2021 Fiscal Year Annual Research Report
マルチオミクスを活用した新規プロテオーム解析技術の創出と脳腫瘍バイオマーカー探索
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19H03774
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
木村 弥生 横浜市立大学, 先端医科学研究センター, 准教授 (80391936)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
立石 健祐 横浜市立大学, 附属病院, 助教 (00512055)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | プロテオミクス / バイオマーカー探索 / 癌 / マルチオミクス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、患者病変部より独自に樹立した病態再現性の高い、様々なヒト由来脳腫瘍細胞株(patient-derived cell, PDC)を活用して、血清中に分泌される脳腫瘍関連タンパク質を同定するための新技術の確立と、早期診断や治療効果予測などに有用な脳腫瘍のためのバイオマーカーの開発と新規治療標的分子の選出を目指している。そのために、令和三年度は、以下の研究を行った。
1)次世代シーケンサーを用いたRNA-seq解析を実施し、各PDCにおいてRNAレベルで発現変動する遺伝子群を探索した。その結果、薬剤感受性PDC群に対して、薬剤抵抗性PDC群で2倍以上発現変動(p<0.01)する遺伝子群を抽出した。これら遺伝子群と、抗H3K27ac抗体を用いたクロマチン免疫沈降（ChIP）と、次世代シーケンサーを併用したChIP-seq解析により同定したスーパーエンハンサーが発現制御する遺伝子群を比較した。これにより、薬剤抵抗性PDC群において真に高発現し、表現型の決定に関与する可能性が高い分子を選出した。
2)質量分析装置を用いた細胞内プロテオーム解析により、薬剤感受性PDC群に対して、薬剤抵抗性PDC群で2倍以上発現変動(p<0.01)するタンパク質群を抽出し、1)で選出した遺伝子群との比較を行った。その結果、共通して高発現している分子の中には、GBMの悪性度との関連性が示唆されている分子や細胞接着に係わる分子などが含まれていた。さらに昨年度PDC同所移植マウス血清中で検出したヒトタンパク質と共通する分子も含まれていた。
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| Research Progress Status |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Sirtuin activation targets IDH-mutant tumors2021
Author(s)
Miller Julie J、Fink Alexandria、Banagis Jack A、Nagashima Hiroaki、Subramanian Megha、Lee Christine K、Melamed Lisa、Tummala Shilpa S、Tateishi Kensuke、Wakimoto Hiroaki、Cahill Daniel P
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Journal Title
Neuro-Oncology
Volume: 23
Pages: 53～62
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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