2021 Fiscal Year Annual Research Report
腫瘍浸潤T細胞が認識するがん特異的抗原の網羅的解析
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19H03522
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| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
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Principal Investigator |
清谷 一馬 公益財団法人がん研究会, がんプレシジョン医療研究センター 免疫ゲノム医療開発プロジェクト, 主任研究員 (30433642)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
黒田 大祐 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 講師 (60756732)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 腫瘍浸潤T細胞 / ネオアンチゲン / ネオ抗原 / T細胞受容体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、腫瘍浸潤T細胞がneoantigenを含めどのような抗原を認識しているかを網羅的に解析し、その抗原とT細胞受容体を予測するシステムを開発することを目的としている。新鮮手術検体を用いて、1) 腫瘍浸潤T細胞レパトア解析によるがん特異的T細胞の同定、2) タンパク質の立体構造に基づく分子シミュレーションと機械学習によるがん特異的T細胞の予測、の二つの項目について解析を行った。
1) 腫瘍浸潤T細胞レパトア解析によるがん特異的T細胞の同定
新鮮大腸がん手術検体10検体を収集し、腫瘍浸潤T細胞および患者由来がん細胞の分離・培養した。この培養した腫瘍浸潤T細胞および患者由来がん細胞を2週間in vitroで共培養することにより、2症例のがんより腫瘍反応性T細胞を増殖させることに成功した。この腫瘍反応性T細胞のTCRレパトア解析を行い、TCRalpha/betaペアを同定し、TCR遺伝子導入T細胞の作製を行った。この腫瘍反応性遺伝子導入T細胞は患者由来がん細胞を認識することを確認した。Tandem minigeneを用いて、ネオアンチゲン反応性を検証し、ネオアンチゲン認識T細胞の存在も明らかとなった。
2) タンパク質の立体構造に基づく分子シミュレーションと機械学習によるがん特異的T細胞の予測
これまでに同定したネオアンチゲン特異的T細胞のTCR遺伝子導入T細胞を用いた解析により、変異ペプチドに特異的なTCRと正常型ペプチドとも交差反応を示すTCR
が存在することを明らかにした。現在、ドッキングシミュレーションと機械学習を用いたpeptide-HLAの結合予測系を用いて、予測されたネオアンチゲンペプチドとHLAとの結合予測を行い、変異特異的TCRおよび正常と交差反応を示すTCRの構造的な違いのパターンを検出した。
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| Research Progress Status |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Perioperative circulating tumor DNA enables the identification of patients with poor prognosis in upper tract urothelial carcinoma2022
Author(s)
Nakano K, Koh Y, Yamamichi G, Yumiba S, Tomiyama E, Matsushita M, Hayashi Y, Wang C, Ishizuya Y, Yamamoto Y, Kato T, Hatano K, Kawashima A, Ujike T, Fujita K, Kiyotani K, Katayama K, Yamaguchi R, Imoto S, Imamura R, Nonomura N, Uemura M.
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Journal Title
Cancer Science
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Current advances in biopharmaceutical informatics: guidelines, impact and challenges in the computational developability assessment of antibody therapeutics2022
Author(s)
Khetan R, Curtis R, Deane CM, Hadsund JT, Kar U, Krawczyk K, Kuroda D, Robinson SA, Sormanni P, Tsumoto K, Warwicker J, Martin ACR.
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Journal Title
mAbs
Volume: 14
Pages: 2020082
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Efficacy of Intranodal Neoantigen Peptide-pulsed Dendritic Cell Vaccine Monotherapy in Patients With Advanced Solid Tumors: A Retrospective Analysis2021
Author(s)
Morisaki T, Morisaki T, Kubo M, Onishi H, Hirano T, Morisaki S, Eto M, Monji K, Takeuchi A, Nakagawa S, Tanaka H, Koya N, Umebayashi M, Tsujimura K, Yew PY, Yoshimura S, Kiyotani K, Nakamura Y.
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Journal Title
Anticancer Research
Volume: 41
Pages: 4101-4115
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Neoantigens elicit T cell responses in breast cancer2021
Author(s)
Morisaki T, Kubo M, Umebayashi M, Yew PY, Yoshimura S, Park JH, Kiyotani K, Kai M, Yamada M, Oda Y, Nakamura Y, Morisaki T, Nakamura M.
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 11
Pages: 13590
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Generation of neoantigen-specific T cells for adoptive cell transfer for treating head and neck squamous cell carcinoma2021
Author(s)
Wei T, Leisegang M, Xia M, Kiyotani K, Li N, Zeng C, Deng C, Jiang J, Harada M, Agrawal N, Li L, Qi H, Nakamura Y, Ren L.
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Journal Title
OncoImmunology
Volume: 10
Pages: 1929726
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Genomic and Pathological Characterization of Multiple Renal Cell Carcinoma Regions in Patient With Tuberous Sclerosis Complex: A Case Report2021
Author(s)
Yamamoto T, Kato T, Hatano K, Kawashima A, Ujike T, Fukuhara S, Kiuchi H, Imamura R, Ibuki N, Kiyotani K, Kurashige M, Morii E, Fujita K, Nonomura N, Uemura M.
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Journal Title
Frontiers in Oncology
Volume: 11
Pages: 691996
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Monitoring epidermal growth factor receptor C797S mutation in Japanese non?small cell lung cancer patients with serial cell‐free DNA evaluation using digital droplet PCR2021
Author(s)
Ariyasu R, Uchibori K, Sasaki T, Tsukahara M, Kiyotani K, Yoshida R, Ono Y, Kitazono S, Ninomiya H, Ishikawa Y, Mizukami Y, Yanagitani N, Fujita N, Nishio M, Katayama R.
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Journal Title
Cancer Science
Volume: 112
Pages: 2371-2380
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Regulation of cadherin dimerization by chemical fragments as a trigger to inhibit cell adhesion2021
Author(s)
Senoo A, Ito S, Nagatoishi S, Saito Y, Ueno G, Kuroda D, Yoshida K, Tashima T, Kudo S, Sando S, Tsumoto K.
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Journal Title
Communications Biology
Volume: 4
Pages: 1041
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Early dynamics of T cell clonotypes as potential surrogate biomarker for immune checkpoint inhibitors.2021
Author(s)
Kato T, Kiyotani K, Yamamoto A, Uemura T, Yamamichi G, Tomiyama E, Koh Y, Matsushita M, Hatano K, Kawashima A, Uemura M, Nonomura N.
Organizer
第80回日本癌学会
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[Presentation] Generation of neoantigen-specific T cells for adoptive cell transfer for treating head and neck squamous cell carcinoma.2021
Author(s)
Lili R, Wei T, Leisegang M, Xia M, Kiyotani K, Li N, Zeng C, Deng C, Jiang J, Harada M, Agrawal N, Li L, Qi H, Nakamura Y.
Organizer
第80回日本癌学会
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[Presentation] Epigenetic alteration of SALL3 contributes to chemoresistance in triple-negative breast cancer.2021
Author(s)
Matsushita Y, Komatsu M, Kiyotani K, Niinuma T, Suzuki H, Yoshimaru T, Tajima A, Imoto I, Honda J, Furukawa Y, Nakamura Y, Miyoshi Y, Sasa M, Katagiri T.
Organizer
第80回日本癌学会
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