2020 Fiscal Year Annual Research Report
神経線維腫症2型における腫瘍微小環境免疫ゲノム解析による腫瘍増大の分子基盤の解明
| Project/Area Number |
19K24023
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
寺西 裕 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (50844635)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2019-08-30 – 2021-03-31
|
| Keywords | 神経線維腫症2型(NF2) / 腫瘍微小環境 / RNAシークエンス / 免疫染色 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
神経線維腫症2型(NF2)は脳腫瘍が多発する予後不良な遺伝性疾患で、現在でも根治治療法が存在していない。NF2遺伝子の生殖細胞変異により細胞増殖カスケードが抑制機能を失うことが原因とされている。このカスケードを標的にした既知の分子標的治療薬は根治的ではなく、よってNF2腫瘍増大の分子基盤を解明や、新しい分子標的の探索が急務である。我々はこれまでに本邦で初めてNF2に関する網羅的遺伝子解析を行い、非腫瘍細胞のNF2変異、すなわち腫瘍微小環境がNF2関連腫瘍の増大に強く影響している可能性を発見した。本研究の目的はNF2関連腫瘍の腫瘍免疫に関する免疫ゲノム解析・マルチオミクス解析から、腫瘍内の細胞分画や微小環境の評価を通じ、NF2関連腫瘍増大の分子メカニズムを解明することである。
(A)腫瘍凍結検体RNA抽出及びRNA-seq. (2019年度中)：2019年度中にNF2患者、NF2モザイク患者、非NF2患者の聴神経腫瘍凍結検体をそれぞれ10検体ずつからRNAを抽出する。またRNAシークエンスは外注する>RNAシークエンス32検体が終了している。
(B)RNA-seq.data解析(t-SNE法, CIBERSORT, xCell)による腫瘍内細胞分画評価(2019-20年度中)：2019年途中からRNA-seqデータが得られ次第、それぞれの解析ツールを用いて腫瘍内細胞分画を評価する。2020年度中には解析を終了する。>解析データから予定通り、tSNE, PCA, GSEA, hearmap, CIBERSORT, xCell, ESTIMATE, ssGSEAにて腫瘍微小環境を解析した。また得られた解析結果を32検体に対する免疫染色を行った。
臨床データおよびgermlin NF2 mutation status, 腫瘍のmRNAデータ、免疫染色の結果を用いて現在論文を作成中である。
|
Research Products
(6 results)
-
-
[Presentation] Characteristics of Mosaic Neurofibromatosis type 2 Revealed by Deep Sequence for Multiple Tissue DNA2020
Author(s)
Yu Teranishi, Satoru Miyawaki, Hiroki Hongo, Shogo Dofuku, Atsushi Okano, Shunsaku Takayanagi, Takahiro Ota, Jun Yoshimura, Wei Qu, Jun Mitsui, Hirofumi Nakatomi, Shinichi Morishita, Shoji Tsuji, Nobuhito Saito
Organizer
2020 Europiean NF Meeting
Int'l Joint Research
-
-
-
-
