2022 Fiscal Year Annual Research Report
全細胞オミクスによる骨格筋組織を構築するシステムの解明
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20H00456
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
大川 恭行 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80448430)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 骨格筋分化 / クロマチン構造 / 単一細胞解析 / 空間オミクス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
マウス骨格筋組織をカルディオトキシン注射により損傷させ、経時的に組織切片を作成した。独自に開発したChILSeq法により、単一細胞レベルで、トランスクリプトーム、プロテオーム、エピゲノムデータをそれぞれ取得した。既に公開している単一細胞エピゲノム解析法ChILseqに、新たに開発した連続免疫染色法、空間トランスクリプトーム技術PIC(photo Isolation Chemistry)を組み合わせた新たなマルチオミクス解析を実践した。本解析では、全て生体組織で行い世界初の試みであると同時に組織内部のエピゲノム変化を解析する先駆的な技術と考えている。切片上に存在する細胞内に含まれるRNAを逆転写後dsDNAに転換し、更にin vitrotranscription(IVT)により増幅させることで１細胞レベルでRNAの検出が可能となった（単一細胞トランスクリプトーム検出）。同様に細胞に存在する分子をあらかじめ消去可能な蛍光を付加した特異的抗体と反応させ、連続的に反応させることで膨大な抗体の種類を同一検体上で解析することが可能となった（単一細胞プロオーム検出）（論文発表準備中、特許申請中）。本手法では、プロテオーム、エピゲノムデータは用いる抗体の種類に依存する。そこで、特にプロテオームデータは筋、免疫細胞、間質細胞の代表的な細胞表面抗原を検出する抗体による細胞集団の大まかな区分けを行ったうえで、代表的なシグナル伝達経路の活性化に絞って定量解析を行った。エピゲノムデータについてはクロマチン構造状態の計測を行った。骨格筋再生過程における細胞集団の同定に向けた包括的なデータ解析を進めており、論文投稿準備中である。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Design and implementation of a hybrid cloud system for large-scale human genomic research.2023
Author(s)
Masao Nagasaki, Yayoi Sekiya, Akihiro Asakura, Ryo Teraoka, Ryoko Otokozawa, Hiroki Hashimoto, Takahisa Kawaguchi, Keiichiro Fukazawa, Yuichi Inadomi, Ken T Murata, Yasuyuki Ohkawa, Izumi Yamaguchi, Takamichi Mizuhara, Katsushi Tokunaga, Yuji Sekiya, Toshihiro Hanawa, Ryo Yamada, Fumihiko Matsuda.
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Journal Title
Hum Genome Var.
Volume: 10
Pages: 6
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Senescence atlas reveals an aged-like inflamed niche that blunts muscle regeneration.2023
Author(s)
Moiseeva V, Cisneros A, Sica V, Deryagin O, Lai Y, Jung S, Andres E, An J, Segales J, Ortet L, Lukesova V, Volpe G, Benguria A, Dopazo A, Benitah SA, Urano Y, Del Sol A, Esteban MA, Ohkawa Y, Serrano AL, Perdiguero E, Munoz-Canoves P.
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Journal Title
Nature
Volume: 613
Pages: 169-178
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity.2022
Author(s)
Hiroaki Ohishi, Seiru Shimada, Satoshi Uchino, Jieru Li, Yuko Sato, Manabu Shintani, Hitoshi Owada, Yasuyuki Ohkawa, Alexandros Pertsinidis, Takashi Yamamoto, Hiroshi Kimura, Hiroshi Ochiai.
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Journal Title
Nat Commun.
Volume: 13
Pages: 7672
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Prostaglandin E2 receptor Ptger4b regulates female-specific peptidergic neurons and female sexual receptivity in medaka.2022
Author(s)
Thomas Fleming, Yukiko Kikuchi, Mikoto Nakajo, Masaya Tachizawa, Tomoaki Inazumi, Soken Tsuchiya, Yukihiko Sugimoto, Daisuke Saito, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Takashi Baba, Ken-Ichirou Morohashi, Kataaki Okubo.
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Journal Title
Commun Biol.
Volume: 5
Pages: 1215
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Drosophila transcription factor NF-Y suppresses transcription of the lipase 4 gene, a key gene for lipid storage.2022
Author(s)
Yasuhide Yoshioka, Keisuke Anzai, Ryosuke Kowada, Ken Hiratsuka, Teppei Hirayabu, Masashi Yasuda, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Hideki Yoshida, Masamitsu Yamaguchi.
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Journal Title
Exp Cell Res
Volume: 420
Pages: 113307
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Tmsb10 triggers fetal Leydig differentiation by suppressing the RAS/ERK pathway.2022
Author(s)
Miki Inoue, Takashi Baba, Fumiya Takahashi, Miho Terao, Shogo Yanai, Yuichi Shima, Daisuke Saito, Kei Sugihara, Takashi Miura, Shuji Takada, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Ken-Ichirou Morohashi.
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Journal Title
Commun Biol.
Volume: 5
Pages: 974
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Identification of a drug-response gene in multiple myeloma through longitudinal single-cell transcriptome sequencing.2022
Author(s)
Toru Masuda, Shojiro Haji, Yasuhiro Nakashima, Mariko Tsuda, Daisaku Kimura, Akiko Takamatsu, Norifusa Iwahashi, Hironobu Umakoshi, Motoaki Shiratsuchi, Chie Kikutake, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Yoshihiro Ogawa.
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Journal Title
iScience
Volume: 25
Pages: 104781
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Uterus-specific transcriptional regulation underlies eggshell pigment production in Japanese quail.2022
Author(s)
Satoshi Ishishita, Shumpei Kitahara, Mayuko Takahashi, Sakura Iwasaki, Shoji Tatsumoto, Izumi Hara, Yoshiki Kaneko, Keiji Kinoshita, Katsushi Yamaguchi, Akihito Harada, Yasushige Ohmori, Yasuyuki Ohkawa, Yasuhiro Go, Shuji Shigenobu, Yoichi Matsuda, Takayuki Suzuki.
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Journal Title
PLoS One.
Volume: 17
Pages: e0265008
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Tenogenic Induction From Induced Pluripotent Stem Cells Unveils the Trajectory Towards Tenocyte Differentiation.2022
Author(s)
Yuki Yoshimoto, Akiyoshi Uezumi, Madoka Ikemoto-Uezumi, Kaori Tanaka, Xinyi Yu, Tamaki Kurosawa, Shinsei Yambe, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa, Yusuke Sotomaru, Chisa Shukunami.
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Journal Title
Front Cell Dev Biol.
Volume: 10
Pages: 780038
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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