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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Regulatory mechanism of biological phase separation

Research Project

Project/Area Number 20H03199
Research InstitutionNara Medical University

Principal Investigator

森 英一朗  奈良県立医科大学, 医学部, 准教授 (70803659)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 吉澤 拓也  立命館大学, 生命科学部, 講師 (50779056)
齋尾 智英  徳島大学, 先端酵素学研究所, 教授 (80740802)
菊池 壮太郎  奈良県立医科大学, 医学部, 助教 (90866386)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords天然変性タンパク質 / 生物学的相分離 / 液-液相分離 / LLPS / 低複雑性配列 / LCドメイン / 中間径フィラメント / cross-β polymer
Outline of Annual Research Achievements

心筋症は、心臓の壁を構成する筋肉の構造と機能が障害される進行性の疾患であり、その多くは原因が不明である。一部の遺伝性心筋症の患者の中に、中間径フィラメントの一種であるDesmin遺伝子に異常を有する場合がある。Desminは、筋原線維の構造形成において重要な中間径フィラメントの蛋白質の 1 種である。また、Desminのみならず、神経特異的に発現している中間径フィラメントであるNeurofilamentsの遺伝子異常からCharcot-Marie-Tooth病やParkinson病等を引き起こすことからも、中間径フィラメントの総合的な理解が必要である。中間径フィラメントは、3つのドメイン(Head、Rod、Tail)に分類される。中央に位置するRodドメインはαヘリックス構造を有し、HeadドメインとTailドメインはLC(low-complexity;低複雑性)配列である。Desmin遺伝子異常では、構造を持つRodドメインのみならず、LC配列であるHeadドメインやTailドメインでも遺伝子変異の報告がある。よって、DesminのHeadドメインの構造解析を行うことで、Desmin変異による心筋症・ミオパチーの病態発症機序の分子構造レベルでの理解につながることが期待される。2種のタンパク質を結合させるインテイン反応の技術を中間径フィラメントに適応し、Headドメインのみを部分標識した上で固体NMR(solid state nuclear magnetic resonance:固体核磁気共鳴)法を用いてHeadドメインの構造解明を行った。結果、中間径フィラメントのHeadドメインがcross-βポリマーを形成していることが明らかとなった(PNAS 2021)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究課題により、以下の論文(10報)を発表した。
1) Iwasa N, et al. Front Cell Neurosci, in press. 2) Zhou X, et al. Proc Natl Acad Sci U S A 2021; 118(8): e2022121118. 3) Matsubayashi M, et al. FASEB J 2021; 35(1): e21262. 4) Shiota T, et al. bioRxiv 2020. doi: 10.1101/2020.10.14.338566 (preprint) 5) Kinugawa K, et al. bioRxiv 2020. doi: 10.1101/2020.09.02.279380 (preprint) 6) Ozawa S, et al. J Biol Chem 2020; 295(47): 16002-16012. 7) Smits LM, et al. Cell Tissue Res 2020; 382(3): 463-476. 8) Ito SS, et al. J Biol Chem 2020; 295(37): 12946-12961. 9) Okamura K, et al. Sci Rep 2020; 10(1): 11748. 10) Eura N, et al. Front Neurosci 2020; 14: 538.

Strategy for Future Research Activity

細胞の中では、タンパク質を含む多くの分子が非常に濃度の高い夾雑環境に存在している。このような条件を試験管内で再現し、その条件での分子の挙動を計測し、相分離制御の機序を明らかにする。具体的には、LCドメインによるcross-βポリマーの形成を、ヒドロゲル結合法や液滴形成による濁度計測法に加え、等温滴定型熱量測定法(ITC)、高速原子間力顕微鏡(HS-AFM)、分析用超遠心法(AUC)、核磁気共鳴法(NMR:固体・溶液)、X線小角散乱法(SAXS)、中性子小角散乱法(SANS)等に、適切な同位体ラベル法やインテイン反応、分子動態計算法(MD)を組合せて分子動態の解析に取り組む。また、相分離抑制シャペロンや相分離破綻ペプチドを組合せることで、制御と破綻の関連性についても検討を進める。また、毒性ポリペプチドによるオートファジーの誘導が非常に速いことが明らかになり、既知の経路との比較を行うことで、相分離を介したオートファジー制御の機序を解明に取り組む。

  • Research Products

    (27 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 8 results) Presentation (13 results) (of which Invited: 5 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] UT Southwestern Medical Center/Houston University/University of California San Diego(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      UT Southwestern Medical Center/Houston University/University of California San Diego
    • # of Other Institutions
      2
  • [Int'l Joint Research] University of Luxembourg(ルクセンブルク)

    • Country Name
      LUXEMBOURG
    • Counterpart Institution
      University of Luxembourg
  • [Journal Article] Gene expression profiles of human cerebral organoids identify PPAR pathway and PKM2 as key markers for oxygen-glucose deprivation and reoxygenation.2021

    • Author(s)
      Naoki Iwasa, et al.
    • Journal Title

      Frontiers in Cellular Neuroscience

      Volume: - Pages: in press

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Transiently structured head domains control intermediate filament assembly2021

    • Author(s)
      Zhou Xiaoming、Lin Yi、Kato Masato、Mori Eiichiro、Liszczak Glen、Sutherland Lillian、Sysoev Vasiliy O.、Murray Dylan T.、Tycko Robert、McKnight Steven L.
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 118 Pages: e2022121118

    • DOI

      10.1073/pnas.2022121118

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 27‐Hydroxycholesterol regulates human SLC22A12 gene expression through estrogen receptor action2020

    • Author(s)
      Matsubayashi Masaya, et al.
    • Journal Title

      The FASEB Journal

      Volume: 35 Pages: -

    • DOI

      10.1096/fj.202002077R

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] C9orf72- derived proline:arginine poly-dipeptides disturb cytoskeletal architecture2020

    • Author(s)
      Shiota Tomo、Nagata Riko、Kikuchi Sotaro、Nanaura Hitoki、Matsubayashi Masaya、Nakanishi Mari、Kobashigawa Shinko、Nagayama Kazuaki、Sugie Kazuma、Yamashiro Yoshito、Mori Eiichiro
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2020.10.14.338566

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Comparative analysis of human brain organoids of brainstem and midbrain at single-cell resolution2020

    • Author(s)
      Kinugawa Kaoru、Luginbuhl Joachim、Matsui Takeshi K.、Eura Nobuyuki、Sakaguchi Yoshihiko M.、Shin Jay W、Sugie Kazuma、Schwamborn Jens C.、Mori Eiichiro
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2020.09.02.279380

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Proteolytic cleavage of Podocin by Matriptase exacerbates podocyte injury2020

    • Author(s)
      Ozawa Shota、Matsubayashi Masaya、Nanaura Hitoki、Yanagita Motoko、Mori Kiyoshi、Asanuma Katsuhiko、Kajiwara Nobuyuki、Hayashi Kazuyuki、Ohashi Hiroshi、Kasahara Masato、Yokoi Hideki、Kataoka Hiroaki、Mori Eiichiro、Nakagawa Takahiko
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 295 Pages: 16002~16012

    • DOI

      10.1074/jbc.RA120.013721

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Single-cell transcriptomics reveals multiple neuronal cell types in human midbrain-specific organoids2020

    • Author(s)
      Smits Lisa M.、Magni Stefano、Kinugawa Kaoru、Grzyb Kamil、Luginbuhl Joachim、Sabate-Soler Sonia、Bolognin Silvia、Shin Jay W.、Mori Eiichiro、Skupin Alexander、Schwamborn Jens C.
    • Journal Title

      Cell and Tissue Research

      Volume: 382 Pages: 463~476

    • DOI

      10.1007/s00441-020-03249-y

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Inhibition of the ATR kinase enhances 5-FU sensitivity independently of nonhomologous end-joining and homologous recombination repair pathways2020

    • Author(s)
      Ito Soichiro S.、Nakagawa Yosuke、Matsubayashi Masaya、Sakaguchi Yoshihiko M.、Kobashigawa Shinko、Matsui Takeshi K.、Nanaura Hitoki、Nakanishi Mari、Kitayoshi Fumika、Kikuchi Sotaro、Kajihara Atsuhisa、Tamaki Shigehiro、Sugie Kazuma、Kashino Genro、Takahashi Akihisa、Hasegawa Masatoshi、Mori Eiichiro、Kirita Tadaaki
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 295 Pages: 12946~12961

    • DOI

      10.1074/jbc.RA120.013726

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RT-qPCR analyses on the osteogenic differentiation from human iPS cells: an investigation of reference genes2020

    • Author(s)
      Okamura Kensuke、Inagaki Yusuke、Matsui Takeshi K.、Matsubayashi Masaya、Komeda Tomoya、Ogawa Munehiro、Mori Eiichiro、Tanaka Yasuhito
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41598-020-68752-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Brainstem Organoids From Human Pluripotent Stem Cells2020

    • Author(s)
      Eura Nobuyuki, et al.
    • Journal Title

      Frontiers in Neuroscience

      Volume: 14 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fnins.2020.00538

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 相分離メガネで見る分子の「密」.2021

    • Author(s)
      森 英一朗.
    • Organizer
      39th Scienc-ome
    • Invited
  • [Presentation] C9orf72-derived PR poly-dipeptides compromise phase separation of low-complexity protein sequences and nucleocytoplasmic transport.2020

    • Author(s)
      Eiichiro Mori.
    • Organizer
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Toxic PR poly-dipeptides encoded by the C9orf72 repeat expansion alter actin dynamics.2020

    • Author(s)
      Tomo Shiota, Hitoki Nanaura, Eiichiro Mori, Kazuma Sugie.
    • Organizer
      第61回日本神経学会学術大会
  • [Presentation] Oxygen-glucose deprivation and reperfusion compromises lipid metabolism in human cerebral organoids.2020

    • Author(s)
      Naoki Iwasa,Takeshi K. Matsui,Naohiko Iguchi,Tomo Shiota,Nobuyuki Eura,Kozue Saito,Eiichiro Mori, Kazuma Sugie.
    • Organizer
      第61回日本神経学会学術大会
  • [Presentation] Single-cell RNA-sequencing analysis on human brainstem organoids.2020

    • Author(s)
      Kaoru Kinugawa, Takeshi K. Matsui, Nobuyuki Eura, Hitoki Nanaura, Tomo Shiota, Naohiko Iguchi, Takao Kiriyama, Eiichiro Mori, Kazuma Sugie.
    • Organizer
      第61回日本神経学会学術大会
  • [Presentation] Brainstem organoids from human pluripotent stem cells accommodate multiple types of cell population.2020

    • Author(s)
      Nobuyuki Eura, Takeshi K. Matsui, Hitoki Nanaura, Tomo Shiota, Kaoru Kinugawa, Naohiko Iguchi, Takao Kiriyama, Eiichiro Mori, Kazuma Sugie.
    • Organizer
      第61回日本神経学会学術大会
  • [Presentation] C9orf72-derived PR poly-dipeptides target Kap beta-2 through NLS binding site and dysregulate LLPS.2020

    • Author(s)
      Hitoki Nanaura,Tomo Shiota,Eiichiro Mori,Kazuma Sugie.
    • Organizer
      第61回日本神経学会学術大会
  • [Presentation] Non-neural cells induced in human cerebral organoids.2020

    • Author(s)
      Takeshi K. Matsui, Naohiko Iguchi, Kaoru Kinugawa, Eiichiro Mori, Kazuma Sugie.
    • Organizer
      第61回日本神経学会学術大会
  • [Presentation] C9orf72-derived PR poly-dipeptides compromise phase separation of low-complexity protein sequences.2020

    • Author(s)
      Eiichiro Mori,Hitoki Nanaura,Tomo Shiota,Kazuma Sugie.
    • Organizer
      第61回日本神経学会学術大会
  • [Presentation] 過剰自己貪食を伴うX 連鎖性ミオパチー(XMEA)の全国実態調査 Clinical features of X-linked myopathy with excessive autophagy (XMEA) in Japan: A nationwide survey.2020

    • Author(s)
      杉江 和馬, 小牧 宏文, 倉重 毅志, 大熊 彩, 江浦 信之, 塩田 智, 井口 直彦, 松井 健, 阿部 達哉, 形岡 博史, 森 英一朗, 埜中 征哉, 西野 一三.
    • Organizer
      第61回日本神経学会学術大会
  • [Presentation] 生物学的相分離の制御と破綻.2020

    • Author(s)
      森 英一朗.
    • Organizer
      分子夾雑の生命化学:第1回東海地区シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Biological phase separation: Going beyond “classical molecular biology” (2AW-17).2020

    • Author(s)
      Eiichiro Mori, Akira Matsuura.
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 生物学的相分離制御因子の阻害機構.2020

    • Author(s)
      森 英一朗.
    • Organizer
      Chem for研究会(CCPC: Chemistry for Complex Processes in Cells)
    • Invited
  • [Book] 相分離生物学の全貌(現代化学増刊46)2020

    • Author(s)
      加藤 昌人、森 英一朗(編:白木 賢太郎)
    • Total Pages
      400
    • Publisher
      東京化学同人
    • ISBN
      9784807913466
  • [Remarks] 奈良県立医科大学 未来基礎医学

    • URL

      https://www.mirai-nmu.com/

URL: 

Published: 2021-12-27  

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