Clarification of genome/epigenome interaction in microsatellite instable gastric cancer

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K07457
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: 松坂 恵介 千葉大学, 医学部附属病院, 准教授 (40610150)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: マイクロサテライト不安定性 / TP53 / エピジェネティクス / 胃癌の分子基盤

Outline of Annual Research Achievements

応募者らは、胃癌のDNAメチル化と遺伝子変異に関する先行研究により、過去の報告で定義した通り胃癌はDNAメチル化形質に基づいて明瞭に層別化されることを明らかにしてきた。その中でもDNAメチル化と遺伝子変異が高度に蓄積した一群として、DNAミスマッチ修復機構の破綻によるマイクロサテライト不安定性(MSI)を有した胃癌に改めて着目した。その結果、共通した特徴としてKRAS変異、TGFβ経路の不活化、野生型TP53、MLH1発現消失、MLL3不活化型変異が確認された。
そこで、MSI陽性胃癌の本態解明を目指す目的で、shRNAライブラリーとヒト初代培養細胞株を用いて、TP53非依存的な早期細胞老化経路を解析中である。これは初代ヒト線維芽細胞株に対してタモキシフェン誘導下にRASの活性化を来すことで早期細胞老化を誘導する実験系を用いて、ヒトの遺伝子を網羅的に搭載したshRNAライブラリーにより早期細胞老化に重要な遺伝子をスクリーニングする実験系である。
その結果、TP53やp16以外に複数の遺伝子の抽出に成功した。これらのデータと胃癌の臨床サンプルにおけるデータとを比較し、さらに胃癌細胞株のRNA-seqのデータについても合わせて検討した上で機能解析を行っている。また、TP53が野生型であることの意義について着目した解析を進めており、TP53を抑制する因子とその阻害剤についても解析中である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究の導入部分については概ね順調に進んでいるが、職場の異動に伴いやや進捗が遅れている。

Strategy for Future Research Activity

胃癌の臨床データとヒト線維芽細胞株を用いた解析、胃癌細胞株を用いたデータを用いて、MSI陽性胃癌におけるTP53が野生型であることの意義について着目した論文の執筆を進めているところである。

Research Products

• [Journal Article] Thirty years of Epstein-Barr virus-associated gastric carcinoma. (2020)
  • Author(s): Fukayama M, Abe H, Kunita A, Shinozaki-Ushiku A, Matsusaka K, Ushiku T, Kaneda A.
  • Journal Title: Virchows Arch Volume: 476 Pages: 353-365
  • DOI: 10.1007/s00428-019-02724-4
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] A low DNA methylation epigenotype in lung squamous cell carcinoma and its association with idiopathic pulmonary fibrosis and poorer prognosis. (2020)
  • Author(s): Hata A, Nakajima T, Matsusaka K, Fukuyo M, Morimoto J, Yamamoto T, Sakairi Y, Rahmutulla B, Ota S, Wada H, Suzuki H, Matsubara H, Yoshino I, Kaneda A.
  • Journal Title: Int J Cancer Volume: 146 Pages: 388-399
  • DOI: 10.1002/ijc.32532
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Establishment of epigenetic markers to predict irradiation efficacy against oropharyngeal cancer. (2020)
  • Author(s): Kurokawa T, Nakagawa T, Matsusaka K, Fukuyo M, Mima M, Misawa K, Rahmutulla B, Ikeda JI, Hanazawa T, Okamoto Y, Kaneda A
  • Journal Title: Cancer Sci. Volume: 111 Pages: 1407-1416
  • DOI: 10.1111/cas.14338
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Stratification of HPV-associated and HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinomas based on DNA methylation epigenotypes. (2020)
  • Author(s): Nakagawa T, Matsusaka K, Misawa K, Ota S, Fukuyo M, Rahmutulla B, Kunii N, Sakurai D, Hanazawa T, Matsubara H, Okamoto Y, Kaneda A
  • Journal Title: Int J Cancer. Volume: 146 Pages: 2460-2474.
  • DOI: 10.1002/ijc.32890
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Epstein-Barr virus-positive gastric cancer involves enhancer activation through activating transcription factor 3. (2020)
  • Author(s): Asakawa Y, Okabe A, Fukuyo M, Li W, Ikeda E, Mano Y, Funata S, Namba H, Fujii T, Kita K, Matsusaka K, Kaneda A.
  • Journal Title: Cancer Sci. Volume: － Pages: －
  • DOI: 0.1111/cas.14370
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research