2020 Fiscal Year Research-status Report
非コードRNAの発現ネットワーク解析に基づく消化器癌病態の解明と診断治療への応用
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19K08372
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| Research Institution | Sapporo Medical University |
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Principal Investigator |
井戸川 雅史 札幌医科大学, 医学部, 講師 (00404749)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 非コードRNA / 癌 / non-coding RNA / ネットワーク解析 / RNA-seq |
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| Outline of Annual Research Achievements |
長鎖非コードRNA（long non-coding RNA, lncRNA）が，癌などの疾患病態においても重要な役割を果たしていることが明らかとなりつつある．そこでまず，The Cancer Genome Atlas （TCGA）からRNA-seqの一次解析データを消化器癌の組織別にダウンロードしてヒトゲノム配列（hg38）へのアラインメントを行い，長鎖非コードRNA（lncRNA）を含む遺伝子転写産物の発現量を定量した．
このデータを用いて，各消化器癌組織において正常と比較して腫瘍で統計学的に有意に発現が上昇しているlncRNAを抽出した．また各lncRNAについて，生存情報を用いてKaplan-Meier法による解析を行い，低発現群と比べて高発現群で有意に生存率が低下しているlncRNAを同定した．更に，網羅的な遺伝子およびlncRNA発現データを用いたネットワーク解析を行い，正常と比較して，腫瘍で他の遺伝子と発現関連性を多く持つハブlncRNAの同定も試みた．以上の解析から得られた情報を組み合わせて，癌進展に寄与する可能性のある複数のlncRNAの抽出を行った．
次に，これらのlncRNAそれぞれに対して2種類のsiRNAの設計を行った，このsiRNAを消化器癌細胞株に導入しlncRNA発現のノックダウンを確認した，この条件下において増殖やアポトーシス誘導能がどのように変化するかについて現在解析を行っており，ノックダウンにより増殖が強く抑制されたりアポトーシスが誘導されるlncRNAを幾つか見出している．また，抗癌剤作用の増強の有無についても並行して解析を進めているところである，
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画通り研究が進んでいるため．
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続き，研究計画に従って研究を進めていく予定である．
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| Causes of Carryover |
旅費については本年度，海外の学会に参加しなかったため．新型コロナウイルス感染が収束した場合，海外の学会参加を予定している．
その他については，スーパーコンピュータの使用が無料の範囲内に収まったため，来年度以降の解析での使用を予定している．
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