2010 Fiscal Year Annual Research Report
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20300148
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
若菜 茂晴 独立行政法人理化学研究所, マウス表現型解析開発チーム, チームリーダー (90192434)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
桝屋 啓志 独立行政法人理化学研究所, マウス表現型知識化研究開発ユニット, ユニットリーダー (40321814)
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| Keywords | 表現型解析 / 標準化 / データベース / プロトコル / 動物飼育管理 / マウス / 生殖工学技術 / マウスクリニック |
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| Research Abstract |
本課題では、マウスにおける表現型解析技術および、その基盤となるマウス飼育管理技術を実験動物コミュニティで広く共有するために、幅広い動物実験に対応可能なプロトコル共有データベースを構築し、公開した。
平成22年度は、SDOP-DBにおいて、より多くのプロトコルを収集し公開するために、プロトコルデータの投稿支援機能として、以下を実装した。1)「プロトコルの投稿案内」ウェブページの作成。2)プロトコルの投稿から公開までの一連の作業手順のシステム化。3)収集したプロトコル情報を、国際標準規格のデータ形式(PPML)に自動変換するためのツールを開発・公開。4)プロトコル情報のPPMLでの自動出力機能の実装。5)SDOP-DBにて公開しているマウス表現型解析テストの各SDOPのシステムのフリーウェア公開・配布。(これにより外部のユーザーが独自にプロトコル管理データベースを構築することを可能となった。)6)各表現型解析テストのプロトコルの相違に起因する実験結果の相違を容易に比較評価できるようにするため、マウス表現型解析結果のデータベースである「PhenoPub」との相互のデータリンクのしくみの開発。7)さらに欧州のデータベース「Europhenome」とのリンク作成。8)以上のSDOPの機能拡張に対して、ユーザーの操作を支援するためのオンライン・ユーザーマニュアルの作成。
これらの新機能と平成20,21年度の開発項目は、プロトコル管理システムとして統合的に機能する。本課題を通じて、より正確なリソース特性を示すデータベースが開発された。SDOP-DBを用いることで、国内および国外の研究機関の表現型解析プロトコル公開の支援および、各機関と連携した表現型プロトコルの共有の基盤が整備された。
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