2020 Fiscal Year Annual Research Report
腫瘍浸潤T細胞が認識するがん特異的抗原の網羅的解析
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19H03522
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| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
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Principal Investigator |
清谷 一馬 公益財団法人がん研究会, がんプレシジョン医療研究センター 免疫ゲノム医療開発プロジェクト, 主任研究員 (30433642)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
黒田 大祐 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 講師 (60756732)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 腫瘍浸潤T細胞 / ネオアンチゲン / ネオ抗原 / T細胞受容体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、腫瘍組織内に浸潤したT細胞 (腫瘍浸潤T細胞) がネオアンチゲンを含むどのようながん特異的抗原を認識しているかを網羅的に解析し、その抗原とT細胞受容体、およびその相互作用を予測するシステムを開発することを目的としている。
1) 腫瘍浸潤T細胞レパトア解析によるがん特異的T細胞の同定
新鮮大腸がん手術検体10検体を収集し、昨年度開発した方法を用いて腫瘍浸潤T細胞および患者由来がん細胞の分離・培養した。また、腫瘍浸潤T細胞および患者由来がん細胞を2週間共培養することにより、腫瘍反応性T細胞を増殖させることに成功した。さらにこの腫瘍反応性T細胞のTCRレパトア解析を行い、enrichしているTCRalpha/betaペアを同定し、TCR遺伝子導入T細胞の作製を行った。
2) タンパク質の立体構造に基づく分子シミュレーションと機械学習によるがん特異的T細胞の予測
これまでに同定したネオアンチゲン特異的T細胞のTCR遺伝子導入T細胞を用いた解析により、変異ペプチドに特異的なTCRと正常型ペプチドとも交差反応を示すTCRが存在することを明らかにした。現在、ドッキングシミュレーションと機械学習を用いたpeptide-HLAの結合予測系を用いて、予測されたネオアンチゲンペプチドとHLAとの結合予測を行っており、変異特異的TCRおよび正常と交差反応を示すTCRの構造的な違いを検討している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
腫瘍浸潤T細胞および患者由来がん細胞の共培養を用いて、腫瘍反応性T細胞のTCRalpha/betaのペアをいくつか同定することに成功した。また、TCR遺伝子導入T細胞を用いた解析により、変異ペプチドに特異的なTCRと正常型ペプチドとも交差反応を示すTCRが存在することを明らかにした。
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| Strategy for Future Research Activity |
1) 腫瘍浸潤T細胞レパトア解析によるがん特異的T細胞の同定
同定した腫瘍反応性T細胞のTCR遺伝子導入T細胞を用いて、その認識抗原のスクリーニングを行う。このため、新たな抗原スクリーニング系の開発を目指す。
2) タンパク質の立体構造に基づく分子シミュレーションと機械学習によるがん特異的T細胞の予測
これまでに同定した変異ペプチドに特異的なネオアンチゲン特異的TCRと正常型ペプチドとも交差反応を示すネオアンチゲン特異的TCRを中心に、ドッキングシミュレーションと機械学習を用いたpeptide-HLAの結合予測系を用いて、その構造的な違いを検討していく。
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[Journal Article] Monitoring epidermal growth factor receptor C797S mutation in Japanese non?small cell lung cancer patients with serial cell‐free DNA evaluation using digital droplet PCR2021
Author(s)
Ariyasu R, Uchibori K, Sasaki T, Tsukahara M, Kiyotani K, Yoshida R, Ono Y, Kitazono S, Ninomiya H, Ishikawa Y, Mizukami Y, Yanagitani N, Fujita N, Nishio M, Katayama R.
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Journal Title
Cancer Science
Volume: 112
Pages: 2371-2380
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Peripheral T cell receptor repertoire features predict durable responses to anti-PD-1 inhibitor monotherapy in advanced renal cell carcinoma2021
Author(s)
Kato T, Kiyotani K, Tomiyama E, Koh Y, Matsushita M, Hayashi Y, Nakano K, Ishizuya Y, Wang C, Hatano K, Kawashima A, Ujike T, Fujita K, Nonomura N, Uemura M.
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Journal Title
OncoImmunology
Volume: 10
Pages: 1862948～1862948
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Immunogenomic landscape of gynecologic carcinosarcoma2021
Author(s)
Gotoh O, Kiyotani K, Chiba T, Sugiyama Y, Takazawa Y, Nemoto K, Kato K, Tanaka N, Nomura H, Hasegawa K, Fujiwara K, Takamatsu S, Matsumura N, Noda T, Mori S.
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Journal Title
Gynecologic Oncology
Volume: 160
Pages: 547～556
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Thermodynamic Dissection of Potency and Selectivity of Cytosolic Hsp90 Inhibitors2021
Author(s)
Yoshimura C, Nagatoishi S, Kuroda D, Kodama Y, Uno T, Kitade M, Chong-Takata K, Oshiumi H, Muraoka H, Yamashita S, Kawai Y, Ohkubo S, Tsumoto K.
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Journal Title
Journal of Medicinal Chemistry
Volume: 64
Pages: 2669～2677
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A Potential Mechanism of Anticancer Immune Response Coincident With Immune-related Adverse Events in Patients With Renal Cell Carcinoma2020
Author(s)
Kato T, Tomiyama E, Koh Y, Matsushita M, Hayashi Y, Nakano K, Ishizuya YU, Wang C, Hatano K, Kawashima A, Ujike T, Kawasaki K, Morii E, Gotoh K, Eguchi H, Kiyotani K, Fujita K, Nonomura N, Uemura M.
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Journal Title
Anticancer Research
Volume: 40
Pages: 4875～4883
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Cooperation of genes in HPV16 E6/E7-dependent cervicovaginal carcinogenesis trackable by endoscopy and independent of exogenous estrogens or carcinogens2020
Author(s)
Bottinger P, Schreiber K, Hyjek E, Krausz T, Spiotto MT, Steiner M, Idel C, Booras H, Beck-Engeser G, Riederer J, Willimsky G, Wolf SP, Karrison T, Jensen E, Weichselbaum RR, Nakamura Y, Yew PY, Lambert PF, Kurita T, Kiyotani K, Leisegang M, Schreiber H.
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Journal Title
Carcinogenesis
Volume: 41
Pages: 1605～1615
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Presentation] Combined targeting of tumor-stroma and cancer cells by T cells is essential for eradication of solid tumors2020
Author(s)
Steven P. Wolf, Vasiliki Anastasopoulou, Madeline Steiner, Markus I. Diehl, Kimberley Borutta, Boris Engels, Poh Yin Yew, Kazuma Kiyotani, Yusuke Nakamura, Karin Schreiber, Hans Schreiber, Matthias Leisegang
Organizer
第79回日本癌学会
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