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2022 Fiscal Year Annual Research Report

余剰コアを活用する高性能計算・データ解析支援

Research Project

Project/Area Number 20H00580
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

塙 敏博  東京大学, 情報基盤センター, 教授 (30308283)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 下川辺 隆史  東京大学, 情報基盤センター, 准教授 (40636049)
星野 哲也  名古屋大学, 情報基盤センター, 准教授 (40775946)
三木 洋平  東京大学, 情報基盤センター, 助教 (70734375)
伊田 明弘  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 付加価値情報創生部門(地球情報科学技術センター), 主任研究員 (80742121)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords高性能計算 / メニーコアプロセッサ / 余剰コア / OpenMP / MPI / GPU / 非同期IO
Outline of Annual Research Achievements

①余剰コアを用いたIn-situ解析として、銀河衝突シミュレーションにおける主計算(重力多体シミュレーションを用いた時間進化の計算)と副計算(数値的に得られた構造と実際に観測されている構造とを比較する解析処理)内の2つの処理を全てオーバラップする機能を実現した。OpenMPのtask指示文を用いることで、プログラムの構造を大きく変えずに、オーバラップ処理と同時に各実行領域で最適なコア割り当てを実現できることを示した。
②分散メモリ計算環境向けにMPI+OpenMP並列化されたアプリケーションに対して、動的な負荷不均衡解消手法の開発を行った。2021年度までに、MPIプロセス毎のコア割当数を制御し、ノード内負荷不均衡を緩和する手法を提案した他、ノード間負荷不均衡の問題を量子アニーリングマシンを用いて解く試みを実施した。2022年度は、エネルギー削減を優先するポリシーについて実現した。さらにジョブ全体の性能を犠牲にすることなく、電力を削減する手法を提案した。
③複数GPUによるステンシル計算では、GPU間の通信がアプリケーション性能低下につながる。本年度は、GPU計算中にCPUの余剰コアを用いてGPU間通信を行う通信隠蔽手法を引き続き検討した。計算領域の分割方法を変えながら、性能向上に対する通信隠蔽手法の有効性について検証を行った。
④冗長な計算を必要とするOverlapped型のテンポラルブロッキングに加え、冗長な計算を必要としないtrapezoid型、及び両者のハイブリッドのテンポラルブロッキングを3次元の拡散方程式に実装し、最新のプロセッサにおいて評価を継続した。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (23 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (15 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results)

  • [Journal Article] Algebraic Partition Construction Method for Hierarchical Matrices2024

    • Author(s)
      Ida Akihiro
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Magnetics

      Volume: 60 Pages: 1~4

    • DOI

      10.1109/TMAG.2023.3305333

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optimize Efficiency of Utilizing Systems by Dynamic Core Binding2024

    • Author(s)
      Kawai Masatoshi、Ida Akihiro、Hanawa Toshihiro、Hoshino Tetsuya
    • Journal Title

      Proceedings of the International Conference on High Performance Computing in Asia-Pacific Region Workshops

      Volume: - Pages: 77~82

    • DOI

      10.1145/3636480.3637221

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pipelined task control using OpenMP2024

    • Author(s)
      Tianya Wu, Toshihro Hanawa
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告(ハイパフォーマンスコンピューティング)

      Volume: 2024-HPC-193 (29) Pages: 1~7

  • [Journal Article] Decoupling of Simulation on Heterogeneous Clusters Using WaitIO2024

    • Author(s)
      Wenrui Mai, Toshihiro Hanawa
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告(ハイパフォーマンスコンピューティング)

      Volume: 2024-HPC-193 (23) Pages: 1~6

  • [Journal Article] NVIDIA H100 PCIeおよびAMD MI210におけるN体計算コードの性能評価2023

    • Author(s)
      三木 洋平, 塙 敏博
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告(ハイパフォーマンスコンピューティング)

      Volume: 2023-HPC-190 (28) Pages: 1~13

  • [Journal Article] Dynamic Core Binding for Load Balancing of Applications Parallelized with MPI/OpenMP2023

    • Author(s)
      Kawai Masatoshi、Ida Akihiro、Hanawa Toshihiro、Nakajima Kengo
    • Journal Title

      Proc. of Intl. Conf. on Computational Sci. 2023

      Volume: - Pages: 378~394

    • DOI

      10.1007/978-3-031-36024-4_30

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 複数GPUでの埋め込み境界-格子ボルツマン法の計算の最適化と性能モデルの構築2023

    • Author(s)
      畠山 昂, 下川辺 隆史
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告(ハイパフォーマンスコンピューティング)

      Volume: 2023-HPC-188 (17) Pages: 1~8

  • [Journal Article] oneAPIを用いた様々なデバイス上でのステンシル計算の実装2023

    • Author(s)
      佐久間 大我、下川辺 隆史、大森 拓郎
    • Journal Title

      第28回計算工学講演会

      Volume: 28 Pages: 716~718

  • [Journal Article] Accelerating lattice Boltzmann method simulation with GPU computation using C++ standard language parallelism2023

    • Author(s)
      Ziheng Yuan, Takashi Shimokawabe
    • Journal Title

      第28回計算工学講演会

      Volume: 28 Pages: 725~729

  • [Journal Article] Solving Block Low-Rank Matrix Eigenvalue Problems2022

    • Author(s)
      Ida Akihiro
    • Journal Title

      Journal of Information Processing

      Volume: 30 Pages: 538~551

    • DOI

      10.2197/ipsjjip.30.538

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 対称ブロック低ランク行列の固有値問題解法2022

    • Author(s)
      伊田 明弘
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告(ハイパフォーマンスコンピューティング)

      Volume: 2022-HPC-185 () Pages: 1~8

  • [Journal Article] 複数GPUを用いる際の埋め込み境界-格子ボルツマン法の性能向上2022

    • Author(s)
      畠山 昂, 下川辺 隆史
    • Journal Title

      第27回計算工学講演会論文集

      Volume: 27 Pages: 975~980

  • [Journal Article] OpenMP Offloadingを用いたGPUでの格子ボルツマン法実行における性能評価2022

    • Author(s)
      大森 拓郎, 下川辺 隆史, 朝比 祐一
    • Journal Title

      第27回計算工学講演会論文集

      Volume: 27 Pages: 981~986

  • [Journal Article] Large-scale earthquake sequence simulations on 3-D non-planar faults using the boundary element method accelerated by lattice H-matrices2022

    • Author(s)
      Ozawa So、Ida Akihiro、Hoshino Tetsuya、Ando Ryosuke
    • Journal Title

      Geophysical Journal International

      Volume: 232 Pages: 1471~1481

    • DOI

      10.1093/gji/ggac386

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optimizations of H-matrix-vector Multiplication for Modern Multi-core Processors2022

    • Author(s)
      Hoshino Tetsuya、Ida Akihiro、Hanawa Toshihiro
    • Journal Title

      Proc. on 2022 IEEE International Conference on Cluster Computing (CLUSTER)

      Volume: - Pages: 462~472

    • DOI

      10.1109/CLUSTER51413.2022.00056

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Accelerating Lattice Boltzmann method with C++ standard language parallel algorithm2024

    • Author(s)
      Ziheng Yuan and Takashi Shimokawabe
    • Organizer
      International Conference on High Performance Computing in Asia-Pacific Region (HPCAsia) 2024 (poster)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] N体シミュレーションコードのGPU実装 --これまでとこれから--2023

    • Author(s)
      三木 洋平
    • Organizer
      シミュレーション天文学のこれまでとこれから -ハードウェア・アプリケーション・サイエンス-
  • [Presentation] Accelerating lattice Boltzmann method with GPU and C++ standard parallelization2023

    • Author(s)
      Ziheng Yuan, Takashi Shimokawabe
    • Organizer
      10th International Congress on Industrial and Applied Mathematics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Optimizations of H-matrix-vector Multiplication for Modern Multi-core Processors2023

    • Author(s)
      Tetsuya Hoshino, Akihiro Ida, Toshihiro Hanawa
    • Organizer
      10th International Congress on Industrial and Applied Mathematics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Optimizations of H-matrix-vector Multiplication for Modern Multi-core Processors2023

    • Author(s)
      Tetsuya Hoshino, Akihiro Ida, Toshihiro Hanawa
    • Organizer
      Japan Geoscience Union Meeting 2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] AMD製GPU・NVIDIA製GPU両対応direct N-body codeの実装と性能評価2022

    • Author(s)
      三木 洋平, 塙 敏博, 河合 直聡, 星野 哲也
    • Organizer
      日本天文学会 2022年秋季年会
  • [Presentation] Performance Optimization Of Lattice Boltzmann Method On A64FX2022

    • Author(s)
      Takuro Omori, Takashi Shimokawabe
    • Organizer
      15th World Congress on Computational Mechanics & 8th Asian Pacific Congress on Computational Mechanics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Performance improvement of immersed boundary-lattice Boltzmann method on multiple GPUs2022

    • Author(s)
      Akira Hatakeyama, Takashi Shimokawabe
    • Organizer
      15th World Congress on Computational Mechanics & 8th Asian Pacific Congress on Computational Mechanics
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2024-12-25  

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