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2010 Fiscal Year Annual Research Report

天然変性タンパク質の動的構造と機能制御機構の解明

Research Project

Project/Area Number 20227009
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

西村 善文  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 教授 (70107390)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 明石 知子  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 准教授 (10280728)
長土居 有隆  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 助教 (50336591)
KeywordsNMR / 転写因子 / クロマチン / 動的構造 / 天然変性状態
Research Abstract

1.ヒストンの大腸菌発現系を用いてヒストンH2A/H2BおよびH3/H4の各複合体を調製した。H2A/H2BおよびH3/H4の各複合体について、MSで分子イオンを観測するのに適した試料調製法やMSの測定条件の最適化を行った。ピストンH2A/H2BおよびH3/H4の各複合体のPAD4による、シトルリン化についてMSを用いて解析した。H2Aのシトルリン化部位はヘテロ2量体ではN末のフレキシブルな領域であった。またシトルリン化によりヘテロ2量体は安定化することが判った。
2.15N,13C,2Hでラベルしたヒストンを調製しH2A/H2B複合体のTROSY-NMRの測定を行った。H2Aラベル体とH2B非ラベル体の組み合わせとH2A非ラベル体とH2Bラベル体の組み合わせでNMRのシグナルの帰属を試みた。
3.基本転写因子のTFIIEとTFIIHの相互作用に関してはTFIIEのαサブユニットのC末酸性ドメインとTFIIHのp62サブユニットが相互作用する。TFIIEの全長でのTFIIEのαサブユニットのC末酸性ドメイン部分の構造解析を試みた。
4.TRF2の全体構造の解析や2量体形成ドメインをシステインのSS結合でモデル化したN末の塩基性ドメイン2量体でテロメアDNAとの相互作用を解析した。2量体塩基性ドメインは3‘が突出した1本鎖DNA部位と2本鎖DNA部位のジャンクション部位で結合している事が示唆された。
5.転写抑制因子RESTのC末の転写抑制ドメイン(RD2)はZnフィンガーを含んでいて、DNAと相互作用することを見出した。その複合体のNMR測定を行った。
6.HP1のクロモドメインのN末のリン酸化によりヒストンH3K9me化体との結合が強くなることが報告されているが、リン酸化体と非リン酸化体のNMRを測定し構造解析を行った。クロモドメイン部分の構造は同じであることを確認した。

  • Research Products

    (21 results)

All 2011 2010

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (18 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Side-chain conformational changes of transcription factor PhoB upon DNA binding : a population-shift mechanism2010

    • Author(s)
      Yamane T, Okamura H, Nishimura Y, Kidera A, Ikeguchi M
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 132 Pages: 12653-12659

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deimination stabilizes histone H2A/H2B dimers as revealed by electrospray ionization mass spectrometry2010

    • Author(s)
      Shimoyama S., Nagadoi A., Tachiwana H., Yamada M., Sato M., Kurumizaka H., Akashi S., Nishimura Y.
    • Journal Title

      Journal of Mass Spectrometry

      Volume: 22 Pages: 900-908

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Eukaryotic nuclear IUPs(真核生物の核内天然変性タンパク質)2011

    • Author(s)
      西村善文
    • Organizer
      2010 KRIBB Conference on Structural Bioinformatics (2nd Asia-Pacific symposium on Intrinsically Unfolded Proteins)
    • Place of Presentation
      大田(KRIBB)(韓国)
    • Year and Date
      20110112-20110115
  • [Presentation] 質量分析を用いたヒストンH2A-H2Bのシトルリン化の解析2010

    • Author(s)
      浅野裕輝、下山真吾、長土居有隆、立和名博昭、山田道之、佐藤衛、胡桃坂仁志、西村善文、明石知子
    • Organizer
      日本分子生物学会年会・日本生化学会大会合同大会BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] 基本転写因子TFIIE-TFIIHの機能解析2010

    • Author(s)
      山田華那、田中亜紀、水田翔子、高澤学、吉國達也、奥田昌彦、西村善文、大熊芳明
    • Organizer
      日本分子生物学会年会・日本生化学会大会合同大会BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] ヒストンH3-H4と相互作用する分裂酵母クロマチン関連因子Mlo2の構造解析2010

    • Author(s)
      飯泉勝也、長土居有隆、伊縫美妃、田上英明、西村善文
    • Organizer
      日本分子生物学会年会・日本生化学会大会合同大会BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] テロメアDNA結合タンパク質hTRF2の塩基性ドメインとテロメアDNAとの相互作用解析2010

    • Author(s)
      村井元気、下條秀朗、菅野良、長土居有隆、西村善文
    • Organizer
      日本分子生物学会年会・日本生化学会大会合同大会BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] NMRによるヒストンヌクレオソームコアの立体構造解析2010

    • Author(s)
      森脇義仁、佐藤昌彦、長土居有隆、立和名博昭、胡桃坂仁志、西村善文
    • Organizer
      日本分子生物学会年会・日本生化学会大会合同大会BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] クロマチン関連因子の構造生物学2010

    • Author(s)
      西村善文
    • Organizer
      日本分子生物学会年会・日本生化学会大会合同大会BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] Structural study of the specific interaction of hTRF1 and hTRF2 with G-quadruplex structures2010

    • Author(s)
      Shin Morita, Yuuka Hirao, Yoshifumi Nishimura
    • Organizer
      ISNAC2010第37回国際核酸化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      はまぎんホール・ヴィアマーレ(神奈川県)
    • Year and Date
      20101110-20101112
  • [Presentation] NMR studies of the basic domain of a telomeric DNA-binding protein, TRF22010

    • Author(s)
      Hideaki Shimojo, Motoki Murai, Ryo Kanno, Yoshifumi Nishimura
    • Organizer
      ISNAC2010第37回国際核酸化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      はまぎんホール・ヴィアマーレ(神奈川県)
    • Year and Date
      20101110-20101112
  • [Presentation] Mass spectrometry of DNA G-quadruplex bound to a human telomeric protein, hTRF22010

    • Author(s)
      Naohiro Kodama, Yuuka Hirao, Noriyuki Iwasaki, Yoshiyuki Itoh, Yoshifumi Nishimura, Satoko Akashi
    • Organizer
      ISNAC2010第37回国際核酸化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      はまぎんホール・ヴィアマーレ(神奈川県)
    • Year and Date
      20101110-20101112
  • [Presentation] Disordered proteins and NMR screening of drug candidates2010

    • Author(s)
      西村善文
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
    • Place of Presentation
      理化学研究所横浜研究所交流棟ホール(神奈川県)
    • Year and Date
      20100929-20100930
  • [Presentation] NMR studies on the Six domain of Six32010

    • Author(s)
      H.Shimojo, H.Okamura, A.Nagadoi, K.Ikeda, K.Kawakami, Y.Nishimura
    • Organizer
      XXIVth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Place of Presentation
      ケアンズコンベンションセンター(オーストラリア)
    • Year and Date
      20100822-20100827
  • [Presentation] NMR structure of general transcription factor TF II E2010

    • Author(s)
      Y.Nishimura, M.Okuda
    • Organizer
      XXIVth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Place of Presentation
      ケアンズコンベンションセンター(オーストラリア)
    • Year and Date
      20100822-20100827
  • [Presentation] Intrinsically disordered proteins and NMR screening of drug candidates2010

    • Author(s)
      西村善文
    • Organizer
      Symposium on the Structure and Folding of Disease Related Proteins
    • Place of Presentation
      ソウル(韓国)
    • Year and Date
      20100709-20100710
  • [Presentation] NMR studies on gene regulation-related proteins : intrinsic disordered states and drug screening2010

    • Author(s)
      西村善文
    • Organizer
      Korean Magnetic Resonance Society Meeting(KMRS:韓国磁気共鳴学会)
    • Place of Presentation
      釜山(韓国)
    • Year and Date
      20100621-20100623
  • [Presentation] 翻訳後修飾にともなうタンパク質の構造変化-H2A/H2Bのシトルリン化-2010

    • Author(s)
      下山真吾、長土居有隆、立和名博昭、浅野裕輝、山田道之、佐藤衛、胡桃坂仁志、西村善文、明石知子
    • Organizer
      第58回質量分析総合討論会・第1回アジア・オセアニア質量分析会議
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場エポカル(茨城県)
    • Year and Date
      20100616-20100618
  • [Presentation] 天然変性タンパク質の認識機構の多様性と創薬への道2010

    • Author(s)
      西村善文、平尾優佳、長土居有隆
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(札幌)
    • Year and Date
      20100616-20100618
  • [Presentation] Polymorphism of chromodomains2010

    • Author(s)
      西村善文
    • Organizer
      構造エピゲノム研究会第2回ワークショップ
    • Place of Presentation
      理化学研究所横浜研究所交流棟ホール(神奈川県)
    • Year and Date
      2010-11-08
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 神経選択的転写抑制因子NRSFに特異的に結合するmSin3Bに結合する化合物の利用2011

    • Inventor(s)
      西村善文, 長土居有隆, 平尾優佳, 五嶋良郎, 山下直也, 植田弘師, 宮田直樹, 鈴木孝禎, 平石龍大
    • Industrial Property Rights Holder
      公立大学法人横浜市立大学, 公立大学法人名古屋市立大学, 国立大学法人長崎大学
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2011/52710
    • Filing Date
      2011-02-09
    • Overseas

URL: 

Published: 2013-06-26  

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