzuki, Yoshihiko Hoshino, Takeshi Yokoyama, Yoshikazu Tanaka
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Elucidation of new action mechanism of aminoglycoside antibiotics on ribosomes using single particle cryo-electron microscopy2021

    • Author(s)
      Junta Tomono,Kosuke Asano,Masato Suzuki, Takeshi Yokoyama,Yoshikazu Tanaka
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 非結核性抗酸菌Mycobacterium abscessusリボソームにおけるマクロライド耐性機構の解明を目指したクライオ電子顕微鏡構造解析2021

    • Author(s)
      橋本翼、高田希美、千足啄馬、深野華子、山本健太郎、鈴木仁人、星野仁彦、横山武司、田中良和
    • Organizer
      2021年度生物物理学会、北海道支部・東北支部合同例会
  • [Presentation] Design of In-cell Protein Crystals for Development of Bio-solid Materials2021

    • Author(s)
      Satoshi Abe and Takafumi Ueno
    • Organizer
      22nd American Conference on Crystal Growth and Epitaxy (ACCGE-22)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 迅速タンパク質結晶化とサブミクロン結晶構造解析2021

    • Author(s)
      安部 聡、田中潤子、上野隆史
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 無細胞タンパク質合成を利用した結晶化とサブミクロン結晶構造解析2021

    • Author(s)
      安部 聡、上野隆史
    • Organizer
      第70回高分子討論会
  • [Presentation] 細胞内タンパク質結晶の分子設計による生体固体材料の開発2021

    • Author(s)
      安部 聡
    • Organizer
      酵素工学研究会 第86回講演会
    • Invited
  • [Presentation] 微量組織を対象とした高感度ペプチドミクス2021

    • Author(s)
      小寺義男, 中川譲, 板倉誠, 紺野亮, 紺野亮, 大橋潤子, 佐藤俊哉, 川島祐介, 松井崇
    • Organizer
      第46回日本医用マススペクトル学会年会
  • [Presentation] SI-GeLC-MS/MSを用いた蛋白質切断状態の高精度比較分析2021

    • Author(s)
      小寺義男, 紺野亮, 伊東大晃, 松井崇
    • Organizer
      第69回質量分析総合討論会

URL: 

Published: 2022-12-28  

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