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2022 Fiscal Year Annual Research Report

複合tRNA修飾酵素の各サブユニットの役割と基質tRNA認識機構の解明

Research Project

Project/Area Number 20H03211
Research InstitutionEhime University

Principal Investigator

堀 弘幸  愛媛大学, 理工学研究科(工学系), 教授 (20256960)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 平田 章  徳島大学, 大学院社会産業理工学研究部(理工学域), 准教授 (60527381)
横川 隆志  岐阜大学, 工学部, 教授 (90242304)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywordsタンパク質 / 核酸 / 酵素 / RNA
Outline of Annual Research Achievements

2022年度は、本研究計画の最終年度(3年目)に当たる。本研究の目的は、「複合tRNA修飾酵素は、どのようにして特定のtRNAの特定の部位に作用するのか?」であり、「各サブユニットは、酵素反応全体でどのような機能を持つのか?」を明らかにすることである。
真核生物が持つtRNAメチル化酵素複合体(Trm11-Trm112)はtRNAの10位のグアノシンを2-メチルグアノシンに変換する。酵母では、43種のtRNAのうち、20種がこの修飾を受けるが、Trm11-Trm112がtRNAのどこを認識して、特定のtRNAを選択(排除)しているのか全く不明であった。申請者らは、Trm11-Trm112がtRNAのCCA末端、G10-C25塩基対、5ヌクレオチドからなるバリアブル領域、アンチコドンループの38位周辺のリボースリン酸骨格を認識し、非基質tRNAを排除していることを明らかにし、Trm11のTHUMPドメインがCCA末端に結合し、Trm112がアンチコドンループを認識するモデルを提案した。これらの研究結果をInt. J. Mol. Sci.誌に報告した。
次世代DNAシーケンサを併用した新たなtRNAメチル化酵素解析法を開発し、J. Biol. Chem.誌に報告した。
複合tRNA修飾酵素ArcS-RaSEA複合体が4-チオウリジン修飾の影響を受けるのか調査するため、新たな4-チオウリジン検出法を開発し、RNA誌に報告した。また、偶然、一部の古細菌が新規な4-チオウリジン合成経路を保持していることを発見した。
上記研究成果に関連し、THUMPドメインに関連する総説をGenes誌に報告し、次世代DNAシーケンサを併用した新たなtRNAメチル化酵素解析法の詳細なプロトコールをMethods Enzymol.誌にまとめた。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (10 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Application of mutational profiling: New functional analyses reveal the tRNA recognition mechanism of tRNA m1A22 methyltransferase2023

    • Author(s)
      Yamagami Ryota、Hori Hiroyuki
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 1027592759

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102759

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Transfer RNA Modification Enzymes with a Thiouridine Synthetase, Methyltransferase and Pseudouridine Synthase (THUMP) Domain and the Nucleosides They Produce in tRNA2023

    • Author(s)
      Hori Hiroyuki
    • Journal Title

      Genes

      Volume: 14 Pages: 382

    • DOI

      10.3390/genes14020382

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Functional analysis of tRNA modification enzymes using mutational profiling2023

    • Author(s)
      Yamagami Ryota、Hori Hiroyuki
    • Journal Title

      Methods in Enzymology

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2023.02.021

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Required Elements in tRNA for Methylation by the Eukaryotic tRNA (Guanine-N2-) Methyltransferase (Trm11-Trm112 Complex)2022

    • Author(s)
      Nishida Yu、Ohmori Shiho、Kakizono Risa、Kawai Kunpei、Namba Miyu、Okada Kazuki、Yamagami Ryota、Hirata Akira、Hori Hiroyuki
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 23 Pages: 4046

    • DOI

      10.3390/ijms23074046

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A selective and sensitive detection system for 4-thiouridine modification in RNA2022

    • Author(s)
      Sugio Yuzuru、Yamagami Ryota、Shigi Naoki、Hori Hiroyuki
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 29 Pages: 241~251

    • DOI

      10.1261/rna.079445.122

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Required Elements in tRNA for Methylation by the Eukaryotic tRNA (Guanine-N2-) Methyltransferase (Trm11-Trm112 Complex)2022

    • Author(s)
      Kumpei Kawai, Yu Nishida, Shiho Ohmori, Risa Kakizono, Miyu Namba, Kazuki Okada, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori
    • Organizer
      第23回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Enzymatic properties of Thermoplasma acidophilum Trm56, which has the longest C-terminal region in the SPOUT RNA methyltransferase superfamily2022

    • Author(s)
      Hiroyuki Hori, Shyuhei Fukumoto, Takahiro Hasegawa, Mami Ototake, Shizuka Moriguchi, Miyu Namba, Ryota Yamagami, Takuya Kawamura, Akira Hirata
    • Organizer
      第23回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Detection of 4-thiouridine-containing RNAs using chemiluminescence2022

    • Author(s)
      Yuzuru Sugio, Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori
    • Organizer
      第23回日本RNA学会年会
  • [Presentation] 化学発光を利用したs4U含有RNAの検出法の応用例2022

    • Author(s)
      杉尾 譲, 山上龍太, 堀 弘幸
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Remarks] 応用生物化学研究室 ホームページ

    • URL

      http://www.ach.ehime-u.ac.jp/bchem/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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