単一細胞解析による覚醒制御機構の解明

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K06891
• Research Institution: Kansai Medical University
• Principal Investigator: 田中 進 関西医科大学, 医学部, 准教授 (30399472)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 単一細胞解析 / オレキシン / 睡眠 / 覚醒 / ナノポアシークエンス

Outline of Annual Research Achievements

2021年度はCOVID19の影響を受け、その飼育環境の制限により本研究にて必要となる遺伝子改変マウスを起こすことが出来なかった。
そこで昨年度ナノポアシークエンスによって得られた遺伝子（未処理群で27万遺伝子座、処理群で58万遺伝子座にマッピングされた）を解析するためのプラットフォームを作成した。マッピング用のminimap2をlong read用に調整し, マッピング, FeatureCountsでリードカウント, 補正後, edgeRで発現変動遺伝子を抽出した. FDR<0.01の遺伝子を発現変動遺伝子として抽出した. これにより各遺伝子座での脱落膜化で変動するmRNAコピー数の変化ならびにExon-Intron構造の変化したスプライシングバリアント遺伝子も同定した。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

本来の目的である遺伝子改変マウスが起こせていないため。ただし、解析のプラットフォームは順調に作成できている。

Strategy for Future Research Activity

今後、遺伝子改変マウスが起こせない場合にも、オレキシンニューロンが存在する視床下部外側野でのパンチアウト組織切片を作成し、それを用いたナノポアシークエンス解析を行った行く。また、培養細胞での刺激群で得られた遺伝子の機能解析をおこなっていく。

Causes of Carryover

COVID19の影響を受け、遺伝子改変マウスの飼育環境の制限のため、十分な検討が出来なかったため。

Research Products

• [Journal Article] Familial Hyperaldosteronism Type 3 with a Rapidly Growing Adrenal Tumor: An In Situ Aldosterone Imaging Study (2022)
  • Author(s): Takizawa N†, Tanaka S†, Nishimoto K*†, Sugiura Y, Suematsu M, Ohe C, Ohsugi H, Mizuno Y, Mukai K, Seki T, Oki K, Gomez-Sanchez CE, Matsuda T
  • Journal Title: Curr Issues Mol Biol Volume: 44 Pages: 128-138
  • DOI: 10.3390/cimb44010010.
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Cpeb1 expression is post-transcriptionally regulated by AUF1, CPEB1, and microRNAs. (2022)
  • Author(s): Oe S, Hayashi S, Tanaka S, Koike T, Hirahara Y, Kakizaki R, Sakamoto S, Noda Y, Yamada H, Kitada M.
  • Journal Title: FEBS Open Bio Volume: 12 Pages: 82-94
  • DOI: 10.1002/2211-5463.13286
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Distribution, fine structure, and three-dimensional innervation of lamellar corpuscles in rat plantar skin (2021)
  • Author(s): Koike T, Ebara S, Tanaka S, Kase M, Hirahara Y, Hayashi S, Oe S, Nakano Y, Kitada M, Kumamoto K.
  • Journal Title: Cell Tissue Res Volume: 386 Pages: 477-490
  • DOI: 10.1007/s00441-021-03525-5
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transcriptional regulation of LGALS9 by HAND2 and FOXO1 in human endometrial stromal cells in women with regular cycles. (2021)
  • Author(s): Murata H, Tanaka S, Hisamatsu Y, Tsubokura H, Hashimoto Y, Kitada M, Okada H.
  • Journal Title: Mol Hum Reprod Volume: 27 Pages: gaa063
  • DOI: 10.1093/molehr/gaab063
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Matrix Metalloproteinases in Human Decidualized Endometrial Stromal Cells (2021)
  • Author(s): Hisamatsu Y, Murata H, Tsubokura H, Hashimoto Y, Kitada M, Tanaka S, Okada H.
  • Journal Title: Curr Issues Mol Biol Volume: 43 Pages: 2111-2123
  • DOI: 10.3390/cimb43030146
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] イモリ脊髄再生におけるトランスクリプトーム解析 -イモリから学ぶ再生原理- (2022)
  • Author(s): 林真一, 関亮平, 大江総一, 小池太郎, 平原幸恵, 田中進, 伊藤健, 安河内彦輝, 日笠幸一郎, 北田容章
  • Organizer: 第21回日本再生医療学会総会
• [Presentation] ラット足底皮膚の層板小体の分布と接地部位の相関 (2022)
  • Author(s): 小池太郎, 榎原智美, 田中進, 平原幸恵, 林真一, 大江総一, 関亮平, 中野洋輔, 北田容章, 熊本賢三
  • Organizer: 第127回日本解剖学会総会・全国学術集会
• [Presentation] イモリ脊髄再生におけるトランスクリプトーム解析 -イモリから学ぶ再生原理- (2022)
  • Author(s): 林真一, 関亮平, 大江総一, 小池太郎, 中野洋輔, 平原幸恵, 田中進, 伊藤健, 安河内彦輝, 日笠幸一郎, 北田容章
  • Organizer: 第127回日本解剖学会総会・全国学術集会
• [Presentation] 末梢神経におけるスルファチド分子種の挙動と作用機序の検討 (2022)
  • Author(s): 蒲生恵三, 平原幸恵, 小池太郎, 大江聡一, 田中進, 林真一, 関亮平, 中野洋輔, 小野勝彦, 北田容章
  • Organizer: 第127回日本解剖学会総会・全国学術集会
• [Presentation] グリオーマ進展過程において、腫瘍微小環境を形成するミクログリアのサブタイプは経日的に変化する (2022)
  • Author(s): 中野洋輔, 田中進, 平原幸恵, 林真一, 大江総一, 小池太郎, 関亮平, 北田容章
  • Organizer: 第127回日本解剖学会総会・全国学術集会
• [Presentation] 腎集合管に局在する2つのヒドロキシル基を持つ特殊なスルファチド分子種の同定 (2022)
  • Author(s): 平原幸恵, 中島啓子, 小池太郎, 蒲生恵三, 田中進, 大江総一, 林真一, 関亮平, 中野洋輔, 大江知里, 吉田崇, 片岡洋祐, 津田雅之, 本家孝一, 北田容章
  • Organizer: 第127回日本解剖学会総会・全国学術集会
• [Presentation] Silencing of miR-505 suppresses the malignant phenotype in glioma stem cells by targeting AUF (2022)
  • Author(s): 大江総一, 柿崎梨緒, 阪本純加, 田中進, 平原幸恵, 林真一, 小池太郎, 関亮平, 中野洋輔, 北田容章
  • Organizer: 第127回日本解剖学会総会・全国学術集会
• [Presentation] ヒト子宮内膜間質細胞におけるHAND2とFOXO1によるLGALS9の転写制御機構 (2021)
  • Author(s): 田中進、村田紘未、北田容章、岡田英孝
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会