Development of polarization potential of nucleic acid

2010 Fiscal Year Self-evaluation Report

• Project/Area Number: 20550024
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Physical chemistry
• Research Institution: Kinjo Gakuin University
• Principal Investigator: NAKAGAWA Setsuko Kinjo Gakuin University, 生活環境学部, 教授 (50050711)
• Project Period (FY): 2008 – 2011
• Keywords: 分極ポテンシャル / 多中心分極率 / 分極一電子ポテンシャル / 核酸 / ヌクレオチド

Research Abstract

(1) 分極一電子ポテンシャル最適化法プログラムの拡張を行い、核酸セグメントに関して多中心分極率の決定を行う。
(2)核酸セグメントの分極ポテンシャルを構築する。ヌクレオチドと水分子等の相互作用エネルギーを量子化学的に算出し、ポテンシャルエネルギー面を再現するパラメータセットを決定する。
(3)決定した分極ポテンシャルを用い、核酸の水和モデルの分子動力学シミュレーションを実施し、作成したポテンシャルの評価を行う。