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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Development of the next-generation high-speed AFM and detailed dynamic behavior analysis of biomolecules

Research Project

Project/Area Number 20H00327
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

古寺 哲幸  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (30584635)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords原子間力顕微鏡 / 生物物理学 / タンパク質 / 一分子イメージング / 生体分子
Outline of Annual Research Achievements

高速原子間力顕微鏡(高速AFM)による観察可能な生命現象の広範化を図ることを目指して、現在の高速AFMの時間分解能を律するデバイス群を大幅に改良し、次世代型高速AFMの研究開発することを推進している。本年は、高速振幅計測器を改良し、1 MHzのカンチレバーを用いた場合、従来型の7倍高速化することに成功した。また、集積イオンビーム装置を用いて高速微小カンチレバーに追加工することで、超小型高速カンチレバーの開発を進めた。その結果、水溶液中で10MHzの共振周波数をもつカンチレバーを開発することができた。また、開発した微小カンチレバーの変位検出光学系の開発に取り組み、小さなレーザースポットサイズと良好なS/Nを持った光学系の開発を進めた。開発した超微小カンチレバーと光学系を組み合わせた顕微鏡システムで、脆い生体分子複合体であるアクチンフィラメントを開発したところ、50 ms/frameといった高いフレームレートでもフィラメントを壊さずに観察することに成功した。超微小カンチレバーは高いバネ定数を持つため、生体試料を壊しやすいことが懸念されていたが、それほど大きな障害にならないことが判明した。
また、開発途中の次世代型高速AFMを用いて、バイオ応用研究を進めた。たとえば、これまで静的な構造生物学的手法では可視化することが困難だったリボソームのストークを直接的に可視化することに成功し、ストークが少なくとも2状態のコンフォメーションをとることを見出した。さらに、ストークが翻訳因子をその周りにかき集めるファクタープール仮説というものが提唱されていたが、高速AFM観察により、その実態を初めて可視化することに成功した。これにより開発した顕微鏡装置の性能を示すとともに、生物学的に意義深い新知見を得ることができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

現在の高速AFMの時間分解能を律するデバイス群を大幅に改良し、次世代型高速AFMの研究開発することを推進している。開発すべき要素技術は、①Zスキャナー、②デュアルZスキャナーシステム、③カンチレバーの振動振幅計測回路、④超微小カンチレバー、⑤超微小カンチレバー用の変位検出系であり、これらを全て高速化・高S/N化することで、装置のZ方向の力制御に関わる周波数帯域(fB)の向上を図る。これまでに①、③、④、⑤に関する開発については、技術的に困難だった大きなハードルを概ね越えたといえる。特に、作成した超微小カンチレバーは高いバネ定数を持つため、生体試料を壊しやすいことが懸念されていたが、それほど大きな障害にならないことが判明したことは、今後の開発指針を考えるうえで大きな成果であると考える。このことは、さらに小型の微小カンチレバーの開発が可能であることを示唆しており、当初設定していたイメージングレートを上回る走査性能を持った高速AFM装置ができることが予想される。②については、回路シミュレーターを用いたシミュレーション実験を行い、原理的に実現可能であるというところまで確認している。
また、開発途中の次世代型高速AFMを用いて、いくつかのタンパク質系でバイオ応用研究を進めている。たとえば、アクチン結合タンパク質であるCAP1の複合体構造を明らかにすることや、コフィリンが結合したアクチン線維の末端に結合し、アクチン線維を脱重合する過程が見られつつある。これらの観察データを集積している最中である。

Strategy for Future Research Activity

開発を進めている要素技術である、①Zスキャナー、②デュアルZスキャナーシステム、③カンチレバーの振動振幅計測回路、④超微小カンチレバー、⑤超微小カンチレバー用の変位検出系のそれぞれの完成度を高めつつ、開発途中の次世代型高速AFMを用いて、バイオ応用研究を推進していく。①に関しては、1.2MHz程度の共振周波数が既に実現されているが、Zスキャナーのバネ定数や質量を電子回路でコントロールすることによって、共振周波数をコントロールし、2 MHz程度までの共振周波数を実現することに本年から取り組む。②については、シミュレーション結果をもとに実機にも応用し、実験的にも実現可能であること立証する。近年の高速AFM関連で特筆すべき技術開発として、金沢大の安藤敏夫グループらによって、X走査の復路をスキップする新しい走査方法が提案された(Fukuda & Ando, Rev. Sci. Instrum. 2021)。この手法では、画像取得レートを2倍にする効果があるだけでなく、カンチレバーと試料間の相互作用力が小さくなる走査方向があることが提案されている。この技術を取り入れると、目標とするフレームレートを実現するのに必要なZ方向の力制御に関わる周波数帯域(fB)が半分程度でよいことになる。もしくは、当初目標としていたfBを実現すれば、目標とするフレームレートを2倍にできることを意味する。導入により、大きな技術的な進展が見込めるため、いち早くその走査方法を導入する。
また、学会や研究会などで積極的に進捗状況を発表し、次世代型高速AFM技術に興味を持ってくれた国内外の研究者と共同研究を推進し、一つでも多くの生命現象の詳細解明に寄与できるように努める。

  • Research Products

    (21 results)

All 2020 Other

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 4 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 4 results) Book (1 results) Remarks (4 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Visualizing dynamic actin cross‐linking processes driven by the actin‐binding protein anillin2020

    • Author(s)
      Matsuda Kyohei、Sugawa Mitsuhiro、Yamagishi Masahiko、Kodera Noriyuki、Yajima Junichiro
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 594 Pages: 1237~1247

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13720

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics of oligomer and amyloid fibril formation by yeast prion Sup35 observed by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Konno Hiroki、Watanabe-Nakayama Takahiro、Uchihashi Takayuki、Okuda Momoko、Zhu Liwen、Kodera Noriyuki、Kikuchi Yousuke、Ando Toshio、Taguchi Hideki
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 117 Pages: 7831~7836

    • DOI

      10.1073/pnas.1916452117

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Diversity of physical properties of bacterial extracellular membrane vesicles revealed through atomic force microscopy phase imaging2020

    • Author(s)
      Kikuchi Yousuke、Obana Nozomu、Toyofuku Masanori、Kodera Noriyuki、Soma Takamitsu、Ando Toshio、Fukumori Yoshihiro、Nomura Nobuhiko、Taoka Azuma
    • Journal Title

      Nanoscale

      Volume: 12 Pages: 7950~7959

    • DOI

      10.1039/c9nr10850e

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular and Functional Analysis of Pore-Forming Toxin Monalysin From Entomopathogenic Bacterium Pseudomonas entomophila2020

    • Author(s)
      Nonaka Saori、Salim Emil、Kamiya Koki、Hori Aki、Nainu Firzan、Asri Rangga Meidianto、Masyita Ayu、Nishiuchi Takumi、Takeuchi Shoji、Kodera Noriyuki、Kuraishi Takayuki
    • Journal Title

      Frontiers in Immunology

      Volume: 11 Pages: 00520

    • DOI

      10.3389/fimmu.2020.00520

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Spatiotemporally tracking of nano-biofilaments inside the nuclear pore complex core2020

    • Author(s)
      Mohamed Mahmoud Shaaban、Hazawa Masaharu、Kobayashi Akiko、Guillaud Laurent、Watanabe-Nakayama Takahiro、Nakayama Mizuho、Wang Hanbo、Kodera Noriyuki、Oshima Masanobu、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • Journal Title

      Biomaterials

      Volume: 256 Pages: 120198~120198

    • DOI

      10.1016/j.biomaterials.2020.120198

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-Speed AFM Reveals Molecular Dynamics of Human Influenza A Hemagglutinin and Its Interaction with Exosomes2020

    • Author(s)
      Lim Keesiang、Kodera Noriyuki、Wang Hanbo、Mohamed Mahmoud Shaaban、Hazawa Masaharu、Kobayashi Akiko、Yoshida Takeshi、Hanayama Rikinari、Yano Seiji、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 20 Pages: 6320~6328

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.0c01755

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self- and Cross-Seeding on α-Synuclein Fibril Growth Kinetics and Structure Observed by High-Speed Atomic Force Microscopy2020

    • Author(s)
      Watanabe-Nakayama Takahiro、Nawa Maika、Konno Hiroki、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Teplow David B.、Ono Kenjiro
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 14 Pages: 9979~9989

    • DOI

      10.1021/acsnano.0c03074

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Millisecond Conformational Dynamics of Skeletal Myosin II Power Stroke Studied by High-Speed Atomic Force Microscopy2020

    • Author(s)
      Matusovsky Oleg S.、Kodera Noriyuki、MacEachen Caitlin、Ando Toshio、Cheng Yu-Shu、Rassier Dilson E.
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 15 Pages: 2229~2239

    • DOI

      10.1021/acsnano.0c06820

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Direct visualization of translational GTPase factor pool formed around the archaeal ribosomal P-stalk by high-speed AFM2020

    • Author(s)
      Imai Hirotatsu、Uchiumi Toshio、Kodera Noriyuki
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 117 Pages: 32386~32394

    • DOI

      10.1073/pnas.2018975117

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and dynamics analysis of intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Kodera Noriyuki、Noshiro Daisuke、Dora Sujit K.、Mori Tetsuya、Habchi Johnny、Blocquel David、Gruet Antoine、Dosnon Marion、Salladini Edoardo、Bignon Christophe、Fujioka Yuko、Oda Takashi、Noda Nobuo N.、Sato Mamoru、Lotti Marina、Mizuguchi Mineyuki、Longhi Sonia、Ando Toshio
    • Journal Title

      Nature Nanotechnology

      Volume: 16 Pages: 181~189

    • DOI

      10.1038/s41565-020-00798-9

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Resolving the data asynchronicity in high-speed atomic force microscopy measurement via the Kalman Smoother2020

    • Author(s)
      Kubo Shintaroh、Kato Suguru、Nakamura Kazuyuki、Kodera Noriyuki、Takada Shoji
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 18393

    • DOI

      10.1038/s41598-020-75463-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Improving the temporal resolution of high-speed AFM2020

    • Author(s)
      Noriyuki Kodera,Masahiro Shimizu,Chihiro Okamoto,Kenichi Umeda,Shinji Watanabe,Toshio Ando
    • Organizer
      8th Multifrequency AFM Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] バイオ高速 AFM の性能向上と機能付加にむけて2020

    • Author(s)
      古寺哲幸
    • Organizer
      第81回応用物理学会秋季学術講演会
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMによるレット症候群の原因タンパク質MeCP2の一分子動態観察2020

    • Author(s)
      古寺哲幸
    • Organizer
      ブルッカージャパンナノ計測事業部主催シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule visualization of intrinsically disordered Rett syndrome protein, MeCP2 by high-speed Atomic Force Microscopy2020

    • Author(s)
      Noriyuki Kodera
    • Organizer
      4th NanoLSI Symposium - Bio-imaging, sensing and manipulation for medical science -
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] 相分離生物学の全貌(現代化学増刊46)、「66 高速原子間力顕微鏡」を古寺哲幸、今井大達で執筆2020

    • Author(s)
      白木 賢太郎
    • Total Pages
      400
    • Publisher
      東京化学同人
    • ISBN
      9784807913466
  • [Remarks] 金沢大学生物物理学研究室

    • URL

      http://biophys.w3.kanazawa-u.ac.jp/index.htm

  • [Remarks] ナノ生命科学研究所 古寺哲幸 研究紹介

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/research/researchers/noriyuki-kodera/

  • [Remarks] ナノ生命科学研究所 古寺哲幸 Researcher’s Voice #3

    • URL

      https://www.kanazawa-u.ac.jp/research/re-voice/rv3

  • [Remarks] ナノ生命科学研究所 古寺哲幸 Research45「高速AFMが解明するタンパク質の世界」

    • URL

      https://www.kanazawa-u.ac.jp/research/kokokara/research45

  • [Patent(Industrial Property Rights)] チャンバーアレイの製造方法2020

    • Inventor(s)
      古寺哲幸,豐田貴大,内橋貴之
    • Industrial Property Rights Holder
      古寺哲幸,豐田貴大,内橋貴之
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特許6777310

URL: 

Published: 2021-12-27  

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