2010 Fiscal Year Annual Research Report
High throughput sequencerによる癌のエピゲノーム解析
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20229005
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
西川 伸一 独立行政法人理化学研究所, 幹細胞研究グループ, グループディレクター (60127115)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
伊藤 光宏 神戸大学, 大学院・保健学研究科, 教授 (50362794)
錦織 千佳子 神戸大学, 大学院・医学研究科, 教授 (50198454)
松井 利充 神戸大学, 大学院・医学研究科, 准教授 (10219371)
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| Keywords | 骨髄異形成症候群 / DNAメチル化 / 5Azacytidine / CpG island / AML / メチローム解析 |
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| Research Abstract |
当初計画に組み込んでいたデシタビンの治験が中止になり、あらゆる計画を見直すため奔走した一年であった。患者さんの試料調整篦撓めに予定していた費用を繰り越し、またこれまで患者さんのリクルートを予定していた施設を、神戸大学、神戸中央市民病院から、23年度に5AZ治療を予定していた長崎大学へ移行させる手続きをこの年度に行った。このような状況のため、実際の患者さん試料の解析は全く進まなかった。
このため、研究としては引き続きMDSモデル細胞株を低濃度脱メチル化剤で処理により変化するメチル化サイトの解析を行った。さらに、臨床試料解析が出来ないため生まれた余裕を利用して、懸案であったH3K4,K9,K27me3結合サイトの解析もこの年から開始した。
MDSとともにメチル化DNA解析を予定していた悪性黒色腫に関しては、錦織が黒色腫培養法法について検討し、メチル化解析が可能なところまで培養する方法が完成した。
この方法を用いて、23年度にメチル化サイトの解析を始めた。
22年度最も苦労したのは、得られたデータの解析で、全ゲノムにわたって得られるメチル化サイト情報と、遺伝子発現情報を対応させるソフトがほとんどなく、解析は難航した。現在も、これを可能にするアプリケーション開発を続けている。22年度の解析は従って、発現に差を認めた遺伝子についてゲノムの状態を調べていくという時間のかかる作業を続けた。結果については、23年度の報告にまとめて示した。
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