2019 Fiscal Year Research-status Report
集団ゲノムデータに基づき変異を避けることによる遺伝子治療用gRNA設計法の確立
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19K24361
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
土屋 貴穂 筑波大学, 医学医療系, 助教 (70853167)
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| Project Period (FY) |
2019-08-30 – 2021-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 集団ゲノム解析 / 創薬 / 遺伝子治療 / ゲノム編集 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ゲノム編集を用いた遺伝子治療を見据えて、集団ゲノムデータに基づくことで人類集団ごとに最適なgRNA設計手法の確立を目指していた。しかしながら、研究構想と同様の解析ツールAlleleAnalyzer（Keough et al., 2019）が発表されたため研究方針を転換し、転写因子結合領域における一塩基多型を考慮したgRNA設計手法の確立を目指した。転写因子結合領域にける一塩基多型と病態など表現型との関連を大規模データから解析することを目指した。
ChIP-seqデータから転写因子の結合配列を抽出してその結合アフィニティを個別に評価する試みは解析ツール側に限界があり網羅的に行われていなかった。そこで、当研究室で以前に開発済のツールを用いて、転写因子の結合配列を抽出してその結合アフィニティを個別に評価を行うことで、ChIP-seqデータベースの全データを用いた二次解析を行った。各転写因子の結合配列とその結合アフィニティを抽出して、新規データベースを作成した（未発表）。次年度以降は、これらをもとに、転写因子結合領域にける一塩基多型と病態など表現型との関連を大規模データの解析を進めていく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の研究構想から変更はあったものの、変更後の計画で概ね順調に進めることができたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度以降は、これらをもとに、転写因子結合領域にける一塩基多型と病態など表現型との関連を大規模データの解析を進めていく。ChIP-seqデータから転写因子の結合配列を抽出してその結合アフィニティを個別に評価する試みは網羅的に行われていなかった。そこで今年度は、ChIP-seqデータベースの全データを用いて二次解析することにより、各転写因子の結合配列とその結合アフィニティを抽出して、新規データベースを作成した（未発表）。次年度以降、上記の通り、これらデータを更に解析していく。
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| Causes of Carryover |
研究計画変更により、当初計上していた費用の使用タイミングが次年度に遅れたため、初年度に計上していた学会参加のための旅費や購入予定だったPC用品など物品費を主に次年度に繰り越した。当初の研究計画通り、学会参加のための旅費や購入予定だったPC用品など物品費として使用する予定である。
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[Journal Article] ゲノム編集技術を用いた遺伝子治療の開発動向2019
Author(s)
内田恵理子, 平松直人, 犬飼直人, 岩井謙一, 渡辺武志, 川崎秀吉, 田村幸太朗, 土屋貴穂, 吉見英治, 高橋則彦, 伊原辰哉, 藤本和則, 山下晃人, 小野貴士, 高木観, 小野竜一, 内藤雄樹, 井上貴雄
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Journal Title
医薬品医療機器レギュラトリーサイエンス
Volume: Vol.50(8)
Pages: pp 443-453
Peer Reviewed
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