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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Comprehensive understanding of mechanisms underlying the piRNA pathway

Research Project

Project/Area Number 19H05466
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

塩見 美喜子  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (20322745)

Project Period (FY) 2019-04-23 – 2024-03-31
KeywordspiRNA / トランスポゾン / PIWI / サイレンシング / 生殖
Outline of Annual Research Achievements

[RP-1]piRNA生合成因子Shu、Gasz/Daed複合体、Minoの解析を進めた。Shuは、piRNAに結合する前のPiwiに結合し、Yb bodyというpiRISC前駆体を形成する場に運び、そこに待機するSoYB/Vret複合体に引き渡す役割を担うことが明らかになった。DaedはGaszの安定性を高める因子であること、DaedのSAM ドメインの機能を明らかにした。Minoのミトコンドリアへの局在に必要なドメインを同定した。生殖系体細胞のpiRNA増幅はL(3)mbtが制御しているが、その補因子を同定しLint-Oと名づけた(Yamamoto-Matsuda et al. 2022)。[RP-2] piRNA生合成因子Papiのリン酸化がpiRNA生合成の制御に重要であること、また、そのリン酸化の責任因子がPar1であることを明らかにした(Yamada et al. 2022)。piRNA生合成因子Maelの機能解析を進めMaelはSpn-E、Qinと共に一群のnuageと呼ばれるオルガネラを形成し、piRNA生合成に寄与することを見出した(Namba et al. 2022)。piRNA生合成因子VasaのRNA結合と自己会合の両者がVasa bodyの形成に必須であることを見出した。Vasa bodyは相分離を介して形成される。また、VasaはpiRNAの前駆体となるトランスポゾン mRNAに好んで結合することが見出された。[RP-4] piRNA因子Armi とGasz/Daed複合体の立体構造解析を進めた。因子の精製条件の検討を行った。[RP-5] マウス胎児期生殖細胞のクロマチン動態に関与する因子としてMorc1を同定した。Morc1の有無によるクロマチン動態変化、RNA発現の変化を解析したところ、Miwi2との関連が見出された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本年度は学術論文を6報発表した。1報は総説で、EMBO Reportsからの招待を受けて執筆した(Onishi et al. 2021)。令和2年度の実績報告書では、Lint-O変異体では脳腫瘍は見出されなかったと記載したが、その後の解析によりLint-O変異体も脳腫瘍を引き起こすことが判明した(Yamamoto-Matsuda et al. 2022)。L(3)mbtの欠損はLint-Oの不安定化を導くが、Lint-Oの欠損はL(3)mbtの不安定化を導かない。L(3)mbtはLint-O以外の因子、例えばLint-1とも結合し標的遺伝子の発現を制御する。Lint-O変異体ではL(3)mbtはLint-1やその他の補因子と機能しているにも関わらず脳腫瘍を形成したことから、L(3)mbtよりもLint-Oの方が脳腫瘍形成阻止の活性が強いことが示唆された。SpringerトランスポゾンのL(3)mbt遺伝子への挿入が新たなL(3)mbt isoformの発現に繋がっていること、また、Springerと宿主遺伝子間で異種間スプライシングが起こっていることを見出した。同現象が他の遺伝子でも起こっている可能性がある。新L(3)mbt isoformは従来のL(3)mbtに比べ分子量が小さいが機能は保存されており哺乳動物L(3)mbtへ高い相同性を示す。進化の過程の一端を表しているのかもしれない。Minoのミトコンドリアへの局在ドメインはalpha helixをとることが判明した。この領域はリン脂質の分解に働く因子に見られるが、Minoのドメインはその活性は失っているもののリン脂質には結合することが見出された。その性質がミトコンドリア局在に関わる可能性が考えられた。piRNA研究から思いもよらなかった方向性が派生しつつある。

Strategy for Future Research Activity

[RP-1] Gasz/Daed複合体の機能に関しては、DaedのSAM ドメインがArmiとの結合に寄与する可能性が見られており、その検証を行う。Daedはショウジョウバエにしか見られない。進化的な側面から、Daedのショウジョウバエ特異性の意義を明らかにする。Minoのミトコンドリア局在はリン脂質を介するものであることが示唆されたため、その検証実験を進める。L(3)mbtに結合する因子でLint-O以外の因子を同定する。L(3)mbtはVasa遺伝子の発現を抑制するがそれを指標に新たな因子を同定する。すでにL(3)mbtのIPによって候補因子は得られているため、その解析を進める。並行してLint-O変異体の解析をさらに展開する。[RP-2]現在、piRNA生合成因子Qinに関する研究を進めている。BmN4細胞が発現する大半のpiRNAはSpn-E依存的に生成されるが、一部のpiRNAの生成はQin特異的に起こる。この2つの生合成機構の違いを分子レベルで明らかにすると共に、Qin依存的に起こるpiRNA生合成の生理学的意義を理解する。Vasaは核と細胞質を行き来することが見出された。その生理学的意義を理解するための解析を進める。また、VasaのNLS及びNESを同定する。Rhiは生殖細胞のpiRNAクラスタを決定する因子であると報告されているが、その仕組みは不明であるため、それを解決する。[RP-4] piRNA因子Armi とGasz/Daed複合体の立体構造解析を進める。[RP-5]Morc1は4種類のドメインを持つが、各々のドメインの役割分担は不明であるため、その解析を進める。また、Morc1とMiwi2との相互作用実験を行う。

  • Research Products

    (35 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (29 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] <scp>Lint‐O</scp> cooperates with L(3)mbt in target gene suppression to maintain homeostasis in fly ovary and brain2022

    • Author(s)
      Yamamoto‐Matsuda Hitomi、Miyoshi Keita、Moritoh Mai、Yoshitane Hikari、Fukada Yoshitaka、Saito Kuniaki、Yamanaka Soichiro、Siomi Mikiko C
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 23 Pages: e53813

    • DOI

      10.15252/embr.202153813

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis2022

    • Author(s)
      Yamada Hiromi、Nishida Kazumichi M.、Iwasaki Yuka W.、Isota Yosuke、Negishi Lumi、Siomi Mikiko C.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 1518

    • DOI

      10.1038/s41467-022-29193-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Maelstrom functions in the production of Siwi-piRISC capable of regulating transposons in Bombyx germ cells2022

    • Author(s)
      Namba Yurika、Iwasaki Yuka W.、Nishida Kazumichi M.、Nishihara Hidenori、Sumiyoshi Tetsutaro、Siomi Mikiko C.
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Pages: 103914~103914

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.103914

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] T-hairpin structure found in the RNA element involved in piRNA biogenesis2022

    • Author(s)
      Takase Naomi、Otsu Maina、Hirakata Shigeki、Ishizu Hirotsugu、Siomi Mikiko C.、Kawai Gota
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 28 Pages: 541~550

    • DOI

      10.1261/rna.078967.121

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] piRNA‐ and siRNA‐mediated transcriptional repression in <i>Drosophila</i> , mice, and yeast: new insights and biodiversity2021

    • Author(s)
      Onishi Ryo、Yamanaka Soichiro、Siomi Mikiko C
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 22 Pages: e53062

    • DOI

      10.15252/embr.202153062

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ショウジョウバエ卵巣体細胞におけるpiRNA生合成の場Yb bodyへのPiwi局在化のメカニズムとその制御2022

    • Author(s)
      平形樹生、藤田あおい、巴裕美子、塩見美喜子
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] piRNA生合成機構におけるQinの分子機能解析2022

    • Author(s)
      難波祐里香、西田知訓、小野幸輝、岩崎由香、鍛治屋麻子、浅井潔、塩見美喜子
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 脳腫瘍抑制因子L(3)mbtによるpiRNA増幅システムの制御機構の解明2022

    • Author(s)
      山田紘実、黒田李花子、塩見美喜子
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ミトコンドリア上足場タンパク質Gasz/Daedヘテロ複合体のpiRISC成熟化への寄与の解析2022

    • Author(s)
      古賀結花、根岸茉由、藤澤達也、平形樹生、塩見美喜子
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] トランスポゾン抑制因子Morc1の相分離を介した顆粒形成メカニズムの解析2022

    • Author(s)
      礒田洋祐、山﨑啓也、中山弦、山中総一郎、塩見美喜子
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] DNA結合タンパク質Morc1はマウスゴノサイトにおいてレトロトランスポゾンにH3K9me3を導入する2022

    • Author(s)
      采女優太、中山弦、前田隆、塩見美喜子、山中総一郎
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Mechanism and regulation of Piwi localization to Yb bodies the piRNA biogenesis center in Drosophila ovarian somatic cells2022

    • Author(s)
      Shigeki Hirakata, Aoi Fujita, Yumiok Tomoe, Mikiko C. Siomi
    • Organizer
      第23回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Characterization of the germline-specific DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of germ granules2022

    • Author(s)
      Hiroya Yamazaki, Yurika NAMBA, Kazumichi M. Nishida, Ryo Murakami, Shogo Kuriyama, Asako Kajiya, Mikiko C. Siomi
    • Organizer
      第23回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Maelstrom functions in the production of Siwi-piRISC capable of regulating transposons in Bombyx germ cells2022

    • Author(s)
      Yurika NAMBA, Yuka W. Iwasaki, Kazumichi M. Nishida, Hidenori Nishihara, Tetsutaro Sumiyoshi, Mikiko C. Siomi
    • Organizer
      第23回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Analysis of the mechanism underlying Piwi-piRISC production via phasing in Drosophila ovarian somatic cells2022

    • Author(s)
      Yuica Koga, Mayu Negishi, Shigeki Hirakata, Mikiko C. Siomi
    • Organizer
      第23回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis2022

    • Author(s)
      Hiromi Yamada, Kazumichi M. Nishida, Yuka W. Iwasaki, Yosuke Isota, Lumi Negishi, Mikiko C. Siomi
    • Organizer
      第23回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Lint-O cooperates with L(3)mbt in gene regulation to maintain homeostasis in Drosophila ovary and brain2022

    • Author(s)
      Keita Miyoshi, Hitomi Yamamoto-Matsuda, Mai Moritoh, Hikari Yoshitane, Yoshitaka Fukuda, Kuniaki Saito, Soichiro Yamanaka, Mikiko C. Siomi
    • Organizer
      第23回日本RNA学会年会
  • [Presentation] ヘテロ複合体足場タンパク質によるpiRNA前駆体ミトコンドリア繋留機構の解析2022

    • Author(s)
      古賀 結花
    • Organizer
      第21回東京大学生命科学シンポジウム
  • [Presentation] piRNA biogenesis and its regulation in Drosophila2021

    • Author(s)
      Mikiko C. Siomi
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ショウジョウバエ卵巣体細胞におけるPiwiタンパク質のYb body局在機構の解析2021

    • Author(s)
      平形樹生、巴裕美子、塩見美喜子
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] SiwiはPar-1キナーゼと協調して、PapiによるSiwi-piRISC生合成の自己抑制効果を解消する2021

    • Author(s)
      山田紘実、西田知訓、岩崎由香、礒田洋祐、根岸瑠美、塩見美喜子
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 生殖細胞においてMaelstromは転移因子を効率的に抑制するSiwi-piRISCの生合成に寄与する2021

    • Author(s)
      難波祐里香、岩崎由香、西田知訓、住吉哲太朗、塩見美喜子
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Characterization of the DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of germ granule, which is the piRNA biogenesis center in ovarian germ cells2021

    • Author(s)
      Hiroya Yamazaki, Kazumichi M. Nishida, Ryo Murakami, Shogo Kuriyama, Asako Kajiya, Mikiko C. Siomi
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ゴノサイト一過的なクロマチン弛緩を駆動する分子機構の解明2021

    • Author(s)
      名取達哉、関真秀、鈴木穣、塩見美喜子、山中総一郎
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ヘテロ二量体足場タンパク質によるpiRISC前駆体ミトコンドリア繋留機構の解析2021

    • Author(s)
      古賀結花、根岸茉由、平形樹生、塩見美喜子
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ゴノサイトにおいてDNAメチル化関連因子Morc1タンパク質が担う核内動態2021

    • Author(s)
      中山弦、塩見美喜子、山中総一郎
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] piRNAクラスターの選択性に関わる因子群の核局在と顆粒形成2021

    • Author(s)
      久保田博和、平形樹生、齋藤絡、塩見美喜子
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] piRNA生合成機構におけるQinの分子機能解析2021

    • Author(s)
      西田知訓、難波祐里香、岩崎由香、鍛治屋麻子、塩見春彦、塩見美喜子
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 脳腫瘍抑制因子L(3)mbtによるpiRNA因子群の転写制御機構の解明2021

    • Author(s)
      山本瞳、山中総一郎、盛藤舞、吉種光、深田吉孝、塩見美喜子
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ショウジョウバエLint-Oは体細胞において生殖細胞特異的遺伝子群の発現を抑制する2021

    • Author(s)
      三好啓太、山中総一郎、塩見美喜子、齋藤都暁
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis2021

    • Author(s)
      Hiromi Yamada
    • Organizer
      EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Characterization of the DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of germ granules2021

    • Author(s)
      Hiroya Yamazaki
    • Organizer
      EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Maelstrom ensures production of Siwi-piRISC capable of regulating transposon expression in germ cells2021

    • Author(s)
      Yurika Namba
    • Organizer
      EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Characterization of the DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of nuage, which is the piRNA biogenesis center in ovarian germ cells2021

    • Author(s)
      Hiroya Yamazaki
    • Organizer
      第22回日本RNA学会年会
  • [Remarks] 東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 塩見研究室

    • URL

      http://www-siomilab.biochem.s.u-tokyo.ac.jp/index.html

URL: 

Published: 2023-12-25  

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