2020 Fiscal Year Research-status Report
Museomics-based Study of The Evolutionary Dynamics of Gastropods
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19K12424
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| Research Institution | Wakayama National College of Technology |
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Principal Investigator |
スティアマルガ デフィン 和歌山工業高等専門学校, 生物応用化学科, 准教授 (50625259)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | ミトゲノム / 分子系統 / 生物多様性 / 博物館標本 / DNAバーコーディング / 貝殻 / ミューゼオミックス / 環境変動 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、次世代シーケンサーで多数の腹足類の博物館標本からミトコンドリアゲノム全長配列（ミトゲノム）及び18S-rRNA・28srDNA全長配列の決定に加え、それらから有用な部分遺伝子の断片配列マーカーの開発をする。得られたマーカーを更に軟体部や貝殻の博物館収蔵標本のDNA実験に活用をする。最大目標としては、大量なDNA情報や化石・地質学的情報を含むビッグデータセットで腹足類の大系統の解析を行い、腹足類の多様性変動のパターンと地史に起きた環境変動との関連を解明する。
１～２年目の目標は、(1) 博物館標本やフィールドワークからのサンプル採取、（2）一部のサンプルの次世代シーケンサーによるミトゲノム全長配列決定、（３）軟体部からのDNAの断片配列の獲得である。目標(1)については、東京大学博物館からのサンプル採取や、インドネシアや日本でのフィールドワークで、ほぼ達成できたと言える。目標(2)については、プロトコルの再確認実験がうまく行ったものの、コロナ禍の影響で実際に決定したサンプル数はまだ１サンプルのみである。この成果について論文報告をして、受理された。さらには、手法の確認など派生的な実験の一部からも成果が出ており、それらの論文発表・学会発表も行った。 ２年目には、得られた残りのサンプルの約半分（180サンプル）のgDNAの抽出が終わったが、コロナ禍の影響で配列決定までは進んでいない。目標(3)については、順調に進んでおり、現段階だと648サンプルで、最低でも３遺伝子マーカー、最多で６遺伝子マーカーのデータが取れている。その一部の成果を学会や論文にも発表した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
本研究が遅れている最大の理由としては、非常事態宣言の繰り返しやその原因となるコロナ禍である。さらには、コロナ禍の影響による生産トラブルにより、試薬など消耗品が遅れて届いたこともあった（最長で半年間）。このことにより、当初予定していた研究訪問や実験の実施ができなくなったり、大幅に遅れてしまった。
１～２年目の目標は、(1) 博物館標本やフィールドワークからのサンプル採取、（2）一部のサンプルの次世代シーケンサーによるミトゲノム全長配列決定、（３）軟体部からのDNAの断片配列の獲得である。目標(1)については、東京大学博物館や国立科学博物館からのサンプル採取や、インドネシアや日本でのフィールドワークで、ほぼ達成できたと言えるが、２年目での実施はできなかった。
目標(2)については、プロトコルの再確認実験がうまく行ったものの、コロナ禍の影響で実際に決定したサンプル数はまだ１サンプルである。この成果について学会発表・論文報告をしている。さらには、得られた残りのサンプルの約半分（180サンプル）のgDNAの抽出が終わったが、コロナ禍の影響で配列決定までは進んでいない。これが大変悩ましく、現在、研究を進めるために、外注などその他のデータ獲得するためのオプションを模索している。
目標(3)については、遺伝子マーカーのデータ取得等、順調に進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
コロナ禍で現段階できることとしては、断片配列情報の決定の遂行を続けて、終わらせる。他方、ミトコンドリアゲノム全長配列の決定については、妥当かつ手に届くような価格での外注も、データ入手の対策の一つになる。このことによって、コロナ禍によって遅れてしまった分の取り返しができると見据えている。
他方、ミトゲノム全長配列情報の利用ができないにしても、少なくとも、断片配列を用いる腹足類の多様性変動と環境変動との関連についての解析がある程度できると考えているため、研究の最終目標のある程度の達成ができるように計画と立てている。
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| Causes of Carryover |
本研究の実施へのコロナ禍の影響は計り知れないと言える。今後、遅れや計画変更などが出てくる可能性が高い。
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Research Products
(14 results)
