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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Development of the next-generation high-speed AFM and detailed dynamic behavior analysis of biomolecules

Research Project

Project/Area Number 20H00327
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

古寺 哲幸  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (30584635)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords原子間力顕微鏡 / 生物物理学 / タンパク質 / 一分子イメージング / 生体分子
Outline of Annual Research Achievements

高速原子間力顕微鏡(高速AFM)による観察可能な生命現象の広範化を図ることを目指して、現在の高速AFMの時間分解能を律するデバイス群を大幅に改良し、次世代型高速AFMの研究開発することを推進している。本年は、昨年度までに開発に成功していた高速振幅計測器と超高速Zスキャナーについて論文化した(Appl. Phys. Lett. 誌、Rev. Sci. Instrum. 誌)。また、昨年度までに開発していた超小型高速カンチレバーでは、水溶液中で10MHzの共振周波数をもつ性能を実現していたが、カンチレバーを10 MHz付近において十分に加振することができないという問題があった。そこで、本年は、カンチレバーを加振するための圧電素子とその圧電素子が取り付けられているカンチレバーの固定治具の機構の検討を行った。その結果、10 MHz程度の周波数帯であっても、生体分子を観察するために必要な数 nm程度の自由振動振幅を得ることができる機構を実現した。一連の主要デバイスの高速化が進み、再びZスキャナーが律速デバイスとなった。現存の圧電素子ではこれ以上の高速化が見込めないため、逆伝達関数とアクティブダンピング法を組み合わせた電子回路(共振コントローラー)を考案し、Zスキャナーの共振周波数とQ値を一緒にコントロールできるようになった(特許申請中)。また、開発途中の次世代型高速AFMを用いて、バイオ応用研究を進めた。たとえば、アクチン結合タンパク質CAP1の複合体のストイキオメトリー(J. Biol. Chem. 誌)、クエン酸塩トランスポーターの動作機構(PNAS誌)、マイコプラズマ・モービレの運動装置の形状(mBio誌)と細胞内での動き方(mBio誌)などを明らかにした。これにより開発した顕微鏡装置の性能を示すとともに、生物学的に意義深い新知見を得ることができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

現在の高速AFMの時間分解能を律するデバイス群を大幅に改良し、次世代型高速AFMの研究開発することを推進している。開発すべき要素技術は、①Zスキャナー、②デュアルZスキャナーシステム、③カンチレバーの振動振幅計測回路、④超微小カンチレバー、⑤超微小カンチレバー用の変位検出系である。これらを全て高速化・高S/N化することで、装置のZ方向の力制御に関わる周波数帯域(fB)を現行の装置の約7倍である約500 kHzにまで高めることを目標としていた。①、③、④、⑤に関する開発については、目標性能を達成することができ、①については、電子回路を用いた共振コントローラーの開発にも成功したことで、さらなる高速化が期待される状況となっている。③については、企業と共同してより高性能の計測器が実現できることが判明している。また、金沢大の安藤敏夫博士の研究グループによって、AFMの時間分解能を2倍高速化できるX走査の復路をスキップする走査方法が提案されたが(Fukuda & Ando, Rev. Sci. Instrum. 2021)、この手法をいち早く取り入れた。これにより、当初目標としていた走査速度の2倍程度まで高速化できることが見込まれ、目標としていた最速イメージングレートである10 ms/frameを上回る走査性能を持った高速AFM装置ができることが予想される。②は、回路シミュレーターを用いたシミュレーション実験を行い、原理的に実現可能であることが確認できている。また、開発途中の次世代型高速AFMを用いて、いくつかのタンパク質系でバイオ応用研究も進めている。たとえば、アクチン結合タンパク質であるCAP1は、コフィリンが結合したアクチン線維から大部分のコフィリンを解離させる機能があることが高速AFM観察から初めて明らかとなってきている。

Strategy for Future Research Activity

開発を進めている要素技術である、①Zスキャナー、②デュアルZスキャナーシステム、③カンチレバーの振動振幅計測回路、④超微小カンチレバー、⑤超微小カンチレバー用の変位検出系のそれぞれの完成度を高めつつ、全ての要素を組み込んだ高速AFMにおいて装置全体の性能を評価する。また、開発した次世代型高速AFMを用いて、バイオ応用研究を推進していく。①に関しては、開発中の共振コントローラーの完成度を高め、Zスキャナーの共振周波数を2 MHz程度まで向上させることを目指す。②については、電子回路シミュレーション結果をもとに、真核細胞の観察用に開発した広域スキャナー(Marchesi et al., Sci. Rep. 2021)に応用し、真核細胞のAFM観察に利用可能であること立証する。また、高速バイオ応用研究については、従来型の高速AFMの時間分解能では観察できない現象をターゲットに推進する。具体的には、アクチン結合タンパク質であるCAP1がどのようにしてアクチンからコフィリンを解離させているのかの構造的な証拠を得る。また、染色体構造維持(SMC)タンパク質について、DNAとの相互作用の様子を詳細に解析する。従来型の高速AFMによって、SMCタンパク質がDNAと結合する様子まで見えているが、タンパク質の拡散運動がAFMの時間分解能に比べて速いため、分子形状の詳細まで解像できていない状況である。時間分解能が10倍程度改良された次世代型高速AFMによって、それらの現象を詳細に観察し、それらの機能メカニズムの理解を深める。また、学会や研究会などで積極的に進捗状況を発表し、次世代型高速AFM技術に興味を持ってくれた国内外の研究者と共同研究を推進し、一つでも多くの生命現象の詳細解明に寄与できるように努める。

  • Research Products

    (37 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 9 results) Presentation (13 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (5 results)

  • [Int'l Joint Research] Emory University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Emory University
  • [Int'l Joint Research] Zernike Instituut(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      Zernike Instituut
  • [Int'l Joint Research] Nong Lam University/Ho Chi Minh City Open Universit/Rubber Research Institute of Vietnam(ベトナム)

    • Country Name
      VIET NAM
    • Counterpart Institution
      Nong Lam University/Ho Chi Minh City Open Universit/Rubber Research Institute of Vietnam
  • [Int'l Joint Research] UUSER TVM(インド)

    • Country Name
      INDIA
    • Counterpart Institution
      UUSER TVM
  • [Int'l Joint Research] Colorado State University/Univ. Colorado Sch. Med./University of Iowa College of Medicine(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Colorado State University/Univ. Colorado Sch. Med./University of Iowa College of Medicine
    • # of Other Institutions
      3
  • [Journal Article] Visualization of intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Kodera Noriyuki、Ando Toshio
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 72 Pages: 260~266

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2021.11.014

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Extracellular Vesicles Contribute to the Metabolism of Transthyretin Amyloid in Hereditary Transthyretin Amyloidosis2022

    • Author(s)
      Yamaguchi Hiroki、Kawahara Hironori、Kodera Noriyuki、Kumaki Ayanori、Tada Yasutake、Tang Zixin、Sakai Kenji、Ono Kenjiro、Yamada Masahito、Hanayama Rikinari
    • Journal Title

      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 9 Pages: 839917

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.839917

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An ultrafast piezoelectric Z-scanner with a resonance frequency above 1.1?MHz for high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Shimizu Masahiro、Okamoto Chihiro、Umeda Kenichi、Watanabe Shinji、Ando Toshio、Kodera Noriyuki
    • Journal Title

      Review of Scientific Instruments

      Volume: 93 Pages: 013701

    • DOI

      10.1063/5.0072722

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] High-speed atomic force microscopy reveals a three-state elevator mechanism in the citrate transporter CitS2022

    • Author(s)
      Maity Sourav、Trinco Gianluca、Buzon Pedro、Anshari Zaid R.、Kodera Noriyuki、Ngo Kien Xuan、Ando Toshio、Slotboom Dirk J.、Roos Wouter H.
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Pages: e2113927119

    • DOI

      10.1073/pnas.2113927119

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Native cyclase-associated protein and actin from Xenopus laevis oocytes form a unique 4:4 complex with a tripartite structure2021

    • Author(s)
      Kodera Noriyuki、Abe Hiroshi、Nguyen Phuong Doan N.、Ono Shoichiro
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 296 Pages: 100649~100649

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.100649

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Spatiotemporal Dynamics of Histone Protein H2A Involution by DNA Inchworming2021

    • Author(s)
      Nishide Goro、Lim Keesiang、Mohamed Mahmoud Shaaban、Kobayashi Akiko、Hazawa Masaharu、Watanabe-Nakayama Takahiro、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 12 Pages: 3837~3846

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c00697

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Movements of Mycoplasma mobile Gliding Machinery Detected by High-Speed Atomic Force Microscopy2021

    • Author(s)
      Kobayashi Kohei、Kodera Noriyuki、Kasai Taishi、Tahara Yuhei O.、Toyonaga Takuma、Mizutani Masaki、Fujiwara Ikuko、Ando Toshio、Miyata Makoto
    • Journal Title

      mBio

      Volume: 12 Pages: e0004021

    • DOI

      10.1128/mBio.00040-21

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An ultra-wide scanner for large-area high-speed atomic force microscopy with megapixel resolution2021

    • Author(s)
      Marchesi Arin、Umeda Kenichi、Komekawa Takumi、Matsubara Takeru、Flechsig Holger、Ando Toshio、Watanabe Shinji、Kodera Noriyuki、Franz Clemens M.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 13003

    • DOI

      10.1038/s41598-021-92365-y

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Modeling of DNA binding to the condensin hinge domain using molecular dynamics simulations guided by atomic force microscopy2021

    • Author(s)
      Koide Hiroki、Kodera Noriyuki、Bisht Shveta、Takada Shoji、Terakawa Tsuyoshi
    • Journal Title

      PLOS Computational Biology

      Volume: 17 Pages: e1009265

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009265

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ultrastructure of influenza virus ribonucleoprotein complexes during viral RNA synthesis2021

    • Author(s)
      Nakano Masahiro、Sugita Yukihiko、Kodera Noriyuki、Miyamoto Sho、Muramoto Yukiko、Wolf Matthias、Noda Takeshi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: 858

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02388-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Chained Structure of Dimeric F1-like ATPase in Mycoplasma mobile Gliding Machinery2021

    • Author(s)
      Toyonaga Takuma、Kato Takayuki、Kawamoto Akihiro、Kodera Noriyuki、Hamaguchi Tasuku、Tahara Yuhei O.、Ando Toshio、Namba Keiichi、Miyata Makoto
    • Journal Title

      mBio

      Volume: 12 Pages: e0141421

    • DOI

      10.1128/mBio.01414-21

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] C9orf72-derived arginine-rich poly-dipeptides impede phase modifiers2021

    • Author(s)
      Nanaura H、…Kodera N (34名中23番目)、…、Saio T、Yoshizawa T、Mori E
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 5301

    • DOI

      10.1038/s41467-021-25560-0

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Architecture of zero-latency ultrafast amplitude detector for high-speed atomic force microscopy2021

    • Author(s)
      Umeda Kenichi、Okamoto Chihiro、Shimizu Masahiro、Watanabe Shinji、Ando Toshio、Kodera Noriyuki
    • Journal Title

      Applied Physics Letters

      Volume: 119 Pages: 181602

    • DOI

      10.1063/5.0067224

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Macrocyclic Peptide-Conjugated Tip for Fast and Selective Molecular Recognition Imaging by High-Speed Atomic Force Microscopy2021

    • Author(s)
      Puppulin Leonardo、Kanayama Daiki、Terasaka Naohiro、Sakai Katsuya、Kodera Noriyuki、Umeda Kenichi、Sumino Ayumi、Marchesi Arin、Weilin Wei、Tanaka Hideo、Fukuma Takeshi、Suga Hiroaki、Matsumoto Kunio、Shibata Mikihiro
    • Journal Title

      ACS Applied Materials & Interfaces

      Volume: 13 Pages: 54817~54829

    • DOI

      10.1021/acsami.1c17708

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高速AFM による生体分子の動態計測2021

    • Author(s)
      古寺哲幸
    • Organizer
      ナノプローブテクノロジー第167 委員会 第98 回研究会
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡 による生体分子の動態計測2021

    • Author(s)
      古寺哲幸
    • Organizer
      第31回日本メイラード学会
    • Invited
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡の固有ノイズ:パラシューティングの除去手法開発2021

    • Author(s)
      久保進太郎、梅田健一、古寺哲幸、高田彰二
    • Organizer
      分子科学討論会
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡によるタンパク質グリケーションの可視化2021

    • Author(s)
      新村朱子、木下結衣、原島愛、棟居聖一、木村久美、Nontaphat Leerach、大島由、林謙次郎、田中麻莉子、後藤久典、古寺哲幸、山本靖彦
    • Organizer
      第31回日本メイラード学会
  • [Presentation] SSX1に示唆される新規の DNA 結合ドメインとその溶液中構造解析2021

    • Author(s)
      高橋 花南, 古寺 哲幸, 宮ノ入 洋平, 千田 美紀, 加藤 広介, 堀越 直樹, 竹中 聡, 岩崎 憲治
    • Organizer
      第94回日本生化学会
  • [Presentation] SSX1 に示唆される新規の DNA 結合ドメインのその溶液中構造解析2021

    • Author(s)
      高橋 花南, 古寺 哲幸, 宮ノ入 洋平, 千田 美紀, 加藤 広介, 堀越 直樹, 竹中 聡, 岩崎 憲治
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 高速 AFM によるヒストン H2A-DNA 相互作用およびその凝集性のリアルタイムダイナミクスの解明2021

    • Author(s)
      西出 梧朗, Lim Keesiang, 小林 亜紀子, 羽澤 勝治, 中山 隆宏, 古寺 哲幸, 安藤 敏夫, Wong Richard
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 微小管末端標識と高速 AFM による可視化2021

    • Author(s)
      樋口 雄希, 古寺 哲幸, 林 郁子
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] パッチクランプ機能付き高速AFMの開発2021

    • Author(s)
      松原猛、渡辺信嗣、梅田健一、角野歩、安藤敏夫、古寺哲幸
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 滑膜肉腫関連タンパク質SS18-SSX1の新規機能2021

    • Author(s)
      高橋花南, 古寺哲幸, 宮ノ入洋平, 加藤広介, 西村正宏, 堀越直樹, 胡桃坂仁志, 竹中聡, 岩崎憲治
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
  • [Presentation] 高速AFMを用いたユビキチンリガーゼE6APの構造動態のリアルタイム観察2021

    • Author(s)
      武田 春冴、室 郁弥、古寺 哲幸、安藤 敏夫、紺野 宏記
    • Organizer
      令和3年度生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] CAP1-induced extensive dissociation of cofilin from cofilin-saturated actin filaments revealed by high-speed AFM2021

    • Author(s)
      Phuong Doan N Nguyen, Hiroshi Abe, Shoichiro Ono, Noriyuki Kodera
    • Organizer
      令和3年度生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 超微小カンチレバーの実用化に向けた高速AFM光学システムの改良2021

    • Author(s)
      片山 紀希、梅田 健一、古寺 哲幸
    • Organizer
      令和3年度生物物理学会中部支部講演会
  • [Remarks] 古寺哲幸の研究紹介

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/en/research/researchers/noriyuki-kodera/

  • [Remarks] 時間遅れゼロの超高速振幅計測法の開発に成功~高速AFMのさらなる高速化・低侵襲化に期待~

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/achievements/achievements-18299/

  • [Remarks] 世界初!マイコプラズマの滑走運動における分子モーター の動きをナノレベルで検出!

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/achievements/achievements-16945/

  • [Remarks] ~驚愕の生命進化~世界初!ATP合成酵素から変化した滑走のツインモーターの構造を明らかに

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/achievements/achievements-18965/

  • [Remarks] 【ココカラ】Research45「高速AFMが解明するタンパク質の世界」/金沢大学研究紹介動画

    • URL

      https://www.youtube.com/watch?v=WS9PLrVbCfk&t=62s

URL: 

Published: 2022-12-28  

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