2021 Fiscal Year Research-status Report
心筋トランスクリプトーム解析による、遺伝性不整脈の新たな病態解明
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19K17581
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| Research Institution | National Cardiovascular Center Research Institute |
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Principal Investigator |
園田 桂子 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 研究所, 上級研究員 (90824417)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | トランスクリプトーム解析 / ＲＮＡシークエンス / 遺伝性不整脈 / リード抜去 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、抜去リード付着心筋やホルマリン固定パラフィン包埋検体 (ＦＦＰＥ検体) など、今まで解析されなかった心筋検体のトランスクリプトーム解析を行うことにより、遺伝性不整脈疾患の解明されていない原因を明らかにすることである。Ｒ２年度に当施設のＦＦＰＥ検体を用いたＲＮＡシークエンスは不可能と判断し、Ｒ３年度はリード付着検体から抽出したＲＮＡを用いた解析を進める方針としていた。
Ｒ１年に抽出したＲＮＡについて確認したところ、ＲＮＡの量・質ともにＲＮＡシークエンス施行可能と判断できる基準に至っていないことが分かった。理由は、リード付着心筋自体の量が少ないこと、リード抜去から組織回収まで時間が一定にならずＲＮＡの分解が進行している症例が多いこと、心筋からのＲＮＡ抽出効率は他組織に比べ低いことが考えられた。ＲＮＡ抽出方法を再検討し、最終的にはカラムを用いた繊維組織用の抽出方法を用いて、Ｂｒｕｇａｄａ症候群２例、肥大型心筋症１例の右室心筋から基準を満たすＲＮＡを終出することができた。
ＲＮＡシークエンス解析では比較に用いるコントロールデータが必要である。私が使用できる正常右室心筋の組織やＲＮＡは当施設内になかったため、市販の右室正常心筋のＲＮＡを注文したが、今年度中に入荷しなかった。
Ｒ４年にコントロール心筋と症例心筋のＲＮＡシークエンス解析を行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
コントロール心筋ＲＮＡの入荷がＲ３年度中に間に合わず、ＲＮＡスシークエンスがＲ４年度に延期になったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
Ｒ３年に抽出しなおした疾患症例のＲＮＡと購入した正常心筋のＲＮＡを用いて、次世代シークエンサーによるＲＮＡシークエンスを施行する。次世代シークエンス用ライブラリ作
成については、市販の試薬キットを購入し、当研究室に現存する機器を用いて実施する。ＲＮＡシークエンスは、当施設の供用機器であるＮｅｘｔＳｅｑ （Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用する。ＲＮＡシークエンス結果の解析は、当研究室のＷｏｒｋＳｔａｔｉｏｎとオープンソースのソフトウェアを用いて施行する。臨床所見とシークエンス解析結果の関連性について、臨床情報を当施設のバイオバンクを通して収集し、当研究所のパソコンで既にインストールされているＳＰＳＳあるいはＲを用いて統計学的解析を行う。
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| Causes of Carryover |
Ｒ３年度に予定していたＲＮＡシークエンス解析が施行できず、次年度使用額が生じた。次年度に施行するＲＮＡシークエンスに予算を充てる予定である。
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