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2019 Fiscal Year Research-status Report

細胞外小胞のRNAメチル化計測によるがんバイオマーカーの最高性能化と実用化

Research Project

Project/Area Number 19K22658
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

石井 秀始  大阪大学, 医学系研究科, 特任教授(常勤) (10280736)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 土岐 祐一郎  大阪大学, 医学系研究科, 教授 (20291445)
江口 英利  大阪大学, 医学系研究科, 教授 (90542118)
今野 雅允  大阪大学, 医学系研究科, 寄附講座講師 (80618207)
浅井 歩  大阪大学, 産業科学研究所, 特任助教(常勤) (40783262)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2021-03-31
KeywordsRNAメチル化 / エピトランスクリプトーム / シークエンス
Outline of Annual Research Achievements

マイクロRNAのM6Aを正確に計測するために、TS法とMS法による計測法を開発し、その精度を最大化するために開発研究を行ってきた。その結果、血液中に含まれるエクソゾーム(EV)の外側の形状とその中身のシークエンスを高い精度で行う事に成功した。第1に、EVの選別から外側の形状のみで高い精度で由来する臓器を診断する技術を確立した。第2にEVの中身から核酸の修飾を含めた全プロファイリングを実施し、未診断疾患における新たな診断ツールとして性能を確立した。得られた技術は大阪大学の知的財産として特許化を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

当初の計画にしたがって進めるとともに、大阪大学産業科学研究所の人工知能(AI)の技術を投入することによって解析速度が格段に向上した。さらに、産学連携による質量分析計測法の技術革新によるスピード向上も加わり、ハイスルプットなデータを獲得することができた。現在大阪大学の高速計算機と統計学者の協力を頂きながら当初の計画以上に進捗しているところである。

Strategy for Future Research Activity

機械学習によるデータの集積と解析を進めることにより細胞外小胞のRNAメチル化計測によるがんバイオマーカーの性能を最大限に向上させるべく産学連携を深め、機械学習におけるアルゴリズムの構築とそのアカデミア発の知財化を進めて行く計画である。また平行して企業化も積極的に進めていく計画である。

  • Research Products

    (15 results)

All 2020 2019

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 8 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Theoretical analyses and experimental validation of the effects caused by the fluorinated substituent modification of DNA2020

    • Author(s)
      Koseki Jun、Konno Masamitsu、Asai Ayumu、Horie Naohiro、Tsunekuni Kenta、Kawamoto Koichi、Obika Satoshi、Doki Yuichiro、Mori Masaki、Ishii Hideshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 1138

    • DOI

      10.1038/s41598-020-57899-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] One-carbon metabolism for cancer diagnostic and therapeutic approaches2020

    • Author(s)
      Asai Ayumu、Konno Masamitsu、Koseki Jun、Taniguchi Masateru、Vecchione Andrea、Ishii Hideshi
    • Journal Title

      Cancer Letters

      Volume: 470 Pages: 141~148

    • DOI

      10.1016/j.canlet.2019.11.023

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] CD44/CD133-Positive Colorectal Cancer Stem Cells are Sensitive to Trifluridine Exposure2019

    • Author(s)
      Tsunekuni Kenta、Konno Masamitsu、Haraguchi Naotsugu、Koseki Jun、Asai Ayumu、Matsuoka Kazuaki、Kobunai Takashi、Takechi Teiji、Doki Yuichiro、Mori Masaki、Ishii Hideshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 14861

    • DOI

      10.1038/s41598-019-50968-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers2019

    • Author(s)
      Konno Masamitsu、Koseki Jun、Asai Ayumu、Yamagata Akira、Shimamura Teppei、Motooka Daisuke、Okuzaki Daisuke、Kawamoto Koichi、Mizushima Tsunekazu、Eguchi Hidetoshi、Takiguchi Shuji、Satoh Taroh、Mimori Koshi、Ochiya Takahiro、Doki Yuichiro、Ofusa Ken、Mori Masaki、Ishii Hideshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 10 Pages: 3888

    • DOI

      10.1038/s41467-019-11826-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Computational analyses for cancer biology based on exhaustive experimental backgrounds2019

    • Author(s)
      Koseki Jun、Konno Masamitsu、Ishii Hideshi
    • Journal Title

      Cancer Drug Resistance

      Volume: 2 Pages: 419-427

    • DOI

      10.20517/cdr.2019.33

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Application of C. elegans cancer screening test for the detection of pancreatic tumor in genetically engineered mice2019

    • Author(s)
      Ueda Yuji、Kawamoto Koichi、Konno Masamitsu、Noguchi Kozo、Kaifuchi Satoru、Satoh Taroh、Eguchi Hidetoshi、Doki Yuichiro、Hirotsu Takaaki、Mori Masaki、Ishii Hideshi
    • Journal Title

      Oncotarget

      Volume: 10 Pages: 5412-5418

    • DOI

      10.18632/oncotarget.27124

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A Hydrogen Peroxide Activatable Gemcitabine Prodrug for the Selective Treatment of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma2019

    • Author(s)
      Matsushita Katsunori...19名略...Ishii Hideshi、Obika Satoshi
    • Journal Title

      ChemMedChem

      Volume: 14 Pages: 1384~1391

    • DOI

      10.1002/cmdc.201900324

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Significant Epitranscriptomes in Heterogeneous Cancer2019

    • Author(s)
      Konno Masamitsu、Taniguchi Masateru、Ishii Hideshi
    • Journal Title

      Cancer Science

      Volume: 110 Pages: 2318-2327

    • DOI

      10.1111/cas.14095

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] RNA metabolism can be a novel new bio marker for malignant gastrointestinal cancer2019

    • Author(s)
      M. Konno, H. Ishii
    • Organizer
      Cell Symposia: Regulatory RNAs
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] RNA 塩基修飾を指標とした早期膵がんの新規バイオマーカー2019

    • Author(s)
      今野 雅允、小関 準、島村 徹平、浅井 歩、石井 秀始
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] 転移とEMT・がん幹細胞2019

    • Author(s)
      石井 秀始
    • Organizer
      第28回 日本がん転移学会学術集会・総会
  • [Presentation] 代謝を利用した診断2019

    • Author(s)
      石井 秀始、曽我 朋義
    • Organizer
      第7回がんと代謝研究会in仙台
  • [Presentation] がんエピトランスクリプトームを活用した新しい診断と治療2019

    • Author(s)
      石井 秀始
    • Organizer
      第11回日本RNAi研究会(The 11th JARI Annual Meeting)
  • [Presentation] Innovative technology for next generation liquid biopsy 次世代リキッドバイオプシーのための新技術2019

    • Author(s)
      石井 秀始、Chwee Teck Lim
    • Organizer
      第78回日本癌学会学術総会
  • [Presentation] エピトランスクリプトーム ー消化器がんの新規バイオマーカー2019

    • Author(s)
      今野 雅允、石井 秀始
    • Organizer
      第78回日本癌学会学術総会

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Published: 2021-01-27  

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