2012 Fiscal Year Annual Research Report
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20227009
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
西村 善文 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 教授 (70107390)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
明石 知子 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 准教授 (10280728)
長土居 有隆 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 助教 (50336591)
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| Project Period (FY) |
2008-06-04 – 2013-03-31
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| Keywords | NMR / 転写因子 / クロマチン / 動的構造 / 天然変性状態 |
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| Research Abstract |
1．ヒストンの大腸菌発現系を用いてH2A/H2BおよびH3/H4の各複合体とH2A/H2B/H3/H4の各2量体と146塩基対のDNAとの複合体のヌクレオソームについて、MSで試料調製法の最適化を行い、15N,13C,2Hでラベルしたヒストンを調製し溶液中のH2A/H2BのNMR測定を行った。H2A/H2Bは溶液中ではヒストンフォールドの構造はH2AとH2Bの各々で保存されていたが、ヌクレオソーム中と異なりH2AのN末のへリックスとC末のへリックスの構造は壊れていた。
2．H2A/H2BとヒストンシャペロンNAP1との相互作用をNMRで解析した。NAP1のC末の酸性ドメイン単独でヒストンH2A/H2Bと相互作用した。酸性ドメインは天然変性状態のひも状で、アスパラギン酸に富む領域とプロチンとチロシンの領域が別々にヒストンH2A/H2Bの表面の2箇所で相互作用をしていた。アスパラギン酸に富む領域はH2AのN末領域に結合しヌクレオソーム中と同様にヘリックス形成を誘導した。またNAP2の酸性ドメインとH2A/H2Bとの相互作用もNMRで解析した。NAP1の酸性ドメインに比べて結合は弱く、その原因はNAP1で2箇所あった相互作用部位の内の1箇所だけで相互作用部したためである事が分かった。
3．ラベルしたヒストンを用いてヌクレオソームコアの900MHz固体NMRの測定を行なうことができた。
4．ヘテロクロマチン形成因子のChp1、Hp1α、Swi６のクロモドメインの溶液中の構造を解析した。Chp1のクロモドメインのN末にある天然変性領域はヒストンH3のN末のK9メチル化と複合体を形成し、ヘリックスが誘導され、その部位がセントロメアのncRNAと相互作用をすることを見出した。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Gas-phase structure of the histone multimers characterized by ion mobility mass spectrometry and molecular dynamics simulation.2013
Author(s)
Saikusa, K., Fuchigami, S., Takahashi, K., Asano, Y., Nagadoi, A., Tachiwana, H., Kurumizaka, H., Ikeguchi, M., Nishimura, Y., Akashi, S.
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Journal Title
Anal. Chem.
Volume: 85
Pages: 4165-4171
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Characterisation of an intrinsically disordered protein complex of Swi5-Sfr1 by ion mobility mass spectrometry and small-angle X-ray scattering.2013
Author(s)
Saikusa, K., Kuwabara, N., Kokabu, Y., Inoue, Y., Sato, M., Iwasaki, H., Shimizu, T., Ikeguchi, M., Akashi, S.
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Journal Title
Analyst
Volume: 138
Pages: 1441-1449
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] What happens on the histone multimers in the gas phase?2012
Author(s)
Kazumi Saikusa, Sotaro Fuchigami, Kyohei Takahashi, Yuuki Asano, Aritaka Nagadoi, Hiroaki Tachiwana, Hitoshi Kurumizaka, Mitsunori Ikeguchi, Yoshifumi Nishimura, Satoko Akashi.
Organizer
19th International Mass Spectrometry Conference.
Place of Presentation
国立京都国際会館(京都府)
Year and Date
20120915-20120921
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