2022 Fiscal Year Annual Research Report
Integrated analysis of mechanisms of genetic susceptibility to cancer and clonal evolution in pediatric cancer
Project/Area Number |
20H00528
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Research Institution | Kyoto University |
Principal Investigator |
滝田 順子 京都大学, 医学研究科, 教授 (00359621)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
真田 昌 独立行政法人国立病院機構(名古屋医療センター臨床研究センター), その他部局等, 高度診断研究部長 (20529044)
瀧本 哲也 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 研究所小児がん疫学臨床研究センター, 室長 (40393178)
樋渡 光輝 帝京大学, 医学部, 講師 (40597126)
大喜多 肇 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 准教授 (50317260)
才田 聡 京都大学, 医学研究科, 特定病院助教 (70638254)
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Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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Keywords | 小児がん / 発がん感受性 / クローン進化 / 治療標的 / バイオマーカー / 乳児ALL / KMT2A / 融合遺伝子 |
Outline of Annual Research Achievements |
乳児期(0歳児)に発症する急性リンパ性白血病(ALL)は、1歳以上の小児ALLと大きく異なる生物学的・臨床的特徴を有する。生物学的には、乳児ALLの約80%にKMT2A融合遺伝子を認め(KMT2A-r乳児ALL)、KMT2A-r乳児ALLは極めて予後不良であることが知られている。そこで、KMT2A-r乳児ALLの分子病態を解明し、新規治療標的、予後予測バイオマーカーを同定するために、KMT2A-r乳児ALL 80例の診断時の臨床検体を用いて、RNAシークエンスとDNAメチル化アレイ解析、全エクソームシーケンスおよびターゲットキャプチャーシーケンスを含む多層的オミクス解析を行った。データ解析には遺伝子発現情報とメチル化情報を統合して解析するsimilarity network fusion(SNF)という手法を用いた。SNFは、まずトランスクリプトーム、DNAメチロームという各々のオミクス階層内で患者間の類似性を算出し、それらをメッセージパッシング理論に基づいて反復的に統合していくことで、最終的に1つの患者間類似性行列を出力する。その結果、教師なしクラスタリング解析により、KMT2A-r乳児ALL内に予後の異なる5つのサブタイプを同定した。さらに、全エクソームシーケンス、およびターゲットキャプチャーシーケンスを用いた遺伝子変異解析の結果も統合することで、KMT2A-r乳児ALLの中で、i) IRX転写因子が発現し、ii) 造血細胞としての分化が未熟な発現プロファイルを有し、iii) RAS経路の重複変異を有する、IRXタイプ最未分化型を最も高悪性度のサブタイプとして定義した。本群は、これまでの遺伝子発現解析のみ、DNAメチル化解析のみの研究では同定することができなかった新たなサブタイプであり、今後さらなる精密な治療の層別化に有用となる可能性が示された。
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Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(88 results)
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[Journal Article] Clinical Outcomes of Patients with Osteosarcoma Experiencing Relapse or Progression: A Single-institute Experience2023
Author(s)
Umeda K, Sakamoto A, Noguchi T, Uchihara Y, Kobushi H, Akazawa R, Ogata H, Saida S, Kato I, Hiramatsu H, Uto M, Mizowaki T, Haga H, Date H, Okamoto T, Watanabe K, Adachi S, Toguchida J, Matsuda S, Takita J
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Journal Title
J Pediatr Hematol Oncol
Volume: 45
Pages: e356-e362
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A Scalp Dose Threshold for Preventing Permanent Alopecia in Scalp-Avoidance Whole-Brain Irradiation With Volumetric Modulated Arc Radiation Therapy for Pediatric Patients With Medulloblastomas2023
Author(s)
Torizuka D, Uto M, Umeda K, Kamitori T, Iwai A, Saida S, Kato I, Mineharu Y, Arakawa Y, Takita J, Mizowaki T
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Journal Title
Int J Radiat Oncol Biol Phys
Volume: S0360-3016
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Clinical characteristics and outcomes of B-cell precursor ALL with MEF2D rearrangements: a retrospective study by the Ponte di Legno Childhood ALL Working Group.2023
Author(s)
Ohki K, Butler ER, Kiyokawa N, Hirabayashi S, Bergmann AK, Mテカricke A, Boer JM, Cavテゥ H, Cazzaniga G, Yeoh AEJ, Sanada M, Imamura T, Inaba H, Mullighan CG, Loh ML, Norテゥn-Nystrテカm U, Shih LY, Zaliova M, Pui CH, Haas OA, Harrison CJ, Moorman AV, Manabe A.
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Journal Title
Leukemia.
Volume: 37
Pages: 212-216
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Association of allele-specific methylation of the ASNS gene with asparaginase sensitivity and prognosis in T-ALL2022
Author(s)
Akahane K, Kimura S, Miyake K, Watanabe A, Kagami K, Yoshimura K, Shinohara T, Harama D, Kasai S, Goi K, Kawai T, Hata K, Kiyokawa N, Koh K, Imamura T, Horibe K, Look AT, Minegishi M, Sugita K, Takita J, Inukai T
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Journal Title
Blood Adv
Volume: 6
Pages: 212-224
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Successful right hepatic trisectionectomy following percutaneous transhepatic portal embolization in a pediatric patient with undifferentiated embryonal sarcoma of the liver2022
Author(s)
Kouzuki K, Umeda K, Saida S, Kato I, Hiramatsu H, Okamoto T, Ogawa E, Okajima H, Furuta A, Adachi S, Daifu T, Takita J
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Journal Title
Pediatric Blood & Cancer
Volume: 69
Pages: ツ?e29369
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Intensive Multimodal Therapy Combined With Long-term Temozolomide and Etoposide Treatment for Recurrent Osteosarcoma to the Liver and Stomach2022
Author(s)
Umeda K, Taura K, Kato I, Saida S, Hiramatsu H, Shimizu H, Nakamoto Y, Uto M, Mizowaki T, Sakamoto A, Adachi S, Okamoto T, Takita J
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Journal Title
J Pediatr Hematol Oncol
Volume: 44
Pages: 175-177
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Glucocorticoid receptor gene mutations confer glucocorticoid resistance in B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia2022
Author(s)
Tamai M, Kasai S, Akahane K, Thu TN, Kagami K, Komatsu C, Abe M, Watanabe A, Goi K, Miyake K, Inaba T, Takita J, Goto H, Minegishi M, Iwamoto S, Sugita K, Inukai T
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Journal Title
J Steroid Biochem Mol Biol
Volume: 218
Pages: 106068
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Childhood acute myeloid leukemia with 5q deletion and HNRNPH1-MLLT10 fusion: The first case report.2022
Author(s)
Kudo K, Kubota Y, Toki T, Kanezaki R, Kobayashi A, Sato T, Kamio T, Sasaki S, Shiba N, Tomizawa D, Adachi S, Yoshida K, Ogawa S, Seki M, Takita J, Terui K
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Journal Title
Blood Adv.
Volume: 6
Pages: 6209
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Novel TENM3-ALK fusion is an alternate mechanism for ALK activation in neuroblastoma.2022
Author(s)
Hiwatari M, Seki M, Matsuno R, Yoshida K, Nagasawa T, Sato-Otsubo A, Yamamoto S, Kato M, Watanabe K, Sekiguchi M, Miyano S, Ogawa S, Takita J.
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Journal Title
Oncogene
Volume: 41
Pages: 2789-2797
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Chimeric antigen receptor T-cell therapy for a patient with Philadelphia chromosome-positive acute lymphoblastic leukemia and leukoencephalopathy who relapsed after bone marrow transplantation.2022
Author(s)
Kawabata N, Hiramatsu H, Mikami T, Akazawa R, Tanaka K, Kouzuki K, Kubota H, Saida S, Kato I, Umeda K, Hirate T, Kanda K, Adachi S, Takita J.
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Journal Title
Pediatr Blood Cancer
Volume: 69
Pages: e29734
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] PAX5 alterations in an infant case of KMT2A-rearranged leukemia with lineage switch.2022
Author(s)
Nakajima K, Kubota H, Kato I, Isobe K, Ueno H, Kozuki K, Tanaka K, Kawabata N, Mikami T, Tamefusa K, Nishiuchi R, Saida S, Umeda K, Hiramatsu H, Adachi S, Takita J
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Journal Title
Cancer Sci
Volume: 113
Pages: 2472-2476
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Use of Cabozantinib to Treat MET-amplified Pediatric Colorectal Cancer.2022
Author(s)
Fukui S, Umeda K, Kubota H, Iwai A, Akazawa R, Isobe K, Tanaka K, Kouzuki K, Kawabata N, Saida S, Kato I, Hiramatsu H, Itatani Y, Funakoshi T, Adachi S, Takita J
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Journal Title
J Pediatr Hematol Oncol.
Volume: 145
Pages: e423-e426
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Arginine Methyltransferase PRMT7 Deregulates Expression of RUNX1 Target Genes in T-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia.2022
Author(s)
Oksa L, Mテ、kinen A, Nikkilテ、 A, Hyvテ、rinen N, Laukkanen S, Rokka A, Haapaniemi P, Seki M, Takita J, Kauko O, Heinテ、niemi M, Lohi O
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Journal Title
Cancers (Basel)
Volume: 14
Pages: 2169
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] First phase 1 clinical study of olaparib in pediatric patients with refractory solid tumors.2022
Author(s)
Takagi M, Ogawa C, Iehara T, Aoki-Nogami Y, Ishibashi E, Imai M, Kimura T, Nagata M, Yasuhara M, Masutani M, Yoshimura K, Tomizawa D, Ogawa A, Yonemori K, Morishita A, Miyamoto S, Takita J, Kihara T, Nobori K, Hasebe K, Miya F, Ikeda S, Shioda Y, Matsumoto K, Fujimura J, Mizutani S, Morio T, Hosoi H, Koike R
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Journal Title
Cancer
Volume: 128
Pages: 2949-2957
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Quantitative assessment of copy number alterations by liquid biopsy for neuroblastoma2022
Author(s)
Shirai R, Osumi T, Sato-Otsubo A, Nakabayashi K, Ishiwata K, Yamada Y, Yoshida M, Yoshida K, Shioda Y, Kiyotani C, Terashima K, Tomizawa D, Takasugi N, Takita J, Miyazaki O, Kiyokawa N, Yoneda A, Kanamori Y, Hishiki T, Matsumoto K, Hata K, Yoshioka T, Kato M.
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Journal Title
Genes Chromosomes Cancer
Volume: 61
Pages: 662-669
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Whole-genome sequencing analysis of an atypical teratoid/rhabdoid tumor in a patient with Phelan-McDermid syndrome: a case report and systematic review2022
Author(s)
Yamashita H, Arakawa Y, Terada Y, Takeuchi Y, Mineharu Y, Sumiyoshi S, Tokunaga S, Nakajima K, Kawabata N, Tanaka K, Tanji M, Umeda K, Minamiguchi S, Ogawa S, Haga H, Takita J, Miyamoto S
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Journal Title
Brain Tumor Pathol
Volume: 39
Pages: 232-239
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] The first Japanese biobank of patient-derived pediatric acute lymphoblastic leukemia xenograft models2022
Author(s)
Tanaka K, Kato I, Dobashi Y, Imai JI, Mikami T, Kubota H, Ueno H, Ito M, Ogawa S, Nakahata T, Takita J, Toyoda H, Ogawa C, Adachi S, Watanabe S, Goto H
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Journal Title
Cancer Sci
Volume: 113
Pages: 3814-3825
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] The combination of ruxolitinib and Bcl-2/Mcl-1 inhibitors has a synergistic effect on leukemic cells carrying a SPAG9: JAK2 fusion2022
Author(s)
Mayumi A, Tomii T, Kanayama T, Mikami T, Tanaka K, Ueno H, Yoshida H, Kato I, Kawamura M, Nakahata T, Takita J, Hosoi H, Imamura T
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Journal Title
Cancer Gene Ther
Volume: 29
Pages: 1930-1938
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Multi-omics analysis defines highly refractory RAS burdened immature subgroup of infant acute lymphoblastic leukemia2022
Author(s)
Isobe T, Takagi M, Sato-Otsubo A, Nishimura A, Nagae G, ...Morio T, Eguchi M, Deguchi T, Kiyokawa N, Arakawa Y, Koh K, Aoki Y, Ishihara T, Tomizawa D, Miyamura T, Ishii E, Mizutani S, Wilson NK, Gテカttgens B, Miyano S, Kitamura T, Goyama S, Yokoyama A, Aburatani H, Ogawa S, Takita J
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Journal Title
Nat Commun
Volume: 13
Pages: 4501
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification of the ultrahigh-risk subgroup in neuroblastoma cases through DNA methylation analysis and its treatment exploiting cancer metabolism2022
Author(s)
Watanabe K, Kimura S, Seki M, Isobe T, Kubota Y, Sekiguchi M, Sato-Otsubo A, Hiwatari M, Kato M, Oka A, Koh K, Sato Y, Tanaka H, Miyano S, Kawai T, Hata K, Ueno H, Nannya Y, Suzuki H, Yoshida K, Fujii Y, Nagae G, Aburatani H, Ogawa S, Takita J
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Journal Title
Oncogene
Volume: 41
Pages: 4994-5007
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Reduced-intensity conditioning is effective for allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in infants with MECOM-associated syndrome2022
Author(s)
Irie M, Niihori T, Nakano T, Suzuki T, Katayama S, Moriya K, Niizuma H, Suzuki N, Saito-Nanjo Y, Onuma M, Rikiishi T, Sato A, Hangai M, Hiwatari M, Ikeda J, Tanoshima R, Shiba N, Yuza Y, Yamamoto N, Hashii Y, Kato M, Takita J, Maeda M, Aoki Y, Imaizumi M, Sasahara Y
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Journal Title
Int J Hematol
Volume: 117
Pages: 598-606
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] RUNX1-Survivin Axis Is a Novel Therapeutic Target for Malignant Rhabdoid Tumors2022
Author(s)
Mikami M, Masuda T, Kanatani T, Noura M, Umeda K, Hiramatsu H, Kubota H, Daifu T, Iwai A, Hattori EY, Furuichi K, Takasaki S, Tanaka S, Matsui Y, Matsuo H, Hirata M, Kataoka TR, Nakahata T, Kuwahara Y, Iehara T, Hosoi H, Imai Y,ツ?Takita J, Sugiyama H, Adachi S, Kamikubo Y
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Journal Title
Mol Cells
Volume: 45
Pages: 886-895
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Second relapse of FLT3-ITD-positive acute myeloid leukemia after discontinuation of 3-year post-transplant maintenance therapy with gilteritinib2022
Author(s)
Tasaka K, Kato I, Takeshita S, Yoshioka Y, Usami A, Uchihara Y, Akazawa R, Kamitori T, Saida S, Umeda K, Hiramatsu H, Adachi S,ツ?Takita J
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Journal Title
Pediatr Blood Cancer
Volume: 70
Pages: e30185
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Functional inhibition of MEF2 by C/EBP is a possible mechanism of leukemia development by CEBP-IGH fusion gene.2022
Author(s)
1. Odaira K, Yasuda T, Okada K, Shimooka T, Kojima Y, Noura M, Tamura S, Kurahashi S, Iwamoto E, Sanada M, Matsumura I, Miyazaki Y, Kojima T, Kiyoi H, Tsuzuki S, Hayakawa F.
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 114
Pages: 781-792
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Germline DDX41 mutations define a unique subtype of myeloid neoplasms.2022
Author(s)
Makishima H, Saiki R, Nannya Y, Korotev SC, , Yoshizato T, Atsuta Y, Shiozawa Y, Iijima-Yamashita Y, Yoshida K, Shiraishi Y, Nagata Y, Kakiuchi N, Onizuka M, Chiba K, Tanaka H, Yoda A, Itonaga H, Miyazaki Y, Sanada M, Kulasekararaj AG, Godley LA, Maciejewski JP, Ogawa S.
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Journal Title
Blood.
Volume: 141
Pages: 534-549
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Exp Hematol.2022
Author(s)
5. Kato H, Maezawa Y, Nishijima D, Iwamoto E, Takeda J, Kanamori T, Yamaga M, Mishina T, Takeda Y, Izumi S, Hino Y, Nishi H, Ishiko J, Takeuchi M, Kaneko H, Koshizaka M, Mimura N, Kuzuya M, Sakaida E, Takemoto M, Shiraishi Y, Miyano S, Ogawa S, Iwama A, Sanada M, Yokote K.
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Journal Title
Exp Hematol.
Volume: 109
Pages: 11-17
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] The first Japanese biobank of patient-derived pediatric acute lymphoblastic leukemia xenograft models.2022
Author(s)
Tanaka K, Kato I, Dobashi Y, Imai JI, Mikami T, Kubota H, Ueno H, Ito M, Ogawa S, Nakahata T, Takita J, Toyoda H, Ogawa C, Adachi S, Watanabe S, Goto H.
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 113
Pages: 3814-3825
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] 造血細胞移植後3年間のギルテリチニブ維持療法中断時に再々発したFLT3-ITD陽性再発AMLの一例2023
Author(s)
田坂 佳資, 加藤 格, 竹下 峻希, 吉岡 由布, 宇佐美 亜由子, 内原 嘉仁, 赤澤 嶺, 神鳥 達哉, 才田 聡, 梅田 雄嗣, 平松 英文, 足立 壯一, 滝田 順子
Organizer
第45回日本造血・免疫細胞療法学会総会
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[Presentation] 共通の細胞起源から生じた,FGFR1変異/増幅を有する神経芽腫/褐色細胞腫の複合腫瘍(FGFR1 mutation and amplification in common cellular origin in a composite tumor with neuroblastoma and pheochromocytoma)(英語)2022
Author(s)
田坂佳資, 上野浩生, 山崎夏維, 奥野高裕, 磯部知弥, 木村俊介, 梅田雄嗣, 原純一, 小川誠司, 滝田順子
Organizer
第125回日本小児科学会学術集会
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[Presentation] 骨髄破壊的前処置を用いた臍帯血移植後に自己造血回復を伴う二次性生着不全を認めた小児ALLの1例(Secondary graft failure of autologous recovery following unrelated CBT with MAC)2022
Author(s)
内原嘉仁, 加藤格, 大植啓史, 幸伏寛和, 緒方瑛人, 才田聡, 花木良, 梅田雄嗣, 岩本彰太郎, 平松英文, 足立壮一, 滝田順子
Organizer
第44回日本造血・免疫細胞療法学会総会
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[Presentation] 巨頭症をきっかけに遺伝子診断を実施した卵巣原発未熟奇形腫の1女児例2022
Author(s)
上月 景弘, 梅田 雄嗣, 才田 聡, 加藤 格, 平松 英文, 園田 真理, 岡本 竜弥, 小川 絵里, 川崎 秀徳, 岸田 憲二, 滝田 順子
Organizer
第447回日本小児科学会京都地方会
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[Presentation] マスサイトメトリーを用いた小児再発性B前駆細胞性急性リンパ性白血病の初発・再発骨髄の腫瘍免疫環境解析2022
Author(s)
三上貴司、加藤 格, Wing James B, 上野 浩生,才田 聡, 梅田 雄嗣, 平松 英文, 樋渡 光輝, 荒川ゆうき, 大嶋 宏一, 康 勝好, 足立 壯一,祝迫 惠子, 小川 誠司, 坂口 志文, 滝田 順子
Organizer
第81回日本癌学会学術集会
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[Presentation] EBV関連NKリンパ増殖性におけるマルチオミクス解析により異常なDNAメチル化を伴う予後不良群が示唆された2022
Author(s)
赤澤 嶺, 加藤 格, 山田 全毅, 三上 貴司, 上野 浩生, 才田 聡, 梅田 雄嗣, 平松 英文, 佐藤 真穂, 澤田 明久, 井上 雅美, 今留 謙一, 滝田 順子
Organizer
第81回日本癌学会学術集会
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[Presentation] 最未分化型急性骨髄性白血病および急性未分化型白血病の分子遺伝学的特徴に関する検討2022
Author(s)
神鳥 達哉, 才田 聡, 上野 浩生, 加藤 格, 梅田 雄嗣, 平松 英文, 垣内 伸之, 齋藤 明子, 足立 壯一, 富澤 大輔, 柴 徳生, 林泰秀, 小川 誠司, 滝田 順子
Organizer
第81回日本癌学会学術集会
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[Presentation] 肝未分化胎児性肉腫と肝間葉系過誤腫の統合的遺伝学的検討2022
Author(s)
田坂 佳資, 梅田 雄嗣, 上野 浩生, 神鳥 達哉, 緒方 瑛人, 才田 聡, 山田 洋介, 垣内 伸之、田中 祐吉, 大喜多 肇, 義岡 孝子, 瀧本 哲也, 檜山 英三, 小川 誠司, 滝田 順子
Organizer
第81回日本癌学会学術集会
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[Presentation] SPI1 高発現を示す T 細胞性急性リンパ性白血病の分子遺伝学的基盤について2022
Author(s)
磯部 清孝, 加藤 格, 上野 浩生, 関 正史, 木村 俊介, 磯部 知弥, 垣内 伸之, 大木 健太郎,清河 信敬, 後藤 裕明、渡辺 新, 佐藤 篤, 康 勝好, 小川 誠司, 滝田 順子
Organizer
第81回日本癌学会学術集会
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[Presentation] 神経芽腫における新規 TENM 3-ALK 融合遺伝子の解析2022
Author(s)
樋渡 光輝, 関 正史, 松野 良介, 吉田 健一, 長澤 武, 佐藤 亜以子, 山本 将平, 加藤 元博, 渡邉 健太郎, 関口 昌央, 宮野 悟, 小川 誠司, 滝田 順子
Organizer
第81回日本癌学会学術集会
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[Presentation] 正常およびがん組織におけるクローン進化乳管上皮細胞から乳癌へ至るクローン進化2022
Author(s)
西村 友美, 垣内 伸之, 吉田 健一, 桜井 孝規, 片岡 竜貴, 澤田 守男, 竹内 康英, 前田 紘奈, 馬場 郷子, 滝田 順子, 宮野 悟,万代 昌紀, 竹内 賢吾, 羽賀 博典, 戸井 雅和, 小川 誠司
Organizer
第81回日本癌学会学術集会
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