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2019 Fiscal Year Research-status Report

Genome-wide survey of translational control under microgravity

Research Project

Project/Area Number 19K22406
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

岩崎 信太郎  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (80611441)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2022-03-31
Keywords翻訳 / Ribosome / Ribosome profiling / 重力 / ミトコンドリア
Outline of Annual Research Achievements

本研究は重力がタンパク質合成にどう影響しうるか、を検証することを目的としている。これを解析するために、ヒトHEK293細胞を微小重力を再現することのできるクリノスタットをもちい培養し、ribosome profilingを行った。その結果、ミトコンドリアゲノムにコードされた13のmRNAの翻訳が微小重力によって減少する、ということを見出した。これに対し、RNA-seqを行ったが、mRNAの両変化は観察されない。この研究結果は重力が何らかの分子を介して、細胞内のオルガネラまで伝わり、ミトコンドリア内のタンパク質合成の調節を担っているという、極めて新規な現象を発見したことを示している。同様の現象はヒトだけでなくマウス培養細胞でも見られることから進化的に保存された現象であることが分かった。また、逆に加重力によって、ミトコンドリア翻訳が亢進することも分かっており、非常に可塑的な反応であることが示唆される。
これまでに微小重力によって細胞接着が物理的に弱まることが知られていたことから、細胞接着がミトコンドリア翻訳の活性化につながっているかを検証した。ミトコンドリア内で合成されているタンパク質を特異的にラベルする手法を用いて解析を行うと、ラミニンによる細胞接着をの増減に比例して、ミトコンドリア翻訳が調整されていることが明らかになった。
今後は既存の細胞外マトリックスとその下流の細胞シグナル伝達経路がミトコンドリア翻訳の促進にどう関わっているかを解析していく予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまでの研究により、重力によるミトコンドリア翻訳制御という新たな生命現象を発見できつつある。分子機構は謎が多く、その解析が望まれる。

Strategy for Future Research Activity

細胞外マトリックスとその下流の細胞シグナル伝達経路がミトコンドリア翻訳の促進にどう関わっているかを解析するために、既知の重要な因子のノックダウンや阻害剤を用いて、必要な因子を同定していく。また、これらのアプローチで候補が見つからない場合は、知られていない新規因子が重要な役割を担っている可能性を示している。その場合は、微小重力下においてどういったタンパク質(特に核コード)がミトコンドリア内に局在するかを網羅的質量分析等を用いて解析し、候補因子を探索する。

Causes of Carryover

本研究はJAXAとの共同研究の上、国際宇宙ステーションきぼう実験室中で微小重力実験を行うことを想定していたが、国際宇宙ステーションへサンプルを届けるロケット打ち上げの延期、および国際宇宙ステーション上の実験機器の故障が重なったため、研究計画が遅延している。これに合わせ、次年度に研究費の使用が必要となった。

  • Research Products

    (12 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (1 results) Book (1 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of California, Berkeley(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of California, Berkeley
  • [Journal Article] A widespread family of heat-resistant obscure (Hero) proteins protect against protein instability and aggregation2020

    • Author(s)
      Tsuboyama Kotaro、Osaki Tatsuya、Matsuura-Suzuki Eriko、Kozuka-Hata Hiroko、Okada Yuki、Oyama Masaaki、Ikeuchi Yoshiho、Iwasaki Shintaro、Tomari Yukihide
    • Journal Title

      PLOS Biology

      Volume: 18 Pages: e3000632

    • DOI

      https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000632

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Translational Landscape of Protein-Coding and Non-Protein-Coding RNAs upon Light Exposure in Arabidopsis2019

    • Author(s)
      Kurihara Yukio、Makita Yuko、Shimohira Haruka、Fujita Tomoya、Iwasaki Shintaro、Matsui Minami
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 61 Pages: 536~545

    • DOI

      https://doi.org/10.1093/pcp/pcz219

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Codon bias confers stability to human mRNAs2019

    • Author(s)
      Hia Fabian、Yang Sheng Fan、Shichino Yuichi、Yoshinaga Masanori、Murakawa Yasuhiro、Vandenbon Alexis、Fukao Akira、Fujiwara Toshinobu、Landthaler Markus、Natsume Tohru、Adachi Shungo、Iwasaki Shintaro、Takeuchi Osamu
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 20 Pages: e48220

    • DOI

      https://doi.org/10.15252/embr.201948220

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proximity RNA Labeling by APEX-Seq Reveals the Organization of Translation Initiation Complexes and Repressive RNA Granules2019

    • Author(s)
      Padron Alejandro、Iwasaki Shintaro、Ingolia Nicholas T.
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 75 Pages: 875~887.e5

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.07.030

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Free glycans derived from O-mannosylated glycoproteins suggest the presence of an O-glycoprotein degradation pathway in yeast2019

    • Author(s)
      Hirayama Hiroto、Matsuda Tsugiyo、Tsuchiya Yae、Oka Ritsuko、Seino Junichi、Huang Chengcheng、Nakajima Kazuki、Noda Yoichi、Shichino Yuichi、Iwasaki Shintaro、Suzuki Tadashi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 294 Pages: 15900~15911

    • DOI

      doi: 10.1074/jbc.RA119.009491

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Plant Translatome Surveyed by Ribosome Profiling2019

    • Author(s)
      Fujita Tomoya、Kurihara Yukio、Iwasaki Shintaro
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 60 Pages: 1917~1926

    • DOI

      https://doi.org/10.1093/pcp/pcz059

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Genome-wide survey of ribosome collision2019

    • Author(s)
      岩崎信太郎
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Book] 実験医学2019年11月号 リボソームプロファイリングによる網羅的翻訳解析の最前線2019

    • Author(s)
      木村悠介, 岩崎信太郎
    • Total Pages
      3
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-2525-3
  • [Remarks] 光受容によるタンパク質の翻訳変化を解明 -遺伝子の発現量調節への応用に期待-

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2020/20200316_1/index.html

  • [Remarks] 新しい糖鎖代謝機構の発見 -未知の糖鎖分解酵素の同定への一歩-

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2019/20190711_1/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 非リボソームRNA含有試料の製造方法2019

    • Inventor(s)
      Mari Mito, Shintaro Iwasaki
    • Industrial Property Rights Holder
      Mari Mito, Shintaro Iwasaki
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2019-211933

URL: 

Published: 2022-12-28  

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