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2008 Fiscal Year Annual Research Report

口腔・歯周病フローラのメタゲノム解析

Research Project

Project/Area Number 20249082
Research InstitutionAichi Gakuin University

Principal Investigator

野口 俊英  Aichi Gakuin University, 歯学部, 教授 (50014262)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小島 利男  理化学研究所, 応用システムバイオロジー研究チーム, 副チームリーダー (00311340)
森田 英利  麻布大学, 獣医学部, 准教授 (70257294)
Keywordsメタゲノム解析 / 口腔細菌叢 / 歯周病関連細菌 / 歯周炎 / 16SrRNA遺伝子解析 / ゲノムDNA抽出 / 歯肉縁上プラーク / 歯肉縁下プラーク
Research Abstract

平成20年度は、愛知学院大学歯学部附属病院にて健常者5名から歯肉縁上プラーク、歯周炎患者7名からそれぞれ歯肉縁上プラーク、歯肉縁下プラークを採取した。
麻布大学において、アクロモペプチターゼ(純品)・リゾチームによる溶菌法を確立し、健常者1名、慢性歯周炎患者2名のサンプルからゲノムDNAを精製した。それらすべてのサンプルについて、検鏡により99.9%以上の溶菌を確認した。
理化学研究所において、各サンプルDNAについてPCR増幅サンプルの直接シークエンス法により16SrRNA解析を行い、各歯周プラークに多く群生する細菌群を検出し、過去の知見・文献との比較により、メタゲノムDNAサンプルがターゲットとする既知微生物群を含んでいることを確認した。全DNAサンプルに対し全ゲノム増幅処理行ない、増幅DNAを用いて次世代シークエンサ、454(Roche)によるDNA配列決定を行った。2サンプルについては、DNA配列から検出された微生物群が16SrRNA解析の結果と一致することを確認した。
今後全サンプルのDNA配列データを用いて、歯周表面・内部各サイト間の微生物群の差異、また健常者と歯周病患者間の差異を解析する予定である。さらに、同メタゲノム解析結果を基に、歯周病に関連すると考えられる要因を推定し、検証実験を行う。

  • Research Products

    (1 results)

All 2008

All Presentation (1 results)

  • [Presentation] 腸内細菌叢のメタゲノム解析における細菌DNA抽出法の確立2008

    • Author(s)
      上野真理子, 菊池真美, 森田英利, 服部正平, 他
    • Organizer
      第2回 日本ゲノム微生物学会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      20080300

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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