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2019 Fiscal Year Research-status Report

非コードRNAの発現ネットワーク解析に基づく消化器癌病態の解明と診断治療への応用

Research Project

Project/Area Number 19K08372
Research InstitutionSapporo Medical University

Principal Investigator

井戸川 雅史  札幌医科大学, 医学部, 講師 (00404749)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords非コードRNA / 癌 / non-coding RNA / ネットワーク解析 / RNA-seq
Outline of Annual Research Achievements

これまで,蛋白質をコードする遺伝子間(intergenic)のゲノム領域は何の機能も持たないDNA配列(junk DNA)と考えられてきた.しかし近年のトランスクリプトーム解析により,そのような領域の多くが転写されmRNAのように発現していることが明らかとなった.中でもmRNAと同様にエクソンや5’キャップ,polyA構造を持つ多数の長鎖非コードRNA(long non-coding RNA, lncRNA)が,癌などの疾患病態においても重要な役割を果たしていることが明らかとなり,ヒトの生命現象の複雑性を説明する論拠となりつつある.そこで,公共データベースに登録されている消化器癌組織サンプルのRNA-seqのビッグデータを用いて,蛋白コード遺伝子およびlncRNAの発現を解析し,臨床属性との相関解析および発現ネットワーク解析により機能的に重要なハブlncRNA群を同定したい.
まず,The Cancer Genome Atlas (TCGA)からRNA-seqの一次解析データを消化器癌の組織別にダウンロードし,シーケンス配列アラインメントソフトウェアであるHisat2を用いて,ヒトゲノム配列(hg38)へのアラインメントを行った.次に,転写産物構築ソフトウェアであるCufflinksを用いて,Hisat2によって得られたリード数のデータを解析することで,長鎖非コードRNA(lncRNA)を含む遺伝子転写産物の発現量を定量した.この際,転写産物のリファレンスとしてhg38に加えて,lncRNAデータベースであるLNCipediaの情報も用いた.サンプルごとのリード数のばらつきを補正するため,同付属ソフトウェアであるCuffnormを用いて組織型ごとに発現量の正規化を行った.
今後,サンプルに付随する属性情報(正常・腫瘍の別,遺伝子変異,生存率など)を発現情報と統合して属性グループ間で比較を行うと共に,ネットワーク解析によりハブlncRNA群の抽出を行う予定である.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通り研究が進んでいるため.

Strategy for Future Research Activity

引き続き,研究計画に従って研究を進めていく予定である.

Causes of Carryover

消耗品については,本年度はコンピュータ解析が主体で実験試薬の購入が少なかったため.来年度,候補のlncRNAが抽出できればその解析に用いる予定.
旅費については本年度,海外の学会に参加しなかったため.新型コロナウイルスが収束した場合,海外の学会参加を予定している.
その他については,スーパーコンピュータの使用が無料の範囲内に収まったため,来年度以降の解析での使用を予定している.

  • Research Products

    (4 results)

All 2019

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] Prognostic Effect of Long Noncoding RNA NEAT1 Expression Depends on p53 Mutation Status in Cancer2019

    • Author(s)
      Idogawa Masashi、Nakase Hiroshi、Sasaki Yasushi、Tokino Takashi
    • Journal Title

      Journal of Oncology

      Volume: 2019 Pages: 1~7

    • DOI

      https://doi.org/10.1155/2019/4368068

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] High filamin-C expression predicts enhanced invasiveness and poor outcome in glioblastoma multiforme2019

    • Author(s)
      Kamil Muhammad、Shinsato Yoshinari、Higa Nayuta、Hirano Takuro、Idogawa Masashi、Takajo Tomoko、Minami Kentaro、Shimokawa Michiko、Yamamoto Masatatsu、Kawahara Kohichi、Yonezawa Hajime、Hirano Hirofumi、Furukawa Tatsuhiko、Yoshimoto Koji、Arita Kazunori
    • Journal Title

      British Journal of Cancer

      Volume: 120 Pages: 819~826

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s41416-019-0413-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 新規p53標的遺伝子ARVCFはスプライシング変化を誘導し腫瘍抑制に寄与する2019

    • Author(s)
      井戸川 雅史
    • Organizer
      第78回日本癌学会学術総会
  • [Presentation] 新規p53標的遺伝子ARVCFはスプライシング変化を誘導し腫瘍抑制に寄与する2019

    • Author(s)
      井戸川 雅史
    • Organizer
      第120回北海道癌談話会例会

URL: 

Published: 2021-01-27  

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