Elucidation of the selection mechanism of transcription termination and polyadenylation sites by using novel proteomic approach

2022 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 20H03182
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 43010:Molecular biology-related
• Research Institution: Tokyo Institute of Technology
• Principal Investigator: Yamaguchi Yuki 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (50345360)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: RNAポリメラーゼII / 転写伸長 / 選択的RNAプロセシング / 核内構造

Outline of Final Research Achievements

The purpose of this study was to elucidate the selection mechanism of transcription termination and 3' processing sites from the viewpoints of both "reaction field (structure)" and "function." For the former, we analyzed the structural aspect using our proximity-dependent biotinylation method using antibodies. For the latter, we analyzed the effects of knockdown of candidate factors and 1,6-hexanediol treatment on alternative polyadenylation by RNA-seq. These results revealed that transcription and RNA processing factors such as NELF, CBC, and CF-Im cooperate with Cajal Body components to regulate alternative polyadenylation in many genes.

Free Research Field

分子生物学、生化学、ケミカルバイオロジー

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

選択的ポリ(A)付加は、初期発生やB細胞の成熟分化、に関わるほか、その異常はグリオーマ等の疾患にも深く関与しており、選択的スプライシングや選択的プロモーターの使用と並んで、多様で複雑なトランスクリプトームの形成に重要な役割を果たしていることが分かってきている。本研究成果は、こうした多様で複雑なトランスクリプトームの形成機構、特に核内構造との関わりの理解を深めるのみならず、今後、転写・RNAプロセシング因子の遺伝子変異と疾患との関連の解明にも資するものである。