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2009 Fiscal Year Annual Research Report

High throughput sequencerによる癌のエピゲノーム解析

Research Project

Project/Area Number 20229005
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

西川 伸一  The Institute of Physical and Chemical Research, 幹細胞研究グループ, グループディレクター (60127115)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 永井 謙一  財団法人先端医療振興財団, 先端医療センター診療開発部, 部長 (50470208)
樽井 寛  独立行政法人理化学研究所, ゲノム資源解析ユニット, ユニットリーダー (90342815)
伊藤 光宏  神戸大学, 大学院・保健学研究科, 教授 (50362794)
錦織 千佳子  神戸大学, 大学院・医学研究科, 教授 (50198454)
松井 利充  神戸大学, 大学院・医学研究科, 准教授 (10219371)
Keywords骨髄異形成症候群 / メチル化 / DNAメチル化阻害剤 / タイリングアレー / 白血病 / CpGアイランド / CpGアレー / ビスルファイトシークエンシング
Research Abstract

メチル化サイトを様々な方法でゲノムワイドに調べ、臨床研究の様々な要求に対応した最も信頼度の高い方法を確定した。方法比較を行う材料としてヒト骨髄異形成症候群細胞株SKM-1を用いた。最初計画した次世代シークエンサーを用いる方法は、情報処理の困難から使用せず、infinium,CpGアレー、全ゲノムタイリングアレーを組み合わせて用いることと決めた。並行して、メチル化サイト濃縮方法を比較し、抗体やmethyl binding proteinを用いる方法より、CHARMと呼ばれる、メチル基を完全に酵素処理して、処理しないDNAと比べる方法が定量性で優れていることを明らかにした。この結果、多くのサンプル解析にはinfinium、或いはCHARM+CpGアレー(CGA)を用い、詳しい解析が必要な場合は、CHARM+全ゲノムタイリングアレー(TA)を用いることに決めた。次に、CGAとTAを比較する目的で、SKM-1細胞の全ゲノムのメチル化サイトを解析した。同じサイトについて2種類の方法で結果が異なることはほぼ皆無で、必要に応じてそれぞれの方法を使えばよいことが確認できた。一部のサイトについては、アレーの結果がbisulfite法の結果に一致することを確認した。TAで検出できるサイトと比べると、CGAで検出できるサイトの数は限られており、また最近重要性が指摘され始めた密度の低いメチル化サイトの検出にはTAが欠かせないことが明らかとなった。より臨床に近い状況で検討するために、SKM-1株を低いメチル化阻害剤存在下で長期培養し、選択的に脱メチル化が起こるサイトをTAとCGAで解析した。配列データの情報処理に時間がかかっているが、選択的に脱メチル化が起こるMDS関連遺伝子を発見するなど、準備実験を超えた極めて重要な知見が得られてきた。今年度中には、情報処理を終え、論文にまとめる予定である。

  • Research Products

    (15 results)

All 2010 2009

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (9 results)

  • [Journal Article] Transient expression of ephrin b2 in perinatal skin is required for maintenance of keratinocyte homeostasis2009

    • Author(s)
      Egawa, G
    • Journal Title

      J Invest Dermatol 129

      Pages: 2386-2395

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The novel protein kinase Vlk is essential for stromal function of mesenchymal cells2009

    • Author(s)
      Kinoshita, M.
    • Journal Title

      Development 136

      Pages: 2069-2079

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Necdin restricts proliferation of hematopoietic stem cells during hematonoietic regeneration2009

    • Author(s)
      Kubota, Y.
    • Journal Title

      Blood 114

      Pages: 4383-4392

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gray zone prompting new imagination2009

    • Author(s)
      Nishikawa S
    • Journal Title

      Pigment Cell Melanoma Res 22

      Pages: 521-523

  • [Journal Article] Thrombin induces rapid disassembly of claudin-5 from the tight junction of endothelial cells2009

    • Author(s)
      Kondo N
    • Journal Title

      Exp Cell Res 315

      Pages: 2879-2887

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Lnk deletion reinforces the function of bone marrow progenitors in promoting neovascularization and astrogliosis following spinal cord injury.2009

    • Author(s)
      Kamei, N
    • Journal Title

      Stem Cells 28

      Pages: 365-375

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Development of hematopoietic stem cells explained2010

    • Author(s)
      西川伸一
    • Organizer
      Keystone symposia
    • Place of Presentation
      Keystone, Colorado
    • Year and Date
      2010-02-17
  • [Presentation] Development of hematopoietic stem cells explained2009

    • Author(s)
      西川伸一
    • Organizer
      欧州遺伝子・細胞治療学会
    • Place of Presentation
      Hannover, Germany
    • Year and Date
      2009-11-23
  • [Presentation] 身体の考古学2009

    • Author(s)
      西川伸一
    • Organizer
      日本アレルギー学会
    • Place of Presentation
      秋田市
    • Year and Date
      2009-10-30
  • [Presentation] Development of hematopoietic stem cells explained2009

    • Author(s)
      西川伸一
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Meeting of Stem Cells
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor, USA
    • Year and Date
      2009-09-23
  • [Presentation] Stem Cell Research for last 10 years2009

    • Author(s)
      西川伸一
    • Organizer
      国際組織工学学会
    • Place of Presentation
      Seoul, Korea
    • Year and Date
      2009-09-02
  • [Presentation] Generating tumor by epigenetic modification2009

    • Author(s)
      西川伸一
    • Organizer
      国際生化学・分子生物学合同学会
    • Place of Presentation
      Shanghai, China
    • Year and Date
      2009-08-03
  • [Presentation] Development of hematopoietic stem cells explained2009

    • Author(s)
      西川伸一
    • Organizer
      EMBO Workshop of Systems Biology of Stem Cells
    • Place of Presentation
      Cambridge, UK
    • Year and Date
      2009-06-17
  • [Presentation] Stem Cell Research of last 10 years2009

    • Author(s)
      西川伸一
    • Organizer
      台湾幹細胞学会
    • Place of Presentation
      高雄、台湾
    • Year and Date
      2009-05-16
  • [Presentation] 身体の考古学:iPSとエピジェネティックス2009

    • Author(s)
      西川伸一
    • Organizer
      日本病理学会総会
    • Place of Presentation
      京都市
    • Year and Date
      2009-04-03

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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