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2023 Fiscal Year Annual Research Report

脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンの構造基盤と動的挙動の解明

Research Project

Project/Area Number 20H03197
Research InstitutionUniversity of Shizuoka

Principal Investigator

原 幸大  静岡県立大学, 薬学部, 准教授 (80729343)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 橋本 博  静岡県立大学, 薬学部, 教授 (40336590)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
KeywordsX線結晶構造解析 / 染色体凝縮 / コンデンシン
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンのnon-SMCサブユニットの結晶構造を高分解能で決定すると共に、ヌクレオソームやSMCサブユニットとの複合体を再構成し、動的挙動を解析することを目標とする。また染色体の再構成系を用いた構造機能相関解析を通じて、菌類のモデルでは説明できない脊椎動物特有の染色体凝縮の作用機序を明らかにすることにある。染色体凝縮の機能不全はがんや小頭症の一因となることから、その分子メカニズムを理解することで抗がん剤創薬が期待できる。
本年度は昨年度に引き続き、構造解析が難航しているコンデンシンI・IIのnon-SMCサブユニット(CAP-G-H、CAP-D2-H、CAP-G2-H2、CAP-D3-H2)の構造解析に重点を置き、研究を進めた。具体的には、(1)CAP-G2-H2のクライオEM測定、(2)CAP-G-HとDNAの複合体の結晶化条件の探索と最適化を行った。(1)はこれまで氷包埋する際、タンパク質が凝集を起こしてしまったが、グリッドの調製方法を変更することで単粒子の観測に成功した。今後、高分解での構造解析を目指し、組換えタンパク質の調製と測定条件を引き続き検討していく。(2)はこれまで良質な結晶を得ることができなかったが、以前、研究代表者らのグループにより構造決定したCAP-G-Hの構造情報を基に、電子密度が確認できない領域を欠損させることで、結晶成長を促進することができないか検討した。その結果、再現性の高い結晶を得ることができた。今後、放射光施設Photon Factoryにて、X線回折実験と強度データ収集を行う。(3)CAP-D2-H、CAP-D3-H2については、Alpha Fold2の予測構造を参考に、組換えタンパク質の調製や結晶化を妨げる領域を特定し、高分解能での構造解析を目指す。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2024 2023

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (9 results)

  • [Journal Article] Structural basis for intra- and intermolecular interactions on RAD9 subunit of 9-1-1 checkpoint clamp implies functional 9-1-1 regulation by RHINO2024

    • Author(s)
      Hara Kodai、Tatsukawa Kensuke、Nagata Kiho、Iida Nao、Hishiki Asami、Ohashi Eiji、Hashimoto Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 300 Pages: 105751~105751

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2024.105751

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Uncommon Arrangement of Self-resistance Allows Biosynthesis of de novo Purine Biosynthesis Inhibitor that Acts as an Immunosuppressor2023

    • Author(s)
      Sato Michio、Sakano Sakurako、Nakahara Miku、Tamura Yui、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Tang Yi、Watanabe Kenji
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 145 Pages: 26883~26889

    • DOI

      10.1021/jacs.3c09600

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The 9-1-1 DNA clamp subunit RAD1 forms specific interactions with clamp loader RAD17, revealing functional implications for binding-protein RHINO2023

    • Author(s)
      Hara Kodai、Hishiki Asami、Hoshino Takako、Nagata Kiho、Iida Nao、Sawada Yukimasa、Ohashi Eiji、Hashimoto Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 103061~103061

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.103061

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Tyroshine phenol-lyase阻害剤3,5-dihydroxybenzoic acid経口摂取はマウス糞便フェノール量を減少させる2024

    • Author(s)
      小林琢磨
    • Organizer
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [Presentation] チェックポイントクランプのRAD1サブユニットを介したクランプローダーとの相互作用の構造生物学的解明2023

    • Author(s)
      原幸大
    • Organizer
      第27回DNA複製・組換え・修復ワークショップ
  • [Presentation] DNA損傷チェックポイントを制御する9-1-1の分子内相互作用と活性化因子RHINOとの相互作用解析2023

    • Author(s)
      松林志歩
    • Organizer
      日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部合同学術大会2023
  • [Presentation] 染色体構築に必須のコヒーシン制御サブユニットの調製と結晶化2023

    • Author(s)
      高橋柚子
    • Organizer
      日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部合同学術大会2023
  • [Presentation] テンプレートスイッチを促進するSHPRHのペプチドとPCNAの結晶学的研究2023

    • Author(s)
      長谷川椋司
    • Organizer
      日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部合同学術大会2023
  • [Presentation] Clostridioides difficile由来スライディングクランプとDNAポリメラーゼとの相互作用に関する構造基盤2023

    • Author(s)
      菱木麻美
    • Organizer
      令和5年 (2023年) 度日本結晶学会年会
  • [Presentation] Clostridioides difficile由来DnaNとDNA合成酵素の相互作用解析2023

    • Author(s)
      岡﨑菫
    • Organizer
      PPF2023 第20回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
  • [Presentation] 損傷乗り越えDNA合成に関わるREV1のPIP-box配列の同定とPCNAとの相互作用2023

    • Author(s)
      星野尚也
    • Organizer
      PPF2023 第20回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
  • [Presentation] チェックポイントクランプ9-1-1のRAD1サブユニットとクランプローダーのRAD17サブユニットとの相互作用に関する構造生物学的研究2023

    • Author(s)
      橋本博
    • Organizer
      第87回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム

URL: 

Published: 2024-12-25  

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