2020 Fiscal Year Research-status Report
心筋トランスクリプトーム解析による、遺伝性不整脈の新たな病態解明
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19K17581
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| Research Institution | National Cardiovascular Center Research Institute |
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Principal Investigator |
園田 桂子 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 研究所, 研究員(任期付) (90824417)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | トランスクリプトーム解析 / RNAシークエンス / 遺伝性不整脈 / リード抜去 / FFPE検体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、抜去リード付着心筋やホルマリン固定パラフィン包埋検体 (ＦＦＰＥ検体) など、今まで解析されなかった心筋検体のトランスクリプトーム解析を行うことにより、遺伝性不整脈疾患の解明されていない原因を明らかにすることである。
Ｒ２年度はＲ１年度で得られた7つの剖検症例（コントロール４検体、疾患群３検体）の心筋ＦＦＰＥ検体を用いてＲＮＡ－Ｓｅｑを施行した。ＲＮＡが低クオリティかつ少量であったため、通常のＰａｉｒｅｄ－ｅｎｄ ｒｅａｄ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇによる解析は困難であると予想し、３’ｍＲＮＡ－Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法を使用した。しかし検体間で得られたリード数が大きく異なってしまい、信頼できる結果を得ることが出来なかった。原因として、当施設では常温で検体を保存していたためにＲＮＡの品質が低下した可能性が考えられる。この問題は短期間で改善することが出来ないため、当施設でのＦＦＰＥ検体を用いたＲＮＡ－Ｓｅｑ解析は難しいと判断した。
次年度はＲ１年度にリード付着検体から抽出したＲＮＡを用いてＲＮＡ－Ｓｅｑ解析を進める予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
ＦＦＰＥ検体のＲＮＡ－Ｓｅｑ解析が当施設では難しいことが分かり、これ以上ＦＦＰＥ検体の解析を進めない方針に変更したため、やや遅れていると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
Ｒ１年度にリード抜去付着組織から抽出したＲＮＡを用いて、次世代シークエンサーによるＲＮＡシークエンスを施行する。次世代シークエンス用ライブラリ作成については、市販の試薬キットを購入し、当研究室に現存する機器を用いて実施する。ＲＮＡシークエンスは、当施設の供用機器であるＮｅｘｔＳｅｑ （Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用する。ＲＮＡシークエンス結果の解析は、当研究室のＷｏｒｋＳｔａｔｉｏｎとオープンソースのソフトウェアを用いて施行する。
臨床所見とシークエンス解析結果の関連性について、臨床情報を当施設のバイオバンクを通して収集し、当研究所のパソコンで既にインストールされているＳＰＳＳあるいはＲを用いて統計学的解析を行う。
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| Causes of Carryover |
FFPE検体を使用したRNA-Seqが組織検体の問題でできなくなったため、次年度使用額が生じた。次年度分のリード付着検体を使用したRNA-Seq解析に予算を充てる予定である。
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