• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2021 Fiscal Year Research-status Report

細胞に学ぶ環境の違いを感知する応答ネットワークの網羅的解析

Research Project

Project/Area Number 19K20382
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

藤井 雅史  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 助教 (30725750)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywords生命システムの情報伝達 / シミュレーション / ネットワーク / 進化
Outline of Annual Research Achievements

2021年度は、自発的なネットワーク構造を形成するシステムの情報伝達について研究した。
各要素の状態に応じて要素間の結合が変化する多素子離散力学系について、要素間同期に依存した接続の変化により形成される自己組織化された有効ネットワーク構造の形態を包括的に研究した。パラメータ値に基づき、ペア駆動型ネットワーク、ループ駆動型ネットワーク、隠れトリオ駆動型ネットワーク、隠れコミュニティ駆動型ネットワークと名付けられた4種類の方向性のある階層的ネットワークが自発的に形成されることが観測された。本研究は、神経回路網や他の様々な生物学的ネットワーク、社会的ネットワークにおいて形成される自己組織化複雑ネットワークに対する新しい知見を提供するものである(Nakanishi et al. J. Phys. Soc. Jpn (2022))。
また、これらの研究成果がベースとなり、他の数値計算手法のブラッシュアップにもつながっており、成果が多分野に波及している(Fujita et al. npj Syst. Biol. Appl. (2022)、Watanabe et al. Genes to Cells (2022)、Nakahata et al. Biophys. PhysicoBiol. (2022)など)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究実績の概要でも示したとおり、動的な構造変化に伴う自発的なネットワーク形成の多様性および生体内での情報伝達・ネットワーク構造の両面から、本研究の目的である様々な生化学反応ネットワークの情報伝達特性の解明に向けて順調に進んでいると考える。

Strategy for Future Research Activity

自発的なネットワーク構造形成と情報伝達特性の関連においては順調に進んでおり、また、実際の生命システムにおける実効的なネットワーク特性についても成果が出始めている。最終年度ではネットワークの進化について、これまで得られた結果も踏まえて包括的に議論し、成果をまとめる。また、得られた成果は随時学会や論文誌において発表し、議論しながら進めていく。

Causes of Carryover

ソフトウェア契約が令和4年度にズレ込んだため。
また、成果発表費用が新型コロナウイルス拡大のために令和4年度にズレ込んだため。
いずれも令和4年度に使用予定。

  • Research Products

    (18 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (13 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Four features of temporal patterns characterize similarity among individuals and molecules by glucose ingestion in humans2022

    • Author(s)
      Fujita Suguru、Karasawa Yasuaki、Fujii Masashi、Hironaka Ken-ichi、Uda Shinsuke、Kubota Hiroyuki、Inoue Hiroshi、Sumitomo Yohei、Hirayama Akiyoshi、Soga Tomoyoshi、Kuroda Shinya
    • Journal Title

      npj Systems Biology and Applications

      Volume: 8 Pages: 1-16

    • DOI

      10.1038/s41540-022-00213-0

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Self-Organization of Diverse Directional Hierarchical Networks in Simple Coupled Maps with Connection Changes2022

    • Author(s)
      Nakanishi Taito、Fujii Masashi、Awazu Akinori
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 91 Pages: 023801.1-4

    • DOI

      10.7566/JPSJ.91.023801

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Partial exogastrulation due to apical-basal polarity of F-actin distribution disruption in sea urchin embryo by omeprazole2022

    • Author(s)
      Watanabe Kaichi、Yasui Yuhei、Kurose Yuta、Fujii Masashi、Yamamoto Takashi、Sakamoto Naoaki、Awazu Akinori
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: - Pages: 1-17

    • DOI

      10.1111/gtc.12934

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Simulations of structural dynamics of nuclear speckle2021

    • Author(s)
      若尾真吾, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年年会
  • [Presentation] Spontaneous Network Organizations of Dynamic-Plastic Network System with Spatial Local Interactions2021

    • Author(s)
      中西大斗, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年年会
  • [Presentation] Mathematical model of chromosome dynamics of budding yeast in response to double strand break2021

    • Author(s)
      中畑伸児郎, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年年会
  • [Presentation] 2種細胞群間の境界パターン形成の動態モデル構築と定量解析2021

    • Author(s)
      森功佑, 安井優平、粟津暁紀、藤井雅史
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年年会
  • [Presentation] ES細胞のクロマチンドメイン変化による染色体動態制御のモデル2021

    • Author(s)
      小本哲史, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年年会
  • [Presentation] 核スペックルの構造形成 ・ 動態のシミュレーション2021

    • Author(s)
      若尾真吾, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年中国四国支部会
  • [Presentation] 空間的局所相互作用を伴う動的・可塑的ネットワーク系の自発的構造形成2021

    • Author(s)
      中西大斗, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年中国四国支部会
  • [Presentation] 出芽酵母のDNA二本鎖切断時における染色体動態の数理モデル2021

    • Author(s)
      中畑伸児郎, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年中国四国支部会
  • [Presentation] 異種細胞群衝突時の境界パターンに対する細胞群内相互作用の影響の考察2021

    • Author(s)
      森功佑, 安井優平、粟津暁紀、藤井雅史
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年中国四国支部会
  • [Presentation] マウスES細胞のクロマチンドメイン変化による染色体動態制御のモデル2021

    • Author(s)
      小本哲史, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2021年中国四国支部会
  • [Presentation] マウス胚性幹細胞の初期分化過程におけるエピゲノム構造変化はX染色体対合を促進する2021

    • Author(s)
      小本哲史, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      染色体ワークショップ2021
  • [Presentation] 出芽酵母のDNA二本鎖切断時における染色体動態の数理モデル2021

    • Author(s)
      中畑伸児郎, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      染色体ワークショップ2021
  • [Presentation] 核スペックルの構造形成 ・ 動態のシミュレーション2021

    • Author(s)
      若尾真吾, 藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      染色体ワークショップ2021
  • [Remarks] 所属研究機関の研究者総覧

    • URL

      http://seeds.office.hiroshima-u.ac.jp/profile/ja.97d67139c50ee1b6520e17560c007669.html

  • [Remarks] 研究代表者の個人ホームページ

    • URL

      https://home.hiroshima-u.ac.jp/~mafujii/publications/

URL: 

Published: 2022-12-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi