2019 Fiscal Year Annual Research Report
Elucidation of gene dependence of sarcoma cells using functional genomics approach
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19H03525
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| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
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Principal Investigator |
旦 慎吾 公益財団法人がん研究会, がん化学療法センター 分子薬理部, 部長 (70332202)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
近藤 格 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (30284061)
田中 伯享 公益財団法人がん研究会, がん化学療法センター 分子薬理部, 研究員 (30815882) [Withdrawn]
礒山 翔 公益財団法人がん研究会, がん化学療法センター 分子薬理部, 研究員 (10843394)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 肉腫 / 機能ゲノミクス / 遺伝子依存性 / 薬剤感受性 / 分子標的薬 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
肉腫は、骨や軟部組織などの非上皮組織から発生するがんで、上皮組織由来の癌腫に比べ発生頻度が希少であるなどの理由から治療薬の開発が遅れている。我々は昨年度までに、14種の市販肉腫細胞株からなる肉腫パネルを構築し、肉腫および癌腫で承認されている化学療法剤や分子標的抗がん剤の感受性を測定してきた。本研究では、上記肉腫パネルを拡張するために、新たな細胞株を樹立、ないし収集し、パネルの充実化を図るとともに、開発中の各種分子標的抗がん剤の感受性を測定する。また、全エクソーム解析（WES）や発現解析（RNA-seq）などのゲノム解析、ゲノムワイドにがん細胞の遺伝子依存性を調べる手法であるshRNAスクリーンなどを駆使して、希少がんである肉腫の新たな創薬標的や効果予測バイオマーカーを見出し、画期的な新治療法を開発することを目的とする。
上記目的を達成するために、本年度（2019年度）は肉腫細胞株パネルの拡張を行い、患者由来細胞株（PDC）を含め30種の細胞株まで拡張した。これらのうち25細胞株について、WESおよびRNA-seq解析のためのDNA・RNAサンプルの抽出を行い、外部の共同研究者にシーケンス解析を依頼した。また、これらの細胞株について現在開発中のPI3K阻害剤の感受性解析を先行して行い、特定の肉腫サブタイプにアポトーシスを誘導することを明らかにした。PI3K阻害剤に加え、来年度以降に予定している薬剤感受性試験に向けて、肉腫に適応する化学療法剤や、肉腫治療薬としての開発が期待される各種分子標的薬を含む薬剤パネルを構築した。shRNAスクリーンによる機能ゲノミクス解析に関しては、3種類の肉腫細胞株を用いてウイルスライブラリーの感染実験を進めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本年度に予定していた肉腫細胞株の拡張は、研究分担者（近藤）の樹立した6種のPDCのも含め30細胞株まで拡張しており、極めて順調に進んでいる。また、バリエーションに関しても、さまざまなサブタイプ由来の肉腫細胞を収集しており、今後の解析によりサブタイプごとの遺伝子依存性、薬剤感受性が明らかになることが期待される。shRNAライブラリーについては、細胞株によって当初の予想以上にウイルスの導入効率が悪いものも存在したが、それぞれについて導入条件を最適化することにより克服しつつある。
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| Strategy for Future Research Activity |
基本的には研究計画調書通りに進めていく予定である。薬剤感受性試験については、300種程度の被験化合物のピックアップが終了したので、来年度以降、この薬剤パネルを用いたハイコンテンツイメージングによる感受性試験に進む予定である。shRNAライブラリーについては、ウイルス導入効率の最適化が済んだものから実験を開始する。
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