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2021 Fiscal Year Annual Research Report

脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンの構造基盤と動的挙動の解明

Research Project

Project/Area Number 20H03197
Research InstitutionUniversity of Shizuoka

Principal Investigator

原 幸大  静岡県立大学, 薬学部, 准教授 (80729343)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 橋本 博  静岡県立大学, 薬学部, 教授 (40336590)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
KeywordsX線結晶構造解析 / 染色体凝縮 / コンデンシン
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンのnon-SMCサブユニットの結晶構造を高分解能で決定すると共に、ヌクレオソームやSMCサブユニットとの複合体を再構成し、SAXS、Cryo-EMにより動的挙動を解析することを目標とする。また、染色体の再構成系を用いた構造機能相関解析を通して、菌類のモデルでは説明できない脊椎動物特有の染色体凝縮の作用機序を原子レベルで明らかにすることにある。染色体凝縮の機能不全はがんや小頭症を引き起こすことから、その分子メカニズムを理解することで抗がん剤創薬が期待できる。
本年度は、コンデンシンIIのnon-SMCサブユニットの一つであるCAP-G2-H2、コンデンシンIのnon-SMCサブユニットであるCAP-G-H、及びDNAとの複合体の結晶化条件の探索を重点的に行っており、微結晶が得られているが構造解析に適した結晶は得られていない。今後、結晶構造解析に加えて、Cryo-EM測定と単粒子解析のための準備を進める。また、コンデンシンI・IIの他のnon-SMCサブユニットであるCAP-D3-H2に関してはヒトホモログに加えて複数の脊椎動物ホモログを用いて組換えタンパク質発現系の構築を進めている。CAP-D2-Hに関しては、組換えタンパク質の精製純度を改良するために、HisタグからGSTタグにアフィニティータグを変更した組換えタンパク質発現系の構築を中心に進めた。コンデンシンホロコンプレックスやヌクレオソームとの複合体の再構成系の構築も進めたいが、non-SMCサブユニットの調製と構造解析が当初計画よりもやや遅れているため、今後はnon-SMCサブユニットの構造解析にさらに重点を置く。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

昨年度までに、CAP-D3-H2を除く全てのコンデンシンI・IIのnon-SMCサブユニットの調製方法を確立したものの、結晶構造解析に成功したのはCAP-G-Hのみであるため。今後、Cryo-EMによる構造解析も視野に入れて研究を進める。

Strategy for Future Research Activity

コンデンシンIIのnon-SMCサブユニットであるCAP-G2-H2の構造解析、及びCAP-D3-H2の試料調製に重点を置く。
コンデンシンIのnon-SMCサブユニットであるCAP-D2-Hの組換えタンパク質の純度を向上させるために、HisタグからGSTタグにアフィニティータグを変更した発現系を再構築した。グルタチオンセファロース樹脂を利用した精製を組み込むことで組換えタンパク質の純度の向上を目指す。もう一つのnon-SMCサブユニットであるCAP-G-Hについては、引き続き2本鎖DNAとの複合体の結晶化条件の探索を行う。

  • Research Products

    (17 results)

All 2022 2021

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Development of a DNA aptamer that binds to the complementarity-determining region of therapeutic monoclonal antibody and affinity improvement induced by pH-change for sensitive detection2022

    • Author(s)
      Saito Taro、Shimizu Yutaka、Tsukakoshi Kaori、Abe Koichi、Lee Jinhee、Ueno Kinuko、Asano Ryutaro、Jones Brian V.、Yamada Tomohiro、Nakano Tatsuki、Tong Jiaxing、Hishiki Asami、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Sode Koji、Toyo’oka Toshimasa、Todoroki Kenichiro、Ikebukuro Kazunori
    • Journal Title

      Biosensors and Bioelectronics

      Volume: 203 Pages: 114027~114027

    • DOI

      10.1016/j.bios.2022.114027

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for peptide recognition by archaeal oligopeptide permease A2022

    • Author(s)
      Yokoyama Hideshi、Kamei Nanami、Konishi Keijiro、Hara Kodai、Ishikawa Yoshinobu、Matsui Ikuo、Forterre Patrick、Hashimoto Hiroshi
    • Journal Title

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1002/prot.26324

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preparation, crystallization, and X-ray data collection of archaeal oligopeptide permease A2021

    • Author(s)
      Yokoyama Hideshi、Kamei Nanami、Konishi Keijiro、Hara Kodai、Ishikawa Yoshinobu、Matsui Ikuo、Forterre Patrick、Hashimoto Hiroshi
    • Journal Title

      Crystallography Reports

      Volume: 66 Pages: 1300~1305

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] シミ・そばかすの原因タンパク質のX線結晶構造解析2021

    • Author(s)
      原幸大
    • Organizer
      東京農業大学大学院講義
    • Invited
  • [Presentation] Structural basis for genome modality of DNA mismatch repair2021

    • Author(s)
      Kodai Hara
    • Organizer
      Genome modality Understanding physical properties of the genome
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Crystallization of condensin II subcomplex CAP-G2-H2 and DNA complex2021

    • Author(s)
      So Yajima
    • Organizer
      The 26th Shizuoka forum on health and longevity
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] GATA4 dimerization may be a target for heart failure therapy2021

    • Author(s)
      Satoshi Shimizu
    • Organizer
      Basic Cardiovascular Sciences Scientific Sessions 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] GATA4 dimerization is important for transcriptional regulation and may be a target for heart failure therapy.2021

    • Author(s)
      Satoshi Shimizu
    • Organizer
      The 5th JCS Council Forum on Basic Cardio Vascular Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ディフィシル菌由来スライディングクランプの結晶学的研究2021

    • Author(s)
      岡﨑菫
    • Organizer
      令和3年(2021)度 日本結晶学会年会
  • [Presentation] 転写因子STAT3の脱リン酸化を阻害するTRIM59の調製と結晶化2021

    • Author(s)
      松浦咲季
    • Organizer
      第85回日本生化学会中部支部例会
  • [Presentation] Cladobotryum属真菌が生産するFR901483に対する自己耐性機構の解明2021

    • Author(s)
      中原実玖
    • Organizer
      第23回天然薬物の開発と応用シンポジウム
  • [Presentation] FR901483産生菌における自己耐性機構の解明2021

    • Author(s)
      中原実玖
    • Organizer
      日本生薬学会第67回年会
  • [Presentation] コンデンシンIサブコンプレックスとDNAの複合体の結晶化2021

    • Author(s)
      矢島聡
    • Organizer
      日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部 合同学術大会2021
  • [Presentation] 脊椎動物特有の染色体凝縮の解明に向けたコンデンシンII制御サブユニットとDNAの複合体の調製と結晶化2021

    • Author(s)
      矢島聡
    • Organizer
      PPF2020/2021 第18回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
  • [Presentation] DNA損傷チェックポイントに関わる9-1-1とFEN1の複合体の構造解析に向けた調製2021

    • Author(s)
      永田季穂
    • Organizer
      第67回 日本薬学会東海支部総会・大会
  • [Presentation] 染色体凝縮を担うコンデンシンIIの制御サブユニットの結晶化に向けた調製2021

    • Author(s)
      矢島聡
    • Organizer
      第67回 日本薬学会東海支部総会・大会
  • [Presentation] 転写因子STAT3の脱リン酸化を阻害するTRIM59の調製と結晶化2021

    • Author(s)
      松浦咲季
    • Organizer
      第67回 日本薬学会東海支部総会・大会

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Published: 2022-12-28  

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